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RSS订阅原创 解析表观遗传学的工具——ChIP-seq（一）
伯小远在前面的推文中给大家介绍过在已知启动子的情况下如何去筛选与其结合的转录因子是什么（这里用到的是酵母单杂筛库的方法哦！），那么反过来，如果发现了一个转录因子，想要寻找与其结合的启动子是什么，该用什么方法呢？答案是ChIP-seq（染色质免疫共沉淀结合下一代测序技术），没错，小远今天将要给大家介绍的就是与染色质免疫共沉淀相关的内容，染色质免疫共沉淀实验除了可以研究转录因子与启动子的结合之外，还能做什么实验呢？想要一探究竟，就跟着小远一起往下看吧！01染色质免疫共沉淀简介蛋白质-DNA相互作用的全基因组图谱
2025-05-07 13:20:21
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原创 你会用什么方法研究蛋白的弱/瞬时相互作用？
蛋白互作在细胞生命活动中发挥着关键作用，并且在不同的时空层面上参与多种细胞学过程，例如，调控细胞周期、蛋白质的合成与分泌、信号转导与代谢等。因此研究蛋白互作对于理解分子调控网络至关重要。目前大家常用的寻找蛋白互作研究手段主要有酵母双杂交（Y2H）筛选和免疫共沉淀结合质谱（IP-MS）分析。使用Y2H研究互作蛋白时需要构建合适的cDNA文库，这一步往往费时费力，并且酵母细胞作为单细胞真核生物与高等真核多细胞生物如植物细胞之间存在显著差别。在大多数情况下，免疫共沉淀（Co-IP）因为不能有效地捕获瞬时或较弱的蛋
2025-05-06 09:39:23
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原创 宝藏！转基因株系检测的N种方法
当然，也可以不进行特异性扩增及纯化而直接进行测序，也就是单纯的全基因组重测序（图12），这种方法也是可以的，只是测序量较大、成本较高。对于（1）和（3），咱都比较熟悉了，所以只讲一下（2），因为创建突变体库一般采用的是混转策略，将含有不同基因编辑载体（即含有不同sgRNA的载体）的农杆菌混在一起，再对外植体进行侵染、共培、分化出苗等步骤，所以在这个过程中，阳性植株中的sgRNA具体是哪一个我们是不清楚的，并且还可能会同时插入多个sgRNA，因此，我们需要根据插入的sgRNA的情况来确定需要检测的靶标。
2025-04-30 14:18:25
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原创 解析表观遗传学的工具——ChIP-seq（二）
为了帮助大家理解，小远在解析表观遗传学的工具——ChIP-seq（一）中介绍了许多基础知识，有了基础知识做铺垫很多东西理解起来就会更加容易。当时由于篇幅的原因，有些知识点只是简单提了提，没有具体展开，而今天的内容主要是给大家介绍ChIP-seq应用的一些文献实例，如果在这个过程中涉及到一些比较重要的知识点，小远还是会给大家继续解释的哦！别走开，正文马上就要开始啦！点这里看解析表观遗传学的工具——ChIP-seq（一）。05ChIP-seq实验的应用5.1研究组蛋白的修饰情况在前面的文章中我们简单提了提组蛋白
2025-04-29 13:24:46
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原创 单倍体育种引领现代种业进入“高铁”时代
单倍体育种（Haploid breeding）是植物育种手段之一。通过单倍体诱导获得的单倍体植株经染色体加倍后即可出现纯系植株（2n），从中选出的优良纯系后代不分离，植株表型整齐一致，并且与传统育种（6-8代自交）相比可显著缩短育种年限，因此具有重要的意义。该技术不仅适合某些特定表型的纯合，例如，自交不亲和植物的育种，也可以应用于快速繁殖、突变育种和转基因育种等方面。随着单倍体技术的不断革新，目前该技术已经成为现代育种技术体系的三大核心技术之一。今天我们主要是以玉米单倍体育种为主线，结合单倍体育种在其他物种
2025-04-29 09:09:27
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原创 5G育种技术之植物性状订制
