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RSS订阅原创 断层成像CT和ET重建算法
断层成像CT和ET的重建算法简介概念数据收集功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入简介CT和ET实际上有很多借鉴和参考之处，本段先对二者做一个简单的介绍。概念我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持
2022-03-01 10:15:17
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原创 图像分割在生物图像的应用
图像分割在生物图像的应用最近在准备组会内容，对相关内容进行了一些资料的收集和文献调研，在这里做一个汇总。参考了很多写的非常好的博客，我能标注的都会标注引用，若有侵权，立即删除。先说下背景，我本科时候做过图像处理，但是涉及不深，在本科毕设的时候做过一些内容。现在因为科研需要，重新拾起这部分内容，做一个小结和汇总。二级标题三级标题四级标题五级标题六级标题...
2022-03-01 10:15:05
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原创 2020-10-16 草稿
bash 赋值前后不能有空格，否则会报语法错误。a=1 #正确a = 1 or a= 1 #均不行rjust() 方法会返回一个原字符串右对齐,并使用空格填充至长度 width 的新字符串。如果指定的长度小于字符串的长度则返回原字符串#!/usr/bin/env python3#-*- coding:utf-8 -*-for i in range(1,30): print (str(i).rjust(2,'0'))注意：int格式的不支持使用rjust方法，可以先用str函数转化为
2022-03-01 10:14:05
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原创 2020-09-02 dynamo
Matlab>> dcm -create test_TTCatalogue folder not found: /Users/verona/Documents/dynamo-v-1.1.509_MCR-9.6.0_GLNXA64_withMCR/test_TTThe accompanying catalogue folder could not be found, creating a new oneCatalogue "test_TT" has been created>>
2022-03-01 10:13:21
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原创 relion计算【高性能平台】
relion计算【高性能平台】2022.3.1 record by MXL登陆后首先配置环境。source submit_3.1_1.sh其他有用的命令：查看自己的任务：squeue -u `whoami`取消任务：scancel ID查看空闲资源：idel为空闲，mix为节点部分核心可以使用，alloc为已被占用sinfoimport部分正常import即可。motionCor这一步正常，但是注意running部分要通过提交任务的方式。CTFfind这一步正常，通过提交
2022-03-01 10:12:06
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原创 实验室IDL程序-transient例图.pro
IDL程序记录文件命名为：钙瞬变整体例图线图 image-transient-2.pro例图：iso cell1.lsm运行过程为：文件修改：smooth的参数edge去掉前面的open xxx.txt和后面的printf，2 注释掉运行步骤为：【鼠标点击】1.【左键】左下角，右上角，点两下，扣背景。2.【左键】上点一下，下点一下，确定范围3.出现轮廓后，可以通过【左右键】去调整阈值；4.不再调整后，按【中键】，分块变黑色，先是前半部分，然后是一半变黑，然后是下半伴儿变黑，最后一起变
2020-08-27 10:29:18
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原创 IDL cursor函数
2020-08-27 记录cursor，x，y，3，/device问：实验室的idl程序，写cursor的时候，“cursor，x，y，3，/device”。为啥总是要加“3”这个参数呢？这是干嘛的呀答：这个是和鼠标事件有关，不同数字对应不同的鼠标事件。3是鼠标按下。问：就是鼠标按下 鼠标抬起 什么时候获取命令的那个参数？答：0是即刻返回，1是按下时返回，2是按键状态或指针位置改变时返回，3是按键按下瞬间返回，4是按键抬起瞬间返回问：从哪里找？答：Idl有帮助文档的另外，cursor的左中右
2020-08-27 10:20:14
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原创 修改背景后-多类别分割-改进
修改：(pytorch_py37) F:\MXL\DeepLearning\unet-nested-multiple-classification-master>python train_V2_changed.pyINFO: Using device cudaINFO: Network: NestedUNet model 3 input channels 3 output channels (classes) Bilinear up
2020-08-26 20:02:27
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原创 使用multi-class进行分类应用
2020年8月26日 记录将训练好的epoch_10.pth作为参数，对其他图进行预测。比如我们的transient，本身看衬度很好的。【transient.lsm】imagej导入，image-transform中旋转，然后bin=4（x和y）bin后为240*128.save as transient.png导入Matlab查看图像：格式为：128x240 uint8背景为0-5左右的值。Pwd:/Users/verona/Desktop/ElectrophysiologyCv2 切
2020-08-26 09:11:05
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原创 深度学习-unet-多类别分割
一共训练了59个epoch预测使用了不同的训练参数去预测，代码和结果如下：使用作者提供的预训练模型参数epoch_10.pth(pytorch_py37) F:\MXL\DeepLearning\unet-nested-multiple-classification-master>python inference.py -m ./data/checkpoints/epoch_10.pth -i ./data/test/input -o ./data/test/output5it [00:
2020-08-23 10:57:12
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原创 bash循环处理文件夹下的文件
bash学习2020-08-22 下午 帮助黄瑜处理组学数据，批量分析。Pwd:/Users/verona/Desktop/unet/unet_lesson_2/data/train/image将文件夹下的文件名输出到txt：ls -R *.png > index.txt遍历文件夹下的文件，并对其每个文件进行for循环处理在/Users/verona/Desktop/unet/unet_lesson_2/data/train/image下有个for_index.sh和while_index
2020-08-22 16:37:47
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空空如也
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