速度自关联函数——LAMMPS与MATLAB

最新推荐文章于 2023-11-27 18:24:23 发布
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本文介绍了使用LAMMPS和MATLAB这两种工具计算材料科学中的速度自关联函数，详细解析了各自的代码实现，并探讨了它们在动力学分析中的应用。

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速度自关联函数——LAMMPS与MATLAB

随着科学技术的不断进步，计算和模拟在材料科学与工程领域起到了重要的作用。其中，研究材料的动力学性质对于设计和开发新材料至关重要。速度自关联函数是一种常用的分析工具，用于研究材料中原子或分子之间的运动关联性。本文将介绍使用两种不同的工具，即LAMMPS和MATLAB，来计算并分析速度自关联函数。

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款基于分子动力学方法的模拟软件，用于模拟和分析原子、分子以及宏观级别的材料系统。LAMMPS通过计算每个粒子的位置和速度，可以获得系统的动力学信息。下面通过一段LAMMPS代码来计算速度自关联函数：

# 创建原子
lattice fcc 4.0
region box block 0 10 0 10 0 10
create_box 1
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LAMMPS与MATLAB之间的速度自关联函数比较
ByteSparkX的博客
09-15 478
LAMMPS提供了丰富的功能和灵活的输入选项，包括计算速度自关联函数。速度自关联函数是一个在分子动力学模拟和材料建模中广泛使用的工具，用于分析材料中原子或分子速度的自相关性。在本文中，我们将比较两种常用的工具：LAMMPS和MATLAB，在计算速度自关联函数方面的功能和性能差异。速度自关联函数是一个在分子动力学模拟和材料建模中广泛使用的工具，用于分析材料中原子或分子速度的自相关性。在本文中，我们将比较两种常用的工具：LAMMPS和MATLAB，在计算速度自关联函数方面的功能和性能差异。
速度自关联函数—LAMMPS V.S MATALB
Rockyoung
06-09 2939
速度⾃关联函数是一个描述系统在某⼀时刻的速度（3N个分量量；N是粒⼦子数）与另一时刻的速度的关联程度的函数。这个函数的自变量是关联时间（correlation time。速度自关联函数可以构成一个张量，但一般只考虑三个方向（对各向同的性系统还可以对三个⽅方向作平均，从⽽而得到一个标量）.........
LAMMPS 程序和 MATLAB 是两个常用于科学计算的工具，分别用于分子动力学模拟和数值计算
IELLQUI9的博客
09-24 504
在循环的每个迭代中，你可以编写自己的计算代码，例如调用 LAMMPS 程序并传递输入文件进行计算，或者执行其他你所需的计算任务。LAMMPS 使用一种称为输入文件（in 文件）的格式来定义计算模拟的参数和设置。在这些输入文件中，用户可以指定计算资源的使用方式和控制循环计算的过程。在本文中，我们将介绍如何使用 LAMMPS 的输入文件进行计算资源的抢占和大规模循环计算，并给出相应的 MATLAB 代码示例。一种常见的方法是通过设置 LAMMPS 输入文件中的核心数目来指定使用的 CPU 核心数。
matlab初学代码-lammps-tutorials:LAMMPS初学者教程
05-28
matlab初学代码LAMMPS初学者教程 这些教程是根据我在密西西比州立大学（MSU）先进车辆系统中心（CAVS）网站上的原始教程重新创建的，其中包括Jupyter Notebooks中代码的更新。 我希望这对每个人对LAMMPS的学习有所帮助！ 谢谢。 。 运行LAMMPS！ 了解如何计算最小能量晶格结构 。 运行LAMMPS！ 了解如何通过命令行输入变量并挖掘日志文件以获取要在MATLAB或Python中绘制的值 。 运行LAMMPS！ 了解如何在张力下变形模拟单元并可视化结果 。 运行LAMMPS！ 了解如何在压缩中变形模拟单元并可视化结果 。 运行LAMMPS！ 了解如何制作晶界 。 运行LAMMPS！ 了解如何拉伸晶界直至断裂 。 运行LAMMPS！ 了解如何计算在LAMMPS之外使用的许多每个原子指标 。 运行LAMMPS！ 了解如何将100个单元的原子聚合物链添加到LAMMPS 我什至尝试将此处的脚本更新为一些较新的LAMMPS版本。 到现在为止还挺好！ Python，Anaconda，Jupyter Notebooks的初学者呢？
matlab如何分析lammps,matlab 读取lammps dump 文件
weixin_29828857的博客
04-13 874
发一个我修改过的m文件吧：% MATLAB后处理 LAMMPS数据：求解管道流动，各量沿着管道半径方向的分布：function [varargout] = scandump(varargin) % Function to scan LAMMPS dump fileclc;clear alltrydump = fopen('water_pos+vel.txt','r');catcherror('Du...
关于matlab的相关性函数
热门推荐
qinghuanduji的博客
06-30 3万+
前记 最近在狂找关于相关性的函数及使用，自己总结一下大佬们的理解。 matlab中自带函数 1、xcorr——互相关函数 r = xcorr(x,y) r = xcorr(x) [r,lags] = xcorr(___)%r是输出数据，lags是移位量（滑动偏移值） 可以通过该函数对两个有时延的信号进行对齐处理， 其原理在于将被选指标相对于基准指标前后移动若干个时间单位，然后对移动后的序列和基准指标序列求相关系数，最大的相关系数所对应的移动时间就是该指标领先或延迟的时间段。 示例可参见—— 序列
LAMMPS后处理——MATLAB子函数合集整理
Rockyoung
05-23 9884