检测转基因阳性植株，再通过检测靶位点基因型筛选基因编辑植株，此后经过自交可分离出无转基因成分的基因编辑植株；首先设计sgRNAs，在原生质体中验证其特异性及脱靶性（可选），再将其递送至植物细胞后分化出编辑苗，对编辑苗的靶位点进行扩增、测序以确定其编辑形式，后续再进行其他表型检测、安全评估等。在这里先介绍一种被美国农业部（USDA）批准上市的基因编辑大豆，该大豆是通过TALEN介导的基因编辑技术生产的，是美国首个获批的基因编辑产品，也是为数不多的真正商业化成功的案例，是非常有代表性的，大家可以了解一下喔。
2025-04-28 14:38:02
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原创 DNA-free基因组编辑技术任重而道远
DNA-free或Transgene-free基因组编辑技术，能够产生非转基因的基因组编辑植物或动物，消除了基因编辑载体整合到基因组中带来的风险，也减少了基因编辑的脱靶率。这很大程度上缓解了人们对基因编辑产品在环境和食品安全方面的顾虑，对于基因编辑育种的推广具有重要的价值。而获得更高效、适用性广、投入低的DNA-free基因组编辑技术，我们任重而道远。1.为了生存我们的祖先曾有长达250万年的时间里靠狩猎采集维生，直到大约七千年以前，祖先从杂草中选择了水稻或是小麦的祖先进行大量的种植，并选择在水源附近定居，
2025-04-28 10:20:25
787
原创 解析表观遗传学的工具——ATAC-seq（一）
DNA转座子要求插入位点的染色质是开放的，对于ATAC-seq而言，同时需要将携带已知DNA序列标签的转座酶人工添加到细胞核中，对开放染色质进行切割，得到带有标签引物的DNA片段，然后再利用已知序列的标签引物对得到的DNA片段进行扩增，构建测序文库(Buenrostro et al., 2013)。ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。
2025-04-27 13:48:48
940
原创 植物合成生物学：上帝之手，万物皆可合
1. 背景介绍在正式阅读之前我们先来回顾一下：什么是合成生物学？合成生物学是一门以工程思想为指导、多学科结合的新兴领域，通过一系列重新设计与技术改造使生物体或细胞具有新的能力，在此过程中设计与构建一系列新的标准化的生物元件、组件与系统，以实现理想的合成生物系统。该领域在过去十多年的发展中，从设计生物装置、建立代谢通路到合成基因组，大多是在微生物底盘中进行的。但随着研究的深入，简单的单细胞体系已无法满足发展需求，需要向多细胞的复杂体系过渡。植物拥有丰富的内膜系统和细胞器、高度特化的生物合成基因簇、精细的代谢调
2025-04-25 16:38:02
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原创 速！带你走进期刊封面的科学与艺术之美！
研究团队提出地理“微同域和微异域”的概念，利用叶片性状和分子标记对栎类多样性及分化进行持续性研究，检测了广泛分布于我国的槲栎和槲树在微同域和微异域种群中的叶性状和遗传分化及与环境因子的关系，认为地理环境因子和遗传因素都会影响物种的性状，并且这种影响是非对称的，这种非对称的影响和物种的进化历史有关，演替早期，物种应对地理环境的变化较为稳定，而演替晚期，物种则为了获得更多的生态资源，性状分化随地理环境变化更明显。在整体画面前后虚实关系的对比上，作者把艺术化的叙述和具体的描绘结合起来，让封面更生动，更通俗易懂。
2025-04-25 09:56:22
1040
原创 植物信号转导概述——学习植物的交流方式
很早之前小远就想对这一块的内容下手了，但是这块的内容实在太多了，不知从何下手，写本次文章的过程中小远查了很多资料，无意间发现一个内容很好的PPT（其实其内容也主要来源于一本叫做《植物生物化学与分子生物学》的英文书），于是就按照它的内容整理了这篇文章，对于小远来说是一个学习的过程，之前很多连不起来的知识通过这篇文章基本都连起来了，希望这篇文章对大家来说也是一个兼顾知识入门以及自我提升的过程。受体脱敏的一种机制是，受体通过内吞作用被运回细胞内部，使细胞表面的受体数量减少，能与内环境中配体结合的受体也就减少。
2025-04-24 16:29:53
1166
原创 植物免疫系统的“御敌”机制
