RDKit下载成功但是无法引用Chem

最新推荐文章于 2024-07-04 19:18:16 发布
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博主在尝试使用RDKit库解析SMILES字符串'CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'时遇到问题，已尝试更换Chem包和重装RDKit，但问题仍未解决。尽管文件路径下能找到rdmolfiles，代码仍然无法正常运行。

求各位大佬指导！
（已经试过换单个Chem包和重装RDKit了，两种方法都不行）

smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C<
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关于Rdkit安装与解决Jupyter环境无法导入rdkit模块问题(纯新手经验）
m0_57734104的博客
08-16 4602
1.安装Anaconda 可以自行在Anaconda下载安装。 2.打开Anaconda prompt(开始菜单Anaconda文件夹里面） 执行下面这条代码安装Rdkit环境。 conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 然后等待安装，安装成功的应该如下图： 然后根据提示激活环境(active environment)，执行激活代码。 conda activate my-rdkit-env 激活完成后截图如下： ...
求助！应用rdkit库时出现问题
weixin_57926321的博客
08-15 536
#获取有效核#获取有效核电荷 def atomicNum(mol2): mol = Chem.MolFromMol2File(mol2,removeHs = False) atoms = mol.GetAtoms() atomicNums = [] for atom in atoms: Num = atom.GetAtomicNum() atomicNums.append(Num) atomicnum = torch.tensor([a...
RDkit | 安装报错及使用
跳动的喵尾巴
11-13 1573
【代码】RDkit | 安装报错及使用。
总是出现ModuleNotFoundError: No module named ‘rdkit‘，但是已经安装了rdkit
Drug discovery
03-21 1433
发现我的python解释器不是molclr环境的解释器，所以这里我需要改为与molclr环境的解释器【只需要进入你的bashrc，然后将你which python的环境变量注释掉就可以了】总是出现，但是我已经安装了rdkit，此时你应该使用“ which python ”来看当前的环境使用哪个python解释器，最后重新激活环境，可以看到成功了。
【异常错误】ValueError: rdkit.Chem.rdchem.BondType.DATIVE is not in list
Drug discovery
06-23 768
在处理MoleculeNet_datasets的HIV数据集的时候出现了下面的错误：35275352763527735278一直不知道错误在哪里。
Anaconda下安装rdkit，运行时出现“ImportError: DLL load failed:”
qq_41937076的博客
10-17 3721
conda 下安装好了rdkit环境 在pycharm中设置好环境，运行程序时，会出现ImportError，类似下面的错误提示： 在网上查找答案的时候，有人给出了如下建议： 以上两张图片来源here 当时下载rdkit时，是默认下载的最新版本（2019），我又按照上面的命令下载了2018的版本，两个版本同时用时，因为没掌握好路径问题，还是会出现问题。 于是我卸载了2019的版本，并且删除了有...
ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序，rdkit安装问题解决办法
最新发布
m0_61691772的博客
07-04 792
使用pip install rdkit==2022.3.3显示成功，但是实际导入的时候报错from rdkit.Chem.rdmolfiles import *ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。
【RDKit】关于RDKit安装问题，python兼容性问题（最后有RDKit的正确安装方法）
DJJ5210的博客
11-08 8906
去rdkit-pypi官网（https://pypi.org/project/rdkit-pypi/#description）找到对应版本的。ImportError: DLL load failed while importing rdmolfiles: 找不到指定的程序。除非修改python版本到较低版本如python3.7或python3.6，使用下面两种方法都是安装的之前版本的rdkit，找到对应版本的支持python3.8的安装指令。
关于pytorch和rdkit的问题
zansuolly的博客
04-12 964
PyTorch官方文档中提到，当前PyTorch支持的Python版本是Python 3.6、Python 3.7、Python 3.8和Python 3.9。这些版本的Python环境都是兼容的，但建议使用Python 3.7或Python 3.8，因为它们被广泛使用，且PyTorch社区也提供了更多的支持和资源。RDKit官方文档中提到，RDKit当前支持的Python版本是2.7、3.5、3.6和3.7，这些版本的Python环境都是兼容的。卸载包rdkit 安装rdkit-pypi，安装失败。
