POVME3使用的一些前置处理及 example 所用 .ini 翻译

POVME3 : https://github.com/POVME/POVME3

Install

官方给出的安装方式是使用miniconda（不过他给的是miniconda2，不知道3行不行：

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -b -p miniconda2
. miniconda2/etc/profile.d/conda.sh
conda activate base
pip install povme

以后每次运行 povme 都需要打开 base 这个环境（当然你也可以一开始就命名成一个你喜欢的名字。

Direction

POVME3可以用来计算生物大分子（一般是蛋白质）特定空腔的体积。目前只接受 .pdb 作为输入，因此如果要计算一系列体系的体积（比如 gromacs 产生的 .xtc），就需要提前合并或者转化成 .pdb 格式；在 gromacs 中可以这么做：

gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1.pdb -pbc nojump # -fit rot+trans

当然你也可以配合-b -e -skip等来对轨迹进行截取（最好是调整到合适的帧数，我这边用一核预处理+计算大概是 2 min/帧）；而且，必须要消除周期性、平动和转动。

POVME 运行还需要一个配置文件 .ini，这个文件包含空腔体积判定设置和其他输入输出设置，具体内容见后；当我们执行程序时，需要在环境中进入待计算文件所在文件夹，假设配置文件叫sample_input.ini并且输入的.pdb已经设置为md_0_1.pdb，通过以下指令进行运算：

python POVME3.py sample_input.ini 

然后就会产生一个新文件夹，运算结束后里面会有一个包含所有帧对应空腔体积的文档以及该 .pdb 对应产生的 .pdb.npy 文件，后者可以用于后续的聚类分析。

下面介绍一下 .ini 文件的内容，重点在于那些如何让程序知道你想计算哪个口袋，以及这个口袋的范围怎么判定的设置（前面带有￥的选项（在写 .ini 的时候不要把￥加进去））：

用固定点定义口袋 sample_input.ini

配置文件 sample_input.ini 内容如下（各选项注释附后）：

# First, we need to define a point field that entirely encompasses all trajectory pockets.
GridSpacing            1.0                                
InclusionSphere  65.0 98.0 50.0 16.0                
InclusionSphere  -100.0 -100.0