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RSS订阅原创 16s测序之零碎
（扩增子序列变体）和OTU（操作分类单元）是微生物组数据分析中两种核心方法，其选择需结合研究目标、数据特性及技术资源。lASV需搭配高精度数据库（如SILVA 138+或GTDB），OTU可用Greengenes等旧库。lASV默认过滤单条序列（singleton），OTU需手动剔除丰度＜0.005%的噪点。lASV生成推荐DADA2（纠错能力强）或Deblur（适合Illumina短读长）。lOTU聚类可用VSEARCH（兼容QIIME2）或UPARSE（去噪优化）。
2025-09-06 16:55:58
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原创 第一讲R包corehunter 3.2.3 构建核心种质
摘要：CoreHunter工具为构建高效核心种质提供了解决方案，通过整合遗传标记和表型数据，采用EN、PD、AN、GD等指标进行加权筛选。该工具支持多种距离算法（如Nei's距离），优化了种质资源的多样性和代表性。在R环境中安装需满足Java等依赖，通过调整目标函数权重（如AN+GD=0.7）可平衡遗传与表型多样性。评估指标包括SH、HE、PIC等，显著提升计算效率和等位基因保留率（98%以上），适用于大规模种质资源优化。
2025-09-04 20:49:43
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原创 使用 corehunter 构建核心种子资源群体
Core Hunter 3的核心算法基础是，其通过优化两个新引入的距离指标（E-NE和A-NE）来量化核心集合的多样性或代表性，同时结合多目标优化策略提升核心子集的质量。
2025-09-04 19:41:57
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空空如也
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