生信技能40 - Clinvar数据库VCF文件下载和关键信息提取

最新推荐文章于 2024-12-25 16:45:40 发布
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 数据库 数据分析 python
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/136454902
本文介绍了如何下载Clinvar数据库的VCF文件，并详细讲解了如何使用Python进行读取和关键信息的提取，是生物信息学分析的重要参考资料。

Clinvar 下载VCF文件

# 后台下载最新版本VCF
wget -c -b https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20240301.vcf.gz

# 解压
gzip -d clinvar_20240301.vcf.gz

读取Clinvar VCF文件

# vcf文件路径
clinvar_vcf = "clinvar_20240301.vcf"
df_clinvar_vcf
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