PBS文件编写备注（2020.12.18 updated）

EmmettPeng

于 2020-12-17 16:20:23 发布

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分类专栏： Miscellaneous 文章标签： linux

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最近在使用一组集群服务器跑我宏基因组的任务，服务器上跑任务使用的PBS作业提交系统。关于这个PBS系统是个啥东西大家可以自行百度。大概的意思就是一般不能在命令行上直接跑命令，要先将命令和对这个命令的说明（如任务名、节点安排等）写到一个指定的.pbs文件，再把该文件提交至系统，让系统调度文件来运行。我这次使用这个系统的目的是我的很多组宏基因组数据可以在上面并行运行，调用不同的节点，相当于有很多台服务器同步运行，这样能够增加我的效率。

花了一段时间整理PBS文件的编写规则和PBS系统的基本命令，自己也摸索了一下，开个帖子记录一下。

PBS文件编写

#PBS -N trimmomatic_HMd
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -q queue1

cd /clusterfs/node2/fengkai/pengxi/coldseep/layer
java -jar /clusterfs/node2/fengkai/pengxi/software/Trimmomatic-0.39/<