植物在大多数的陆地生态系统中属于生产者，形成食物链的基本。微生物和动物依靠着植物作为其居所、以及氧气或食物的提供者。所以植物常常受到病毒、细菌和真菌以及蚜虫、毛虫和蚂蚱等小型食草动物的威胁，还会遭到马、牛和羊等大型动物的啃食。植物并非“坐以待毙”，而是形成了一系列外部和内部的防御机制。本期文章伯小远就为大家主要介绍植物内部的防御机制——植物免疫。1.可怕的植物病害在19世纪中期，爱尔兰境内没有大规模种植其他粮食作物，也没有发达的手工业，种植马铃薯几乎是爱尔兰人赖以生存的方式和唯一的食物。不幸的是，在1845
2025-04-24 10:57:38
877
原创 跨物种基因“借力”
为了测试草甘膦处理后在地钱中是否会积累莽草酸和S3P，作者使用LC-MS/MS检测在5μM草甘膦处理下地钱和拟南芥中莽草酸和S3P的含量，结果显示与未处理的植物相比，拟南芥中莽草酸的增加倍数显著高于地钱（图7E），草甘膦处理后，拟南芥中S3P的积累量也显著高于地钱（图7F）。（B）在盐碱胁迫下高粱NIL幼苗的表型分析。过表达的转基因烟草植株，在盐和干旱胁迫下，转基因烟草的鲜重、光合速率和叶绿素含量都显著高于野生型（图6a-d），转基因烟草叶片在缺水条件下的水分流失速率显著低于野生型（图6e、f）。
2025-04-23 11:09:16
640
原创 原来转基因材料还可以继续这样研究！
上题为“Root-secreted bitter triterpene modulates the rhizosphere microbiota to improve plant fitness”的文章，除此之外，还有很多其它的文章，大家如果感兴趣的话可以通过检索关键词如“rhizosphere microbiota”来查看相关的文献，另外，大家也可以通过查看一些植物微生物领域的大课题组的研究成果来学习相关的研究思路。植物功能基因对根际微生物组的影响是基于分子信号的传递来进行的。
2025-04-22 09:56:25
793
原创 从Nature文章开始了解高蛋白基因
高蛋白的重要性？图1 2022年11月15日，全球人口达到了80亿。图片来源：联合国人口基金。1950年，世界人口总数约为26亿。到1987年，世界人口增长至50亿，1999年达到60亿，至2011年10月，全球人口约达70亿，而在上个月即2022年11月15日，我们一起见证了全球人口达到了80亿。预计，世界人口将从目前的80亿增至2050年的97亿，并可在2100年达到110亿的峰值。图2 全球人口规模和年增长率预计。图片来源：《World Population Prospects 2022》。蛋白质已被
2025-04-21 14:54:04
890
原创 一篇让你在信号通路网络学习上迅速进阶的Nature！
在之前的推文中给大家介绍过表观组学、信号转导相关的知识，然后最近也有老师经常问到蛋白激酶相关的问题，小远非常幸运地发现了一篇文献，这篇文献涵盖了提到的所有内容，下面就让我们一起去看看这篇文献具体讲了些什么吧！2022年8月在Nature上发表了一篇题为“Glucose-driven TOR-FIE-PRC2 signalling controls plant development”的研究文章。作者发现葡萄糖可以激活TOR激酶的活性，从而影响全基因组H3K27me3的水平，并且建立了TOR激酶和PRC2蛋白
2025-04-21 10:13:32
790
原创 植物如何防止“病从口入”
图8 （a）pCI-OSCA1.7与pCI-BIK1或与pCI-BIK1（KD）共转染的COS-7细胞中记录的全细胞形态电流的典型迹线（左图）和相应的统计分析（右图）。值得注意的是，电流强度不高于表达OSCA1.3+BIK1（图7b，c）的细胞中记录的电流强度。（注：膜片钳技术用以记录通过离子通道的离子电流来反映细胞膜单一的或多个的离子通道分子活动）显示，OSCA1.3表达时存在电流，而且与BIK1共表达时电流增加，无激酶活性的BIK1（KD）和OSCA1.3 S54突变没有增加电流的效果（图7b，c）。
2025-04-18 13:30:47
741
原创 你知道微生物是如何调控植物功能基因的吗？
