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翻译 STdeconvolve安装与使用

STdeconvolve是一个用于空间转录组数据解卷积的R包,可通过GitHub或Bioconductor安装。该包提供了从数据预处理到细胞类型解析的完整流程:首先通过cleanCounts过滤低质量数据,然后使用LDA模型识别潜在细胞类型,并通过可视化工具展示结果。关键步骤包括特征选择、最优模型选取(基于困惑度)、细胞类型比例矩阵提取以及标记基因识别。包内置了多种可视化函数,如空间分布饼图、单细胞类型热图和标记基因表达图等,支持用户探索空间转录组数据中的细胞异质性。

2025-08-31 11:45:27 107

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