编程实现在IntAct数据集上批量查找蛋白交互对

实现功能：
输入：Uniprot中的accession number
输出：与输入蛋白相关的蛋白交互对（左列是原列表中的蛋白，右侧是查询到的partner）

直接使用代码
https://github.com/JulseJiang/Code_for_blog/blob/main/Python_ExtractPartnerFromIntAct/exTMPnonTMPpiar20201201.py

或者看看处理过程：

数据下载

数据集下载链接：这里下载mitab格式，方便解析
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/intact/current/psimitab/

下载intact.txt或者intact.zip 自行解压都行

提取IntAct中的全体蛋白对

实现效果

文件中部分蛋白是Uniprot中的，部分蛋白是EBI中的，目前只考虑Uniprot中的

提取到103w对来自uniprot的蛋白，去重之后剩余673577对
20201201 下载的数据，也就是2020 年11月7日发布的数据，里面有673577对的蛋白来自uniprot标注
blog/blob/main/Python_ExtractPartnerFromIntAct/pair_norepeat.txt

输入某个蛋白质accession 列表，查找到8k条相关的蛋白对

相关代码

1. 提取intact.txt中用Uniprot ID表示的蛋白对

def extractPPIFromIntAct(finPair,foutPair):
    # finPair = r'E:\data\intact\intact.txt'
    # foutPair = r'E:\data\intact\pair.txt'
    with open(finPair, 'r', encoding='UTF-8') as fi, open(foutPair, 'w') as fo:
        line = fi.readline()
        while (line):
            line =