在linux安装p2fa

    可以在官方的文档中看到,安装这个p2fa需要两个工具包,一个是htk,一个是sox,而p2fa的安装只需要在将这两个工具包装好之后,将官方的安装包下载并解压,就可以直接使用

    这其中比较复杂的就是htk的安装,需要注意的是,htk目前官方只提供3.4.1和3.5两个版本,但是p2fa只能在3.4版本的基础上运行,所以需要获取3.4版本的资源,这个资源可以在这里找到。下载HTK-3.4.tar.gzHTK-samples-3.4.zip就可以了。

接下来是htk3.4的安装,具体步骤可以参照这两个博客:linux下HTK安装说明以及HTK在Ubuntu下的安装步骤。需要注意,在安装X11包的时候要安装32位版本的,所以只安装第一个链接的三个库。./configure中设置的是最后要安装的bin文件夹的位置,最终模型会使用的HCopy,HList等工具都会安装在这里,比如设置为./configure --prefix=/home/user/p2fa/htk,然后执行make all

    但是在这些博客中没有提到的是在安装过程中,执行完make all之后可能会出现一个报错

Makefile.in:77: *** missing separator (did you mean TAB instead of 8 spaces?).  Stop.

    这是因为在./htk/HLMTools/Makefile中的第77行,他将tab键错输为了8个空格,使用vim应该会看到这个错误提示,修改之后再次运行make all。然后执行make install,然后就会在bin在configure设置的路径下生成一个bin文件夹,在这个文件夹下可以看到前面提到的HCopy,HList等工具。

    还需要注意的是环境变量的配置那一步,直接export仅在本次登录中有效,如果需要永久修改该环境变量,需要修改/etc/profile这个文件,在末尾加上

export PATH=$PATH:/home/user/p2fa/htk/bin一行,然后执行source Makefile,但是在我的后续的测试中,仍然存在报错

Calling HInit for HMM S
sh: HInit: not found


Calling HInit for HMM C
sh: HInit: not found


Calling HInit for HMM V
sh: HInit: not found


Calling HInit for HMM N
sh: HInit: not found


Calling HInit for HMM L
sh: HInit: not found
Source Directory Empty hmms/hmm.0

在一个外网论坛上看到了这个问题的解决方案:环境变量还需要将刚刚那个HTKTools加进去

export PATH=$PATH:/home/user/p2fa/htk/HTKTools 这样就没问题了。

    在测试的时候,如果使用zip格式的压缩测试文件,即使已经正确安装了HTK,似乎仍然不能正确显示测试结果,所以最好用tar.gz压缩的测试文件,同时3.4版本的HTK也能正确运行3.4.1版本的测试用例。

    当然如果你使用的是3.4.1版本的htk,后续在测试的wav音频如果有语音间隔(就是单词和单词之间的间隔),仍然不能正确执行,所以一定要安装3.4版本的htk

    sox的安装十分方便,直接pip install sox即可使用

    最后是p2fa的安装,在他们的官网可以找到这个工具的安装包,这个软件在他们官方的说明中可以看到仅测试了python2.5与python2.6,但是经过我测试,python2.7下也能正常运行,当然如果你需要安装python3版本下的p2fa,可以在这里找到源代码,同样的,这个版本的p2fa也需要3.4版本的htk。下载解压之后就可以运行这个软件了(需要将默认的文件夹名字Penn Phonetics forced aligner改为Penn,因为好像他的代码里面使用的文件夹名是Penn,没有后面那一长串),然后直接运行python align.py ./test/BREY00538.wav ./test/BREY00538.txt ./test/My.TextGrid即可运行,txt文件是这段语音的文字内容,TextGrid是划分的输出结果,运行结果既有将每个音位进行分割后的时间节点,也有将每个单词进行分割后的时间节点,从dict文件中可以看到,他其实是将每个单词的音位进行了标注(总共有12w个单词)

<think>嗯,用户的问题是关于如何在Linux安装rsem-calculate-expression命令,他提到了使用sudo apt install rsem。我需要先确认这个命令的正确安装方法。首先,根据用户提供的引用[2],里面提到了使用RSEM计算表达量的命令,但并没有说明如何安装。所以可能需要参考其他资料。 通常,在Ubuntu或Debian系统上,软件包可以通过apt安装,但需要确认软件包名称是否正确。用户建议使用sudo apt install rsem,我需要检查是否存在这个包。不过根据我的知识,RSEM可能不在默认的仓库中,可能需要通过conda或者源码安装。比如,引用[1]提到安装Anaconda,可能用户的环境是通过conda管理的。另外,引用[2]中的示例命令是直接使用rsem-calculate-expression,所以可能需要安装RSEM软件。 可能正确的安装方法是通过conda,比如使用bioconda频道。用户之前可能安装过Anaconda,所以可以建议他们使用conda install -c bioconda rsem。此外,如果用户使用的是apt,可能正确的包名是另一个,或者需要添加第三方仓库。但根据常见的生物信息学工具安装流程,conda可能是更可靠的方法。 另外,用户的问题中提到sudo apt install rsem,但不确定是否正确。需要验证是否存在这个包。比如,在Ubuntu中运行apt search rsem,可能找不到或者包名不同。如果不存在,那么需要引导用户使用其他方法,比如源码安装或者conda。例如,引用[2]中的示例可能来自已经安装好的RSEM,所以需要指导用户如何正确安装。 总结步骤:1. 通过conda安装(推荐),2. 源码编译安装。同时,需要检查依赖项,比如Bowtie2,是否安装。另外,安装后需要测试是否成功,比如运行rsem-calculate-expression --help。可能还需要配置环境变量,如引用[1]中提到的,但conda通常会自动处理。 用户可能遇到的问题:如果直接使用apt安装失败,需要转向其他方法。所以回答中需要包含多种安装方式,并指出可能的错误和解决方法。例如,如果找不到包,建议使用conda或者从GitHub克隆源码编译安装。此外,提醒用户安装依赖项,确保RSEM正常运行。</think>根据您提供的引用[2],安装`rsem-calculate-expression`命令需通过RSEM软件包。以下是详细安装方法: ### 方法一:通过conda安装(推荐) 1. 确保已安装Anaconda/Miniconda(参考引用[1]的环境配置方法) 2. 添加生物信息学软件频道并安装: ```bash conda config --add channels bioconda conda install rsem ``` 3. 验证安装: ```bash rsem-calculate-expression --version ``` ### 方法二:源码编译安装 1. 从GitHub克隆最新代码: ```bash git clone https://github.com/deweylab/RSEM.git cd RSEM make ``` 2. 将可执行文件加入环境变量: ```bash export PATH="/path/to/RSEM:$PATH" ``` ### 依赖项注意 - RSEM需要Bowtie/Bowtie2或STAR作为比对工具,可通过以下命令安装: ```bash conda install bowtie bowtie2 star ``` - 若遇到OpenGL相关错误,需安装`libgl1-mesa-dev`(参考引用[4]的依赖项处理方法)
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