冲刺一区!挑战7天完成一篇趋势性分析GBD DAY1-7

如何进行GBD数据库的前沿分析 Frontier analysis(GBD系列第七集) 阅读详情

Day1.

公开数据库的挖掘太火热了,其中GBD数据库的挖掘又十分的火爆.那我就来挑战一篇GBD、一篇关于趋势性分析的GBD!

GBD数据库挖掘是目前的四大刊常客,经常出现在顶级期刊上面。这个数据库亮点就是:可视化,统计学简单、而数据可视化才是关键。自从上次挑战GBD数据库后,我通过检索又发现新增了很多篇文献。共同探索、共同进步,希望能增加几篇、也期待有所突破!

这次我挑战的是全球疾病负担的趋势性分析(trend analysis)。重点是分析DALYs、发病率、患病率这些指标的变化趋势,分析过程中会用到Jointpoint软件。

首先确定目标期刊。在检索文献的过程中,发现许多常见的疾病已有研究,经过深思熟虑过后终于确定给了方向。最终,我确定了一个相对来说不那么热门的疾病(也不限定领域了,哈哈)

我选择了BMC cancer作为我的目标期刊。虽然他属于肿瘤学领域2区期刊,但是之前BMC期刊的严谨性给我留下了深刻的印象。

目标文献选的是2024年最新发表的文献(DOI: 10.1186/s12885-024-12480-7),我们将使用最近2021年更新后的数据进行分析。

全力以赴,冲锋冲锋!

Day 2!

今日进展:继昨天确定了目标期刊和文献后,我对选定的主题进行了深入的评估,判断其可行性。选题是任何一个研究中最重要的一步,选对了就是事半功倍,选错了就是一切努力都可能白费!只要确定主题有研究价值,我们就能信心满满地攻克所有方法学难题。毕竟,“所有方法学都一定会被掌握”,而且“框架写作法”会快射上手成稿!

接着,我下载并精读了几篇基于GBD趋势性分析的高分经典文献,发现结果展示部分大同小异,主要区别在于研究的疾病不同。写作风格和结构也有共通之处,那么,我该重点分析哪些具体内容呢?

通过阅读目标期刊的相关文献,我明确了需要完成的内容:

--发病率和年均百分比变化(AAPCs)

--患病率和AAPCs

--DALYs率和AAPCs

--全球发病率地图

--新病例数量变化

--发病率、患病率和DALYs率的趋势分析

--发病率与社会人口指数(SDI)的关系

我们的挑战还在继续,让我们保持这股冲劲,一往无前!

Day 4-5!

今日进度:做出Table和Figure

GBD数据提取可以在官方网站非常容易就提取。注意的是,目前数据已经更新到2021,需要下载最新的数据进行分析。可能是因为关注GBD的人越来越多,最近数据下载速度偏慢,而且容易崩,需要耐心等待。按照不同的要求下载不同的指标(发病率、患病率、DALYs等),下载好了过后也不需要特别的清洗,通常不需要进行复杂的清洗工作,可以直接进入分析阶段。剩下的主要就是可视化分析和Jiontpoint软件使用。

通过前面的文献阅读已经知晓相关思路,为后续的分析和写作打下基础,故一步一步操作就好了。

师弟师妹们如果要做类似的研究(换个疾病),如果我关注的疾病被别人写过了怎么办?这个问题很好解决,和之前的方式一样:

--换地区:别人做Global,那我关注亚洲?非洲?发展中国家?

--换人群:别人做全部人群,我关注儿童?关注老年?

--换时间:因为2021年的数据已经更新了,所以可以换时间到2021

所以说文章是写不完的。科研是一个不断探索和发现新问题的过程,通过不断变换研究的视角和方法,可以持续产出新的研究成果。

今天的所有表格和图片就完成了,后面就要开始写作啦!

Day 6-7!

进度汇报:近两日的重点任务是完成全文的撰写以及投稿的准备工作

这两天的挑战核心在于写作的完成与投稿流程--翻译、润色、选刊。

写作本身,其实是整个过程中相对简单的环节。一旦选题确定,我就在写材料的内容,这部分内容基本是一样的。内容的构建与MR差别不大,唯一的差异可能在于GWAS(全基因组关联研究)数据的来源。利用GBD数据库进行数据挖掘的方法学同样具有一定的相似性。我们的观点是方法学的内容永远是最简单的!

在两天的时间内,我将完成初稿的撰写、文献的整合以及模板化内容的创作,时间绰绰有余。

  • 我就专注于“框架写作法”进行初稿的写作
  • 就是对文章进行润色、投稿,并按照目标杂志准备投稿

然后给大boss看看

写文章、做科研都离不开时间的积累,在上班期间可以挤出一些小时间完善这部分的工作完全OK!

简单总结一下本次GBD的挑战:从GBD数据库下载某个疾病的相关数据,通过代码跑出相关图片、表格进行不同层面的可视化展示,“框架写作法”进行写作,2天时间戳戳有余!

1天时间完成初稿、添加文献、模板化内容写作;1天时间进行润色、投稿。

文章都是靠时间堆积出来的,科研都是靠时间堆积起来的。在上班期间可以挤出一些小时间完善这部分的工作完全OK!

写是写完了,给再仔细琢磨琢磨,给大boss看看。如果没有大问题近期就按照目标期刊的要求去投稿啦!

简单总结一下本次GBD的挑战:从GBD数据库下载某个疾病的相关数据,通过代码跑出相关图片、表格进行不同层面的可视化展示。

第1天:设定目标

第2-3天:深入明确选题可行性和可操作性

第4-5天:跑代码+跑出图表

第6-7天:写作并准备投稿

总之,思路是简单而且清晰的,简单思路就能轻松实现高分文章!

最近,一些师弟师妹经常私信我关于meta分析、NHANES以及肠道菌群MR等研究领域表现出浓厚兴趣。我们拥有一整套行选题到投稿的高效、快速产出成果、发表文章的方案,欢迎私戳!

让我们一起努力,向前冲锋!

↓

联系wx:wpro999

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