以BUSCO数据库为参考，评价组装基因组的的完整性。-优快云博客

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安装方法

方法1

git clone https://gitlab.com/ezlab/busco.git

cd busco

python3 setup.py install --user

./bin/busco -h

方法2

conda create --name  busco

conda activate  busco

conda install -c conda-forge -c bioconda busco=5.6.0

 或者使用mabma

mamba install busco

mamba update busco

cd $file && python3 run_BUSCO.py -i $i.protein.fa -l Database/BUSCO/v4/ascomycota_odb10/（选择适合自己的数据库） -o $file -m prot -c 8 -f

可视化，将组装结果进行展示：

Step1: python3 generate_plot.py --no_r -wd my_summaries（输出位置）

Step2:Rscript busco_figure.R

结果显示：

除了可视化，也可以将所有结果显示在同一个表中更加方便进行筛选，如

cat short_summary.specific.ascomycota_odb10.2008.txt | grep 'C:'，汇总所有结果，在excel中进行筛选。

./run_ascomycota_odb10/busco_sequences：该目录下会记载数据库中比对到的序列，在后面构建系统发育树的时候，基因组质控没问题，但有时跑orthofinder的时候没有出现单拷贝基因，可以通过该目录下单拷贝基因的编号，排除没有共有基因的菌株，重建可以重建构建系统发育树。