python遇到AttributeError: module ‘XXX‘ has no attribute ‘XXX‘的错误，解决办法
m0_52883102的博客
03-11 1万+
例如:你用了cv2的库，即有import cv2 的语句，而你这个程序的文件名也是cv2.py的话，那么当你使用cv2.imshow()的时候其实是调用你自己写的程序而不是真正的cv2库，因此当然会报has no attribute 'XXX’的错误啦。（很有可能是自己写的参数与官方文档规定的参数不一致，请参考官方文档中的函数是规定了传递什么参数）解决方法就是改文件名就行啦。
rdkit.Chem.rdMolDescriptors module
qq_21521561的博客
11-23 2504
rdkit.Chem.rdMolDescriptors module Module containing functions to compute molecular descriptors classrdkit.Chem.rdMolDescriptors.AtomPairsParameters((object)arg1)→ None : Bases:Boost.Python.inst...
rdkit安装指南-常见问题解决（rdkit找不到包、下载时加载0%）
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04-29 2万+
1 rdkit RDKit是一个用于化学信息学的开源工具包，基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等。基于PYTHON语言进行调取使用。 官网：https://rdkit.org 官方安装文档：ttps://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md 第二个链接介绍的非常清楚, 对于英语好的朋友推荐大家直接阅读. 因为又很多化学领域的小伙伴需
【RDKit】Python化学包RDkit的教程
Glimmer
07-10 1万+
官方地址 http://www.rdkit.org/ 本文不再给出安装方法，读者可自行网上搜索。 教程 说明：如果某一行有注释，则该注释表示该行的输出 读取文件 RDKit能读取各种各样的化学结构文件，类和方法主要在rdkit.Chem.rdmolfiles这个模块下，因此需要先导入包 from rdkit import Chem 以sdf文件为例，官方给出了4种等价的读取方法，这些方法返回一个...
RDKit|分子读取
发呆的比目鱼的博客
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Python argument types in rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(NoneType) did not match C++ signature
Burger_的博客
03-14 756
Python argument types in rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(NoneType) did not match C++ signature错误的解决
pthon3.8版本之后rdkit安装之后缺少dll文件的问题
weixin_45750162的博客
03-13 2759
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RDKit|化学反应操作与处理
最会设计的科研狗
05-22 3169
文章目录化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理 化学反应 Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配，将匹配上的结构按反应模式进行合成。 1.SMARTS创建反应 从SMARTS创建一个反应模式：Chem.ReactionFromSmarts() 下面这个反应表示一个羧基，与至少带有一个氢的氮原子反应，形成酰胺 定义反应物：reactants 进行一个反应：RunReactants(reacta
python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature
yueyuebalala的博客
02-18 5536
运行rdkit时报如下错误：python argument types in rdkit.chem.rdmolfiles.moltosmiles(nonetype) did not match c++ signature 出现问题时首先分析可能的报错原因 rdkit包出现错误 ，这时候需要卸除原来的rdkit包，并安装新的包 待处理的mol文件格式有错误，如果报这个错误就需要查看文件的错误 注意：切记不要一报错就认为是软件包的问题 我的报错原因就是mols文件格式有误 我先用smilestomol包将
那些年踩过的坑（一）——安装Rdkit的曲折之路
stepondust 的课堂
03-25 6722
在做项目的时候碰到一个比较坑的问题，就是Rdkit无法安装，在经过一系列折腾以后终于成功了，非常高兴，所以将自己安装Rdkit时的一些经历记录下来（因为不是一边安装一边写的博客，所以一些报错没办法截图了），一方面用来告诉自己一件事，那就是只要思想不滑坡，方法总比困难多，遇到报错时不要慌，要细心地阅读Warning和Error，而且网上有很多大佬的教程，仔细摸索总会解决问题的，另一方面也想把我的经历...
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