GROMACS的安装以及部分常见报错

最新推荐文章于 2025-05-11 17:58:57 发布

CocoCream

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分类专栏： GROMACS 文章标签： linux gromacs

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/CocoCream/article/details/119932298

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本文指导如何在CentOS 7上安装必要的工具如cmake3、gcc和fftw，解决gromacs编译中遇到的NoCMAKE_CXX_COMPILER和版本过低问题，以及内存溢出和编译错误。通过一步步操作，确保gromacs练习顺利进行。

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开始安装之前需要准备一些东西（这些的具体安装方式下面会讲的，不过喜欢自己配置环境的话也可以手动捣鼓）：

1.可以运行的Linux机器（下面说明用到的都是Centos 7.x的版本，另外我用到的是阿里云的云服务器）
2.1 cmake3（下面教程有傻瓜版安装。手动安装可以参考https://blog.youkuaiyun.com/zjb18741809273/article/details/119192553；不过编译gromacs还需要Python3的支持，Linux系统大多自带Python2，所以手动的大佬可能还需要安装Python3.6.x以上的版本，可以参考https://blog.youkuaiyun.com/L_15156024189/article/details/84831045（上面两个都是保姆级教程了））

2.2 gcc
3.1 傅里叶变换软件fftw（http://fftw.org/index.html（里面也有安装的引导，如果想搞明白每个设置的意义可以看一下，单纯为了安装的话跟着下面的引导就好了））

3.2 gromacs（http://www.gromacs.org/（里面也有安装教程https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html）

我主要是依照sob大神写的教程来的（http://sobereva.com/457）。里面讲的很清楚，cmake3按照教程下载就可以。不过下面依然遇到了几个问题。

在进行gromacs的编译时出现了以下报错：

No CMAKE_CXX_COMPILER could be found.

这是因为没有安装gcc编译器（~~天真的我以为cmake会自带这种东西呢~~ ）,可以直接yum install gcc-c++来进行安装。

不过yum提供的gcc可能版本过低（编译需要gcc版本大于5.1.x），可以这样更新（scl只是临时启用高版本的gcc，退出shell就会自动关闭。如果需要长期使用可以参考https://www.cnblogs.com/FengGeBlog/p/14919920.html）：

yum install centos-release-scl -y
yum install devtoolset-8 -y
scl enable devtoolset-8 bash

最后用gcc --version来检查一下。

gcc版本过低就可能导致如下报错：

CMake Error in /sob/gromacs-2021.3/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CMakeLists.txt:
  Target "cmTC_90232" requires the language dialect "CXX17" , but CMake does
  not know the compile flags to use to enable it.


CMake Error at cmake/gmxDetectTargetArchitecture.cmake:44 (try_compile):
  Failed to generate test project build system.
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:168 (gmx_detect_target_architecture)

这两个错误似乎都是因为gcc版本过低导致的，低版本不支持c++17，按照上面说的更新一下就好。

最后在编译的时候可能会遇到这种报错：

g++: fatal error: Killed signal terminated program cc1plus
compilation terminated.
make[2]: *** [sql/CMakeFiles/sql_gis.dir/gis/crosses.cc.o] Error 1
make[1]: *** [sql/CMakeFiles/sql_gis.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

c++: Internal error: Killed (program cc1plus)
Please submit a full bug report.
See <http://bugzilla.redhat.com/bugzilla> for instructions.
make[2]: *** [sql/CMakeFiles/sql.dir/item_geofunc.cc.o] Error 1
make[1]: *** [sql/CMakeFiles/sql.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2

大概是物理内存被填满了。可以试着建立一个swap分区来让内存使用跟合理一些，参考https://www.cnblogs.com/zsummer/p/4808422.html。如果还是依然报错的话，可以试着去掉make install -j中的-j（虽然但是不知道为什么，明明并行处理会更快一点，~~似乎是会增加CPU的负担~~ ）。

最后附上一个gromacs的练习册http://www.mdtutorials.com/gmx/😉