学学习笔记：利用TCGA Assembler工具下载及处理数据

最新推荐文章于 2021-02-05 11:11:17 发布

Eric's blog

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CC 4.0 BY-SA版权

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Eric_blog/article/details/105261727

本文介绍了一个用于从TCGA和CPTAC数据库中检索并处理数据的软件管道TCGAassembler2。通过使用特定模块，如Module_A和Module_B，用户可以下载并处理如COAD的CPTAC数据，涉及的流程包括安装必要的R包、下载临床数据及后续的数据处理。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

下载包的作者提供的下载地址：https://github.com/compgenome365/TCGA-Assembler-2
文献引用：TCGA assembler 2: software pipeline for retrieval and progressing of TCGA/CPTAC data
参考操作说明：https://cloud.tencent.com/developer/article/1481868

工作环境准备

在这里插入图片描述

安装包

getwd()
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("httr")
biocLite("RCurl")
biocLite("stringr")
biocLite("HGNChelper")
biocLite("rjson")
library(httr)
library(bitops)
library(RCurl)
library(stringr)
library(HGNChelper)
library(rjson)
library(digest)
##download clinical data
#https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/tcga/
#查看癌症缩写
source("Module_A.R")  
source("Module_B.R")

利用Model_A下载数据

以COAD的CPTAC数据为例：

filename_coad_CPTAC <-DownloadCPTACData(cancerType="COAD", 
                  assayPlatform = "proteome_iTRAQ",
                  saveFolderName = "./ManualExampleData/RawData.TCGA-Assembler")

利用Model_B处理数据

在这里插入图片描述

source("Module_B.R")
CPTACData	<-	
  ProcessCPTACData(inputFilePath	=	filename_read_CPTAC[1],	
                   outputFileName	=	"COAD_iTRAQData",	
                   outputFileFolder	=	"./ManualExampleData/ProcessedData.TCGA-Assembler")