本博客将会介绍一些集成后子函数，可直接调用，用于Lammps的后处理，子函数内容和功能会及时更新，请关注博客更新时间
多晶建模_lammps_多晶_matlab_多晶matlab
09-10
标题中的"多晶建模_lammps_多晶_matlab_多晶matlab"暗示了我们将使用MATLAB进行多晶体结构的创建，并将其转换为LAMMPS可以理解的数据格式。LAMMPS的"data"文件是其读取的输入文件，包含了系统的原子类型、坐标、力场...
lammps教程：推荐几个比较实用的lammps自带函数
lammps_jiayou的博客
05-26 2865
大家好，我是小马老师。 今天给大家介绍几个lammps自带的几个函数，这几个函数没有被列在lammps官方手册命令列表中，但是非常的实用。 1. xcm（）：计算原子组的重心坐标 Xcm（）函数语法规则： Xcm（group_ID，x|y|z) Xcm（）作用是返回原子组group_ID重心的某一个方向的坐标，如需要返回xyz三个坐标，调用三次命令即可。 用法举例： #返回tool重心的x坐标，存入dx变量中 variable dx equal xcm(tool,x) 2. fcm(）：计算原子组的受力
自相关函数分析
04-18
噪声背景下的信号检测是一项复杂而又重要的任务，在雷达信号检测和通信领域都是重要的课题。本文主要针对在噪声背景下周期信号的检测问题，先介绍了几种较为常用的信号检测方法，对自相关函数检测法进行了理论推导，仿真及分析并且仿真分析了多重自相关检测方法的效果，在低信噪比情况下与普通自相关函数法进行了比较。此外还给出了通信信号和雷达信号的检测实例。
MATLAB计算关联函数的方法
02-27
MATLAB计算分形理论中关联函数的方法。
lammps实例
12-08
关于一些lammps资源的实例，可以对lammps有一个了解。
python correlation_互相关（cross-correlation）及其在Python中的实现
weixin_39823269的博客
11-29 1943
在这里我想探讨一下“互相关”中的一些概念。正如卷积有线性卷积（linear convolution）和循环卷积（circular convolution）之分；互相关也有线性互相关（linear cross-correlation）和循环互相关（circular cross-correlation）。线性互相关和循环互相关的基本公式是一致的，不同之处在于如何处理边界数据。其本质的不同在于它们对原始...
lammps教程：推荐几个比较实用的lammps自带函数（2）
lammps_jiayou的博客
05-31 2704
大家好，我是小马老师。 上一篇文章介绍了lammps中常用的几个自带函数，本文继续介绍比较常用的lammps自带函数。 1. random（）：随机数函数 random（）语法规则为： random（lo，hi，seed） Random（）函数的功能是生成一个处于（lo,hi）之间的随机数，seed为随机数种子。 例如，在体系内随机选择一个区域或者随机选择一个原子，可用random（）函数随机生成位置或者原子ID。 2. vdisplace（）：位置更新函数 vdisplace（）函数语法规则为： vdi
自相关函数学习思考
cracy3m的博客
01-28 1499
自相关函数学习思考 自相关（Autocorrelation），也叫序列相关，是一个信号与其自身在不同时间点的互相关。非正式地来说，自相关是对同一信号在不同时间的两次观察，通过对比来评判两者的相似程度。自相关函数就是信号x(t)x(t)x(t)和它的时移信号x(t−τ)x(t-\tau)x(t−τ)的乘积平均值。它是时移变量τ的函数。 也就是说一个函数f(t)f(t)f(t)的自相关函数为:: R(τ)=∫−∞+∞f(t)f(t−τ)dt R(\tau)=\int_{-\infty}^{+\infty}f(t
LAMMPS如何计算速度矢量分布？MATLAB
TechRoar的博客
08-07 612
在MD模拟中，LAMMPS是一款广泛使用的计算软件包，而MATLAB则是一种功能强大的数值计算环境。LAMMPS提供了强大的分子动力学模拟功能，而MATLAB则为后处理和数据分析提供了丰富的工具和函数。它能够模拟原子、分子和其他粒子的动力学行为，并提供丰富的功能和灵活的扩展性。通过读取文件中的数据，我们可以提取出三个坐标轴上的速度分量，并计算出速度矢量大小。在分子动力学模拟中，每个粒子都有一个速度矢量，包括了粒子在三个坐标轴上的速度分量。在LAMMPS中，通过指定时间步长和模拟时间，可以执行MD模拟。
PDOS公式证明
manmanaa的博客
03-19 2103
文章目录证明pdf文档下载 由速度自相关函数（VACF）计算态密度（PDOS）的公式推导 证明 基本思想来自于 DICKEY (1969) 这里不做非常严谨的推导，不然的话写不下。 公式不好打，这里只贴上图片，后面会附上pdf。 pdf文档下载 百度网盘 提取码：wn83 ...
LAMMPS后处理以及编程技巧
Rockyoung
02-04 3万+
在进行分子动力学模拟的时候，往往需要对于我们关心的热力学、动力学量以及体系结构信息等进行统计。主要介绍针对分子模拟的动力学过程（轨迹文件）进行后相关的处理分析（需要一定编程能力)......
lammmps分子动力学中如何根据能量计算原子的速度
最新发布
m0_52105006的博客
11-27 1738
例如，在做分子动力学原子沉积模拟的时候，在上方需要入射一定能量的原子，这时候在参数定义的时候我们需要定义速度。这里的vz -63.49就是定义z方向上的熟读，在metal单位制下其单位为Å/ps。下面我们根据在入射能量为10ev下计算N原子的初始速度。%根据动能定理计算速度，这里的单位为m/s；通过更改EV（能量）和M（原子摩尔质量）的值可以得到不同的速度。V=v/100, %将所得速度进行转化，单位为埃米/ps。m=M/1000/n;%计算一个原子的质量；
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