miRNA-Meta分析简介与实战

最新推荐文章于 2024-03-12 21:39:15 发布
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#芯片

本次分享由武汉大学孙博士倾情奉献，深入探讨信息技术领域的核心概念与最新进展，不容错过。

注：内容学习自武汉大学孙博士！
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R语言使用history函数查看工作空间（workspace）中的历史命令、使用savehistory函数将工作空间中的历史命令保存到文件、loadhistory函数将历史命令文件加载到当前工作空间
statistics+insight+vista+power
02-15 3825
R语言使用history函数查看工作空间（workspace）中的历史命令、使用savehistory函数将工作空间中的历史命令保存到文件、loadhistory函数将历史命令文件加载到当前工作空间
指定区间离散化
weixin_43440760的博客
09-28 418
有时可以直接根据业务特征对数据进行离散化，指定需要分区的区间或数据点，形成最终的标记数据。 假设有一组数据： a = [1，3，7，10，23，50]， 以10，30为分割点，将数据分为三个区间。 不指定区间名称 import pandas as pd a = [1,3,7,10,23,50] cut_a = pd.cut(a,[0,10,30,50]) [(0, 10], (0, 10], (0, 10], (0, 10], (10, 30], (30, 50]] Categories (3, i
【数据挖掘】练习1：R入门
m0_65787507的博客
03-12 1821
输出函数包括绘图函数（如plot()、points()、lines()等）、统计函数（如hist()、boxplot()等）以及其他常用函数（如title()、legend()等）。载入R包是指在用户的R会话中将某个已经安装的R包加载到内存中，以便在当前会话中使用该包中的函数和数据。分析可知，该向量由（1 2 3 4 5）、（2 3 4 5 6）、（3 4 5 6 7）、（4 5 6 7 8）、（5 6 7 8 9）5个子向量组成，且后面一个子向量在前面一个子向量的基础上进行了+1操作。
R的.Rhistory文件和Stata的log文件随笔
Magic_capital的博客
11-01 1万+
JWen 参考资料 Introduction_to_Scientific_Programming_and_Simulation_Using_R 对于R的作业应该收什么文件，第一念头想到“不就是.R文件嘛”。通常程序有三个部分：输入、计算、输出（有些可能会加入第四部分：程序说明）。.R文件显然是包含上面几个部分的，不过是不是只有.R文件符合查看作业的要求呢？不然。 R中我们所创建的对象一直保存至我们...
miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
庐州月光的博客
12-11 6784
欢迎关注”生信修炼手册”!对于mRNA数据，我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析，对于miRNA数据而言，我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。miR...
cytoscape使用方法_信号通路分析工具教程——Cytoscape及OmniPath插件
weixin_39844549的博客
01-09 6428
信号通路（Signal pathway）是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要，从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。尽管目前信号通路的资源很丰富，但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻碍了合理、全面的信号通路数据库的创建。2016年TüREI等人对人类信号通路的公共资源...
用R进行gwas meta分析,原来如此简单
庐州月光的博客
10-26 4628
欢迎关注”生信修炼手册”!在生物信息数据分析中，R语言是必备技能，简洁的语法，丰富的生态，美观的可视化，种种优势使得其成为该领域中使用最广泛的编程语言之一。用R进行meta分析当然也是可...
miRNA数据分析专题
庐州月光的博客
11-30 2719
欢迎关注”生信修炼手册”!miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 其功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域...
你没看错，搞定GWAS meta分析只需一行代码！
庐州月光的博客
10-22 2473
欢迎关注”生信修炼手册”!METAL是gwas meta分析最常用的工具之一，官网如下https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL该软件的安装非常简单，...
GWAS样本量不够怎么办，meta分析了解一下
庐州月光的博客
10-20 5385
欢迎关注”生信修炼手册”!对于GWAS分析而言，增加样本量是提高检验效能的最直接有效的方式。目前常规GWAS项目的样本量约为1000 cases vs 1000 controls，这样的...
