RDKit下载成功但是无法引用Chem

最新推荐文章于 2024-07-04 19:18:16 发布
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博主在尝试使用RDKit库解析SMILES字符串'CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'时遇到问题，已尝试更换Chem包和重装RDKit，但问题仍未解决。尽管文件路径下能找到rdmolfiles，代码仍然无法正常运行。

求各位大佬指导！
（已经试过换单个Chem包和重装RDKit了，两种方法都不行）

smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C<
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关于Rdkit安装与解决Jupyter环境无法导入rdkit模块问题(纯新手经验）
m0_57734104的博客
08-16 4602
1.安装Anaconda 可以自行在Anaconda下载安装。 2.打开Anaconda prompt(开始菜单Anaconda文件夹里面） 执行下面这条代码安装Rdkit环境。 conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 然后等待安装，安装成功的应该如下图： 然后根据提示激活环境(active environment)，执行激活代码。 conda activate my-rdkit-env 激活完成后截图如下： ...
求助！应用rdkit库时出现问题
weixin_57926321的博客
08-15 536
#获取有效核#获取有效核电荷 def atomicNum(mol2): mol = Chem.MolFromMol2File(mol2,removeHs = False) atoms = mol.GetAtoms() atomicNums = [] for atom in atoms: Num = atom.GetAtomicNum() atomicNums.append(Num) atomicnum = torch.tensor([a...
RDkit | 安装报错及使用
跳动的喵尾巴
11-13 1573
【代码】RDkit | 安装报错及使用。
总是出现ModuleNotFoundError: No module named ‘rdkit‘，但是已经安装了rdkit
Drug discovery
03-21 1433
发现我的python解释器不是molclr环境的解释器，所以这里我需要改为与molclr环境的解释器【只需要进入你的bashrc，然后将你which python的环境变量注释掉就可以了】总是出现，但是我已经安装了rdkit，此时你应该使用“ which python ”来看当前的环境使用哪个python解释器，最后重新激活环境，可以看到成功了。
【异常错误】ValueError: rdkit.Chem.rdchem.BondType.DATIVE is not in list
Drug discovery
06-23 769
在处理MoleculeNet_datasets的HIV数据集的时候出现了下面的错误：35275352763527735278一直不知道错误在哪里。
Anaconda下安装rdkit，运行时出现“ImportError: DLL load failed:”
qq_41937076的博客
10-17 3721
conda 下安装好了rdkit环境 在pycharm中设置好环境，运行程序时，会出现ImportError，类似下面的错误提示： 在网上查找答案的时候，有人给出了如下建议： 以上两张图片来源here 当时下载rdkit时，是默认下载的最新版本（2019），我又按照上面的命令下载了2018的版本，两个版本同时用时，因为没掌握好路径问题，还是会出现问题。 于是我卸载了2019的版本，并且删除了有...
ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序，rdkit安装问题解决办法
m0_61691772的博客
07-04 793
使用pip install rdkit==2022.3.3显示成功，但是实际导入的时候报错from rdkit.Chem.rdmolfiles import *ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。
【RDKit】关于RDKit安装问题，python兼容性问题（最后有RDKit的正确安装方法）
DJJ5210的博客
11-08 8906
去rdkit-pypi官网（https://pypi.org/project/rdkit-pypi/#description）找到对应版本的。ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。除非修改python版本到较低版本如python3.7或python3.6，使用下面两种方法都是安装的之前版本的rdkit，找到对应版本的支持python3.8的安装指令。
关于pytorch和rdkit的问题
zansuolly的博客
04-12 965
PyTorch官方文档中提到，当前PyTorch支持的Python版本是Python 3.6、Python 3.7、Python 3.8和Python 3.9。这些版本的Python环境都是兼容的，但建议使用Python 3.7或Python 3.8，因为它们被广泛使用，且PyTorch社区也提供了更多的支持和资源。RDKit官方文档中提到，RDKit当前支持的Python版本是2.7、3.5、3.6和3.7，这些版本的Python环境都是兼容的。卸载包rdkit 安装rdkit-pypi，安装失败。
python遇到AttributeError: module ‘XXX‘ has no attribute ‘XXX‘的错误，解决办法
m0_52883102的博客
03-11 1万+
例如:你用了cv2的库，即有import cv2 的语句，而你这个程序的文件名也是cv2.py的话，那么当你使用cv2.imshow()的时候其实是调用你自己写的程序而不是真正的cv2库，因此当然会报has no attribute 'XXX’的错误啦。（很有可能是自己写的参数与官方文档规定的参数不一致，请参考官方文档中的函数是规定了传递什么参数）解决方法就是改文件名就行啦。
rdkit.Chem.rdMolDescriptors module
qq_21521561的博客
11-23 2504
rdkit.Chem.rdMolDescriptors module Module containing functions to compute molecular descriptors classrdkit.Chem.rdMolDescriptors.AtomPairsParameters((object)arg1)→ None : Bases:Boost.Python.inst...
rdkit安装指南-常见问题解决（rdkit找不到包、下载时加载0%）
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蜗牛小瀚的私人博客
04-29 2万+
1 rdkit RDKit是一个用于化学信息学的开源工具包，基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等。基于PYTHON语言进行调取使用。 官网：https://rdkit.org 官方安装文档：ttps://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md 第二个链接介绍的非常清楚, 对于英语好的朋友推荐大家直接阅读. 因为又很多化学领域的小伙伴需
【RDKit】Python化学包RDkit的教程
Glimmer
07-10 1万+
官方地址 http://www.rdkit.org/ 本文不再给出安装方法，读者可自行网上搜索。 教程 说明：如果某一行有注释，则该注释表示该行的输出 读取文件 RDKit能读取各种各样的化学结构文件，类和方法主要在rdkit.Chem.rdmolfiles这个模块下，因此需要先导入包 from rdkit import Chem 以sdf文件为例，官方给出了4种等价的读取方法，这些方法返回一个...
RDKit|分子读取
发呆的比目鱼的博客
07-05 1069
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Python argument types in rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(NoneType) did not match C++ signature
Burger_的博客
03-14 756
Python argument types in rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(NoneType) did not match C++ signature错误的解决
pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题
weixin_45750162的博客
03-13 2760
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RDKit|化学反应操作与处理
最会设计的科研狗
05-22 3169
文章目录化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理 化学反应 Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，将匹配上的结构按反应模式进行合成。 1.SMARTS创建反应 从SMARTS创建一个反应模式：Chem.ReactionFromSmarts() 下面这个反应表示一个羧基，与至少带有一个氢的氮原子反应，形成酰胺 定义反应物：reactants 进行一个反应：RunReactants(reacta
python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature
yueyuebalala的博客
02-18 5536
运行rdkit时报如下错误：python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature 出现问题时首先分析可能的报错原因 rdkit包出现错误 ，这时候需要卸除原来的rdkit包，并安装新的包 待处理的mol文件格式有错误，如果报这个错误就需要查看文件的错误 注意：切记不要一报错就认为是软件包的问题 我的报错原因就是mols文件格式有误 我先用smilestomol包将
C# rdkit
最新发布
05-06
注意这里假设已经正确设置了命名空间映射关系使得可以直接引用像 `Chem`, `Descriptors` 等来自 RDKit 命名空间的对象[^3]。 --- ### 注意事项 尽管 RDKit 支持 C# 接口，但由于它是基于 SWIG 自动生成的结果，在...
评论 8
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