作者最终清晰的证明了微生物产生的IAA会延迟植物的开花。）的根系分泌物、根际微生物群落和植物之间的分子相互作用，并鉴定出了一个新的代谢网络（图2），其中植物根系分泌物会影响根际微生物的群落组成，而微生物则可以通过产生IAA来下调植物中与开花有关的基因，从而延迟开花时间，并且微生物还可以通过影响氮的有效性来影响植物的营养生长。总的来说，这篇文章的整体研究思路是属于非常经典的类型，值得大家学习借鉴哦，尤其是刚接触这方面研究的小伙伴们，一定要多读一些经典的研究案例，对于规划自己的后期的研究也是有帮助的。
2025-04-17 13:21:06
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原创 转录本江湖：“哪吒” 与 “敖丙” 的巅峰较量
本文内容速览：在“植物基因的“断舍离”——选择性剪接”一文中，小远给大家介绍了选择性剪接的基础知识，包括剪接的概念、剪接过程、常见的剪接类型以及选择性剪接的鉴定方法，如果对这部分知识还不太了解，强烈建议你去读一读这篇文章哦！当基因发生选择性剪接后，会产生多个不同的转录本，每个转录本都可能编码具有独特功能的蛋白质，进而在植物生长发育、应对环境胁迫等诸多生理过程中发挥关键作用。那么，在今天的文章中，小远主要想探讨一个关键问题——在实际研究过程中，我们该如何探究不同转录本的功能差异呢？别着急，跟着小远一起看看几个
2025-04-16 15:50:30
857
原创 大豆转化那些你不知道的小秘密
（h）去除主根后的转化大豆植株。此外，与表达GFP的种子相比，表达DsRed2的种子即使在白光下也能通过颜色识别，DsRed2对转化植株的生长和育性没有明显的不利影响（图5）。大豆转化效率低下阻碍了CRISPR/Cas9工具在创制大豆突变体上的应用，为了优化这一工具，可以在sgRNA的基因编辑效率上进行优化，根据上面的介绍，对大豆sgRNA基因编辑效率的优化可以通过根癌农杆菌介导的毛状根体系，大豆中毛根体系的又分为两种：下胚轴毛根体系和离体毛根体系，这两种方法都可以用于检测大豆sgRNA的基因编辑效率。
2025-04-15 13:12:41
719
原创 一个基因可以发上百篇文章，你敢信？
在高硝酸盐浓度下，硝酸盐与两个单体结合，通过减弱激酶CIPK23的活性来保持同步运动，从而保持NRT1.1的二聚体状态，进而调节低亲和力的硝酸盐信号及转运。在2009年之前的研究中发现，NRT1.1参与了硝酸盐的信号转导过程，比如，其抑制AtNRT2.1、刺激ANR1调节侧根生长、抑制L-Glu诱导的根系构型调节、刺激休眠种子的萌发等 (Ho et al., 2009)，这些缺陷是由于硝酸盐的摄取减少，从而导致硝酸盐与未知传感器的可及性降低，还是NRT1.1本身就作为硝酸盐的信号传感器导致的呢？
2025-04-14 11:22:53
585
原创 三个蛋白之间的关系如何研究？（一）
其实小远除了找到上面举例提到的两个酵母三杂交的方法之外，还找到了另外一种酵母三杂交的文献，不过那篇文献是介绍具体方法的，并不像这里的是应用案例，因此小远在这里将那篇文献的题目告诉大家，大家要是感兴趣的话可以自己去下载查看，这里就不再展开讲解了。（A）NOT1和NOT9B的结构域和相互作用域。HA-NOT1 M的共同表达明显降低了表达Y2H对HA-AD-NOT9B/phyA-LUC-BD的细胞的生长，但对HA-AD-NOT9B和phyA-LUC-BD蛋白水平的影响很小（原文献图6-图补充1B，C）。
2025-04-11 09:28:52
550
原创 WRKY家族想做个自我介绍（一）
植物中目前已经被发现的转录因子家族众多，其中，WRKY是一类在开花植物中具有重要功能的转录因子，其广泛参与调节植物的防御反应和生长发育过程，所以该基因家族的研究一直是植物学界的热点之一。相信大家或多或少都有听说过这个基因家族吧，小远也是对它充满了兴趣，但由于WRKY现有的研究成果非常丰富，所以在这一期的推文中，只能先和大家一起来梳理一下WRKY在植物生长发育这一方面的研究进展，希望通过文章的阅读可以帮助大家更好的了解WRKY的“家庭背景”。例如，在拟南芥的春化途径中，冷诱导的AtWRKY34可以与。
2025-04-10 09:23:07
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原创 植物的“双刃剑”——活性氧
