影响一篇研究论文最终质量的因素有很多。网络上也有很多讲解论文写作的系统性的文章。这里笔者主要从多年的论文写作、审稿和作为编辑的经验,讲一些在英文论文写作中重要或者必要但是又容易被忽视的一些问题。希望这些小的提示能让读者的文章读着更舒服,给审稿人留下一个更好的印象,从而增加文章被接受的可能性。我主要从三个步骤来谈,第一步是文章写作之前,第二步是论文初稿写作,最后一步是写完初稿后的检查。
接下来我们就先谈谈着手写作文章之前的一些注意事项。
一、重新审视主题和立意(挖掘创新点和亮点)
研究主题的创新性(innovation)、新颖性(novelty)和重要性(significance)是论文的灵魂。研究论文的本质是有什么问题没有解决,有什么方法没有突破,有什么现象之前被忽视,这篇文章如何详尽可信地解决了这个问题。
当然有人会说,不是人人都能发牛刊顶刊,不可能所有的研究课题都必须要有很强的原创性和重要意义。事实的确如此,但是我们想问题的出发点必须是这样的,因为这是科研的目标和严肃性严谨性所决定的。严肃杂志的出发点一定是new knowledge,novelty和significance。因此,一定要尽最大努力结合领域内的最新文献,最大程度地挖掘并展示创新点和亮点。抱着侥幸的心理,灌水的心理,最终的结果必然是反复的拒稿。
二、实验结果能够支持实验假设(不要堆砌数据)
在着手写作之前,仔细思考,和导师及合作者充分讨论,目前的结果能否很强地支持自己最初的实验假设?此外,有的时候虽然在最初,我们有一个明确的研究目的,但是在实验过程中出现一些新的数据,与我们的假设相矛盾或者可以引入新的假设。因此,系统性地重新审视我们的实验数据非常重要。
在审稿或者编辑过程中,我们会发现有些作者给出了相当多的数据。尽管数据来之不易,但是切合主题更重要。如果有些结果不能很好地支持当前的研究主题,需要将这部分数据果断去掉,或者可以一分二,将一篇文章分为两篇独立的文章。强行在一篇文章里面论述多个主题,结果是都讲不好而且容易造成理解上的障碍。
此外,审稿的过程中,结果的可靠性也至关重要。从多个角度支持同一个结论,比使用单独的重复实验更具有说服力。比如,为了证明肿瘤中的浸润免疫细胞数量增多,不仅可以通过流式细胞检测来证明,还可以通过免疫印迹实验(Western blot)、免疫荧光实验和RNA测序来证明。这四种方法相互关联但不重叠(比如免荧光不仅可以看到数量变化,还可以看到空间分布情况;RNA测序是RNA的表达水平,而其他三个是蛋白水平),可以从不同的角度证明结果的可靠性。因此所有的实验结果都需要围绕实验目的或假设,尽量从不同角度论证,让审稿人无法反驳和质疑其可靠性。
三、恰当的解读结果(不要overclaim)
在审阅论文的过程中,我们会发现许多作者夸大研究的重要性。夸张的结论会让审稿人觉得作者的结果不能很好地支持作者的结论从而导致被拒稿。有些时候审稿人也许会明确指出要求作者不要overclaim,但是总的来说过度解读结果不仅无益,也许会导致不必要的拒稿。在文章中谨慎使用very significant,the first ever等词语。另外,不要将结论无限地扩大。在审稿人拒稿的论文中,经常有作者只是发现了一个生物标记物或者建立了一个预测模型,但是结论却声称对治疗某某疾病提供了重要的靶点和提供了机制上的见解。
四、故事的逻辑性(在大脑里讲好一个故事)
论文的逻辑性包括段落之间的逻辑性和句子层面的逻辑性。每个段落有一个中心主题,段落之间的顺畅过渡,这是段落之间的逻辑;在段落里面,句子之间有因果、转折、递进,这是句子之间的逻辑。整理好逻辑,就是在大脑中“放电影”的时候没有卡顿,一气呵成。
实验结果的逻辑性很重要,从一步到下一步,引导读者顺着你的思路往下走,最后顺利地得出结论。这个和上面说的不要堆砌数据相呼应,放入不相关的数据,会导致审稿人逻辑思绪的中断和理解上的障碍。
因此,在真正着手写作之前,安静下来冥想,确保这个故事已经在大脑里形成了,可能会让写作事半功倍哦。
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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")
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