点击鼠标即可完成GWAS meta分析，任何人都可以！
庐州月光的博客
10-25 848
欢迎关注”生信修炼手册”!MetaGenyo是一个GWAS meta分析的在线网站，通过该网站，只需上传指定格式的文件，然后鼠标点击就可以轻松实现meta分析，网址如下http://bi...
miRNA相关文献
03-06
关于miRNA396的相关分析方法，用于指导研究小RNA的预测，对于相关研究有指导作用
miRNA analysis
09-17
Bioinformatics miRNA expression versus gene expression
R语言学习笔记（要点，敲黑板）
热门推荐
子浩的博客
10-17 1万+
R语言学习笔记1、RGui（RStudio）的工作空间镜像是什么？2、R脚本文件（.R） 1、RGui（RStudio）的工作空间镜像是什么？ 保存工作空间映像后，你的R工作目录会生成后缀为==.RData和.Rhistory==的文件。 .RData以二进制的方式保存了会话中的变量值， .Rhistory以文本文件的方式保存了会话中的所有命令。 使用方法 用函数ls()看到之前保存的变量 用...
R语言 了解R语言的工作空间
张恒华的博客
04-01 1万+
R的工作空间 工作空间（workspace）就是当前R的工作环境，它储存着所有用户定义的对象（向量、矩阵、函数、数据框、列表）。 在一个R会话结束时，你可以将当前工作空间保存到一个镜像（.Rhistory文件）中，并在下次启动R时自动载入它。 当前的工作目录（working directory）是R用来读取文件和保存结果的默认目录。 我们可以使用函数getwd()来查看当前的工作目录，或使用函...
miRNA
weixin_30670965的博客
12-24 1867
MicroRNA (miRNA) 是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小 RNA，其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达，而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达。据推测，miRNA 调节着人类三分之一的基因。 miRNA命名 1、物种 hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。 2、类别 mir、MIR、miR分别代表...
miRNA命名规范
小糖同学的专栏
02-15 9662
miRNA的研究起步很早，最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4，随着越来越多的miRNA被发现，为了方便学术交流，有科学家提出了一套统一的命名规范，对应的文献如下 ...
R语言的文件和文件夹操作功能（1）：读取文件目录
R语言学堂
05-30 6863
R语言base工具包中有一系列操作文件和文件夹的函数，比如读取文件目录、复制文件到文件夹、增删文件夹等。本篇来介绍其中的读取文件目录功能，该类函数一共有三个：list.files()、dir()、list.dirs()；其中前两个函数的功能完全一致。它们的语法结构如下：list.files(path=".",pattern=NULL,all.files=F...
mirna-seq分析
最新发布
01-20
### miRNA-seq 分析流程概述 miRNA-seq 是一种高通量测序技术，专门用于研究 microRNAs (miRNAs)，这是一种长度约为22个核苷酸的小型非编码 RNA，在基因调控中起着重要作用。该技术能够全面检测细胞中的 miRNA 表达谱，并提供定量信息。 #### 数据预处理阶段 原始序列读取通常含有低质量碱基、接头污染和其他杂质，因此需要经过严格的过滤过程来提高数据分析的质量。常用的软件包如 Trimmomatic 或 Cutadapt 能够有效地去除这些不需要的部分[^2]。 #### 序列比对映射 高质量的 clean reads 需要被映射回参考基因组或已知成熟 miRNA 序列数据库。Bowtie 和 STAR 等短片段比对工具常用于此目的；对于特定物种，则可以利用 miRBase 进行精确匹配[^1]。 #### 差异表达分析 完成比对之后，通过计数每个位置上的唯一映射 read 数目获得 miRNA 的相对丰度估计值。随后采用统计方法评估不同条件下样品间 miRNA 表达水平的变化情况。推荐使用的差异表达分析工具有 CuffDiff、DESeq 和 EdgeR，其中 DESeq 和 EdgeR 更适合于相同样本内的重复实验设计下的比较[^3]。 ```r library(DESeq2) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, colData = coldata, design = ~ condition) dds <- DESeq(dds) res <- results(dds) ``` #### 功能富集分析 为了进一步理解哪些生物学功能可能受到所鉴定出来的差异表达 miRNA 影响，可以通过 Gene Ontology (GO) 注释以及 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) 代谢路径来进行关联性探索。这有助于揭示潜在的作用机制及其临床意义。
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