文本内容速览：一、什么是ROS地球上富氧的大气决定了多细胞生命形式的进化，许多生物依靠氧气而存活，细胞内时时刻刻发生着与氧气分子（O2）相关的生理过程，这些过程中O2随着电子以及能量的变化，不可避免地产生活性氧（Reactive oxygen species, ROS）(Raymond and Segrè, 2006; Waszczak et al., 2018)。ROS是由O2衍生而来的一系列分子，比O2具有更高的化学反应活性(Waszczak et al., 2018)。细胞中ROS的主要形式包括过氧化
2025-04-03 10:20:43
955
原创 植物中的性别相关基因（一）
本文内容速览：雄兔脚扑朔，雌兔眼迷离，双兔傍地走，安能辨我是雄雌？相比动物，植物表现出更为复杂的有性形态，开花植物可分为：1）雌雄同体植物——两性花，同时具有雄性和雌性器官；2）雌雄异株植物——单株植物开单性花；3）雌雄同株植物：植株可同时产生雌、雄交替的单性花；4）雌性两性同株植物——植株可产生雌花雌雄同体花；5）雄性两性同株植物——植株可产生雄花雌雄同体花；6）雌性两性异株植物——个体植株可以产生雌花雌雄同体花；
2025-04-02 09:48:40
649
原创 蛋白质翻译后修饰——糖基化
（a）糖蛋白的富集。与蛋白质翻译后修饰N-糖基化不同，O-糖基化没有固定特征的氨基酸序列，糖链分子也没有固定的核心寡糖结构，糖链分子中聚糖类型、聚糖数量呈现多样性，在分离糖蛋白的过程中缺乏从蛋白质中水解O-聚糖的通用酶，因此O-糖基化是随机的、多变的且没有规律可循的，这些原因导致发生O-糖基化的糖蛋白结构更为复杂。N-聚糖的合成起始于内质网，在糖基转移酶的作用下聚糖分子链与蛋白质中的氨基残基连接形成糖蛋白，糖蛋白最终在高尔基体的囊膜中进行转运，经过进一步的修饰加工，会带上不同的糖链结构。
2025-04-01 09:10:27
1033
原创 蛋白质翻译后修饰之间的Crosstalk
本文内容速览：蛋白质翻译后修饰（Protein translational modifications, PTMs）指的是在蛋白质的氨基酸上共价添加或去除特定的基团的过程。PTMs可参与调节蛋白质活性、稳定性、表达、定位和其他蛋白质之间的相互作用等，几乎影响了细胞内所有的生物化学反应过程。目前常见的蛋白质翻译后修饰包括泛素化、磷酸化、乙酰化、糖基化、SUMO化等。在前期的推文中，小远通过“蛋白翻译后修饰——泛素化”、“蛋白翻译后修饰——泛素化（二）”、“蛋白翻译后修饰——磷酸化（一）”、“蛋白翻译后修饰——
2025-03-31 16:27:19
825
原创 揭秘植物表型——通过相关指标明确基因功能
本文内容速览：表型鉴定在植物基因功能研究中具有至关重要的地位，能够帮助了解目的基因的功能及其在植物生长发育和环境适应中的作用。表型是基因表达和功能的直接体现，通过对植物的表型进行观察和分析，我们可以推断出目的基因的功能，进而深入研究其在植物生物学和农业生产中的应用潜力。当我们获得转基因植株时，首要任务就是对表型进行鉴定。对于一些可能涉及到植物形态特征的基因，我们可以通过观察叶片形态、花色花香、植株大小等方面直观地评估植物的表型，此外，还可以通过观察一些微观结构，如细胞结构、细胞壁厚度和气孔密度等，以推断目的
2025-03-31 13:55:54
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原创 植物诱导型启动子大盘点（一）
诱导型启动子是植物在长期适应环境的过程中形成的一类能够响应特殊的生物、物理或化学信号的启动子，在没有诱导因子存在的条件下，其驱动的靶基因不表达或本底表达，一旦环境中出现诱导因子，靶基因的表达会迅速增加。关于植物高温诱导型启动子、冷冻诱导型启动子、光诱导型启动子、激素诱导型启动子、盐诱导型启动子等的介绍，小远会继续搜集相关资料，在之后的公众号文章中陆续与大家分享，当然也欢迎大家留言自己感兴趣的诱导型启动子，小远会优先安排写作哦！（b）水稻的开花时间。关于这类启动子的研究开始的较早，相关的研究成果也最多。
2025-03-31 13:08:10
480
原创 植物基因的“断舍离”——选择性剪接
