生信技能53 - WisecondorX自动化批量npz转换和reference构建

wiseconrdoX分析CNV适用于CNVseq、NIPT和WGS等项目。

wiseconrdoX基本用法参考：

拷贝数变异CNV分析软件 WisecondorX

本脚本中，bam选择未去除重复的bam文件，convert_bin_size为bam2npz使用的窗口大小（窗口越大，假阳性率越低，但分辨率下降，默认大小5kb），reference_bin_size为构建reference参考基线的窗口大小（本程序默认100kb）。

通过脚本可自动遍历搜索目录下全部.bam文件，自动创建index和bam2npz转换，并构建指定分辨率reference。

wiseconrdoX reference构建脚本

# build_reference.py

import os
from pathlib import Path
import logging