iDIO：Diffusion MRI 标准化处理工具箱

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iDIO是一个半自动化的扩散磁共振成像(dMRI)处理工具，旨在简化dMRI数据的预处理。它通过读取输入数据的DICOM和JSON标签，自动生成配置文件，适应各种dMRI采集方案。iDIO整合了ANTs、FSL、MRtrix3等软件的功能，提供质量控制报告，支持从不同MRI供应商获取的dMRI数据。该工具提高了数据处理的透明度和一致性，降低了技术门槛。

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基本信息

1. 标题：Integrated diffusion image operator (iDIO): A pipeline for automated configuration and processing of diffusion MRI data

2. 期刊：Human Brain Mapping

3. IF/JCR/分区：5.399/Q1/中科院二区

4. DOI：10.1002/hbm.26239

1、导读

2、软件开发背景

3、软件介绍

3.1 iDIO 工作流

3.2 iDIO QC报告

3.3测试数据

4、软件测试结果

4.1 iDIO生成的数据

4.2 运行时间

4.3 数据QC和信噪比

5、结论

1. 导读：

扩散磁共振成像( diffusion magnetic resonance imaging，dMRI )数据的预处理涉及多个步骤，包括头动校正、磁化率失真、低信噪比和信号漂移等。研究者往往需要根据不同的图像采集方案配置不同的预处理步骤，这增加了dMRI分析的技术门槛。这可能导致数据处理方法的差异，从而阻碍研究之间的可比性。为了使dMRI数据处理步骤透明化，适应各种dMRI采集方案，我们提出了一种半自动化的dMRI工具，即iDIO。该流程整合了dMRI软件工具和目标的特性，通过根据输入数据自适应配置一组建议的处理步骤，为dMRI数据分析提供一键式解决方案。此外，该软件还提供了后处理的选项，如扩散张量指标的估计和使用通用脑图谱进行基于全脑纤维追踪的重建。iDIO软件还输出质量控制报告，方便用户评估数据质量。为了保持数据处理的透明性，iDIO工作流程中产生的执行日志和所有中