作者利用Iso-seq技术鉴定木薯在对照和低温处理下的转录本亚型，结果表明在对照和低温处理样本中分别从4708和5373个基因座位中鉴定了总共14868和19275个选择性剪接事件（图5B、C），并且发现IR是木薯在对照和低温条件下最丰富的选择性剪接事件类型（占53-55%），A3SS是第二丰富的选择性剪接事件类型（22-25%）（图5D-F）。选择性剪接（可变剪接）是一种转录后调控机制，它通过在剪接过程中选择不同的剪接位点，使单个基因能够产生多种不同的mRNA亚型，从而产生多种蛋白质亚型。
2025-03-28 13:39:47
608
原创 盘点那些与玉米遗传改良相关的基因
植物株型是影响“单位面积产量”的主要因素，对农业机械化等具有重要意义，植物株型由顶端、腋生、居间、次生分生和花序分生组织的布局与活动以及茎、叶、枝条和花序的后续发育所决定(Wang et al., 2023)。破解我国玉米种业“卡脖子”问题是广大科研工作者努力的方向，基因资源的挖掘正是不可或缺的一环，这些研究就是这一现象的真实写照。玉米籽粒性状特征主要包括粒重、容重、含水量、籽粒质地、蛋白含量、赖氨酸含量、甜玉米和糯玉米、生物强化玉米等等，在这里主要向大家介绍与玉米籽粒质地相关的基因。
2025-03-28 09:44:16
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原创 双剑合璧——表观组学和转录组学联合分析
首先，作者利用ATAC-seq绘制了葡萄的染色质可及性图谱，Peak或者是转座酶超敏位点（Transposase hypersensitive sites, THSs）表示富集的染色质可及性区域，在寒冷处理2h后的葡萄样品中共鉴定了1376个正富集和189个负富集的THSs（“正富集”的THSs可以理解为寒冷处理2h与未处理相比某些染色质区域的可及性程度提高，“负富集”的THSs可以理解为寒冷处理2h与未处理相比某些染色质区域的可及性程度降低）。根据结果，高度相关的基因富集在相同的模块中。
2025-03-27 16:41:52
829
原创 青出于蓝-单倍体诱导技术的衍生
综上所述，体内单倍体诱导技术中的eFd-HI和eFi-HI的分子机制有所不同（图4）。基因的后代，以此新创制的单倍体诱导系为父本，与任意自交系如B73杂交，选择后代中目标农艺性状变化的单倍体，通过加倍可获得具有改良农艺性状的纯合基因编辑DH系，且其背景为B73。任何感兴趣的基因型都可以作为父本与单倍体诱导系杂交，诱导产生单倍体后代，绿点代表单倍体诱导系亲本的弱着丝粒，黑点代表野生型着丝粒，受精后来自单倍体诱导系亲本的基因组被消除，产生含有单倍体胚胎的种子，且其继承了单倍体诱导系亲本的细胞质（粉色）。
2025-03-27 08:52:31
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原创 蛋白翻译后修饰研究套路
有些修饰例如磷酸化修饰等是可逆的（图2），因此这些可逆的修饰除了有修饰酶例如激酶，也有与之对应的去修饰酶例如磷酸酶。现阶段，关于PTMs的研究主要还是集中在单个修饰上，不过其研究方向慢慢开始从单个修饰的研究转变为多个修饰的研究，旨在揭示不同PTMs对蛋白质的联合调控，相关推文可见“蛋白质翻译后修饰之间的Crosstalk”。在许多研究中，当研究某个底物蛋白上的修饰情况时，也不是所有的研究都筛选了修饰酶，有些只鉴定出了修饰的位点，再通过后续验证说明修饰和所做研究的联系，这一部分在后续内容中小远再跟大家分享。
2025-03-26 13:39:31
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原创 植物以“忆”御“敌”
杂志上发表了一篇题为“Plant stress memory is linked to high levels of anti-oxidative enzymes over several weeks”的研究论文，该研究发现，在经过持续干旱和极湿处理后，再经过三周的恢复处理（使植物处于正常的生长环境）后，当再次经历干旱时，之前经历过干旱的植物组织损伤较少，Rubisco（核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶）和抗氧化酶（POX、SOD）等含量较高（图5）。因此，出于研究范畴的考虑，仍将这类记忆划分为独立的一类。
2025-03-26 09:51:16
