学学习笔记：利用TCGA Assembler工具下载及处理数据

最新推荐文章于 2025-09-10 22:12:30 发布
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本文介绍了一个用于从TCGA和CPTAC数据库中检索并处理数据的软件管道TCGAassembler2。通过使用特定模块，如Module_A和Module_B，用户可以下载并处理如COAD的CPTAC数据，涉及的流程包括安装必要的R包、下载临床数据及后续的数据处理。

下载包的作者提供的下载地址：https://github.com/compgenome365/TCGA-Assembler-2
文献引用：TCGA assembler 2: software pipeline for retrieval and progressing of TCGA/CPTAC data
参考操作说明：https://cloud.tencent.com/developer/article/1481868

工作环境准备

在这里插入图片描述

安装包

getwd()
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("httr")
biocLite
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