PLUMED 及 GROMACS with PLUMED 安装教程

本文意在指导读者安装 PLUMED 及与其适配的 Gromacs。需要注意的是，我们需要先安装好 PLUMED，然后利用其对 Gromacs 安装包进行处理，随后才可以编译出可以使用 PLUMED 的 Gromacs 版本。

PLUMED 安装

PLUMED官网为 https://www.plumed.org/download，请前往此处下载。然后解压：

tar -xzvf plumed-2.9.0.tgz
cd plumed-2.9.0/

运行（$PLUMEDDIR是你的 PLUMED 安装目录）：

./configure --enable-mpi --prefix=$PLUMEDDIR

make
make install

编译完成后配置环境变量，在~/.bashrc中添加：

# plumed
export PATH=$PATH:$PLUMEDDIR/bin
export PATH</