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原创 植物的生长-防御平衡
抗性基因（R基因）编码的蛋白质参与植物和病原物之间的相互作用，最为典型的R蛋白是核苷酸结合位点和富含亮氨酸的重复序列（NLR）的受体，可识别病原体效应因子从而触发植物免疫反应(Duxbury et al., 2021)。这里只给大家介绍了一种DNA甲基化介导的R基因的微调，其他例如蛋白修饰等也能实现R基因的微调，这里主要是为了告诉大家可以通过微调R基因从而实现生长-防御平衡，因此对于如何利用R基因实现生长-防御平衡的方法就未过多介绍，感兴趣的小伙伴可以自己查阅相关文献。红色箭头表示空的、萎缩的颗粒；
2025-03-25 16:06:19
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原创 探索DNA甲基化：BS-seq技术的应用
在这篇文章中，伯小远将给大家介绍DNA修饰的相关内容，DNA修饰主要是指DNA甲基化（DNA methylation），DNA甲基化与植物的基因表达、生长发育和抵御逆境胁迫等重要的生命过程有着密切的联系。被动DNA去甲基化可在DNA复制过程中发生，新合成DNA中的DNA甲基化水平会被降低。为了研究DH果实发育过程中的DNA甲基化图谱，作者对S1、S4和S7三个发育阶段的果实果皮进行了BS-seq分析，发现随着果实的发育，CG和CHG类型的相对甲基化水平下降，而CHH类型的相对甲基化水平上升（图6a）。
2025-03-24 09:01:14
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原创 开启时光机-作物驯化与新种质创制
作物快速驯化能够在短短几年的时间内完成需要花几千年进行的育种工作，但是快速驯化的技术挑战也是巨大的，大多数野生植物没有得到充分的研究，而且一些野生种质资源存在于土著人群的生活环境中，对野生资源的挖掘可能会破坏这一群体内部的和谐。没有颜色表示零贡献）。研究团队筛选出一份高秆野生稻资源-多倍体水稻1号（PolyPloid Rice 1，PPR1），PPR1的生物量极大，株高可达2.7米，穗长可达48厘米，叶宽可达5厘米，但它也具备典型的未经过驯化特征，如稀穗、粒小（栽培稻的1/3）、芒长（大于4厘米）等。
2025-03-21 09:12:12
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原创 蛋白质组学揭开基因组时代新篇章
本文内容速览：蛋白质是执行生命体功能的基本单元，往往以各种复合物的形式存在，构成生物体内错综复杂的互作网络，从而行使生物学功能。因此，许多生物学问题需要在蛋白质层面上进行研究。蛋白质组学（Proteomics）是研究一种细胞或者一种生物体表达的全部蛋白质的学科，已广泛应用于植物生长发育、逆境胁迫等领域，是后基因组时代的研究热点之一。图1 蛋白质组学是后基因组时代的研究热点之一。图片来源：伯远生物。植物蛋白质组具有功能的多样性和时空的特异性，也受到多种因素的影响，这些因素不断地改变蛋白质的丰度、修饰、相互作用
2025-03-20 09:16:42
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原创 从“单兵作战”到“团队协作”——蛋白寡聚化
MADS转录因子几乎存在于所有的真核生物中，拟南芥中存在超过100种I型MADS转录因子和II型MADS转录因子，它们都包含MADS盒（M结构域）和C结构域（C端），但II型比I型增加了寡聚化域，即I结构域（间隔）和K结构域（角蛋白样螺旋），这两个结构域是在进化中获得的，能使II型MADS转录因子与自身或其他转录因子形成二聚体或四聚体，而这也让MADS家族的功能变得异常多样。另外，得益于越来越精细的信号通路机理解析，大家平时阅读文献，也会发现越来越多的蛋白复合物即蛋白寡聚体的分子机制被报道。
2025-03-19 15:31:44
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空空如也
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