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RSS订阅原创 COMSOL 锂离子电池和燃料电池
3.4 圆柱形或方形锂离子电池建模及仿真演示 (二选一)3.2 锂离子电池集总参数模型及其与电池热模型耦合。3.3 两种电池电化学-热耦合模型的区别及应用场景。5.2.2 锂离子电池-空气流动耦合模型构建。5.3.2 锂离子电池-冷却液流动耦合模型构建。5.3.3 典型工况电池液冷模型构建及仿真演示。5.2.3 典型工况电池空冷模型构建及仿真。7.3 传质-导电-电化学-热多场耦合方法。2.3 电池典型充放电过程仿真及后处理技巧。3.1 P2D 电化学模型与电池热模型耦合。
2023-08-24 18:05:08
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原创 NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题
6.3 基础分析脚本，例如：能量平衡，RMSD，RMSF，氢键分析，SASA，回转半径等。目标：了解NAMD软件，掌握NAMD安装环境，了解Linux语言。目标：以文献为例，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。2 NAMD模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等）8.4对每个窗口的结果进行融合模拟得到完整的PMF曲线。八：NAMD在生物技术计算中的应用实例。七：沿着反应坐标的自由能计算：ABF。(d) 活性口袋与配体结合能力变化。二：VMD可视化软件的安装和使用。
2023-07-07 14:08:29
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原创 药物设计领域Nature频发，最新研究热点横空出世！
教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。6.3 基础分析脚本，例如：能量平衡，RMSD，RMSF，氢键分析，SASA，回转半径等。教学目标：熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写，能够独立完成体系动力学之前的准备工作。教学目标：分子动力学流程，AMBER软件动力学原则，完成分子动力学模拟的操作练习。教学目标：从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果。1.7 基于碎片的化合物库筛选。
2023-06-27 14:17:46
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原创 Gaussian量子化学计算技术与应用、LAMMPS分子动力学模拟技术与应用
8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件。8.3 自定义分子力场文件（frc文件），通过lammps程序生成data文件。7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件）1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令。
2023-05-30 13:39:08
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原创 机器学习入门书籍推荐
其实我觉得这本书公式讲的不好，有点跳步，但是周志华说：大二以上的同学应该都能很轻松看懂（好吧，是我太水了~~）第一次看这本书先看下前几章的基础，以及较easy的算法。首先第一本，我觉得是写的最好的，就是郭宪老师的《深入浅出强化学习：原理入门》，这本书可以结合着郭宪老师，知乎名“天津包子馅儿”的博客看。首先推荐第一本python的入门书《流畅的Python》，可以通过这本书了解一些Python的知识，一般机器学习的代码用python写的比较多，如果之前没有用过Python的话，那可以从这本书开始了解它。
2023-05-12 16:06:51
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原创 Rosetta是什么？
它已经成长为提供多种有效的采样算法来探索主链、侧链和序列空间，其优点已经推广到包括 RNA-puzzles 和 CAPRI 在内的更多社区范围的练习中。罗塞塔拥有广泛测试的能量评分功能，包含从折叠到对接到设计的无与伦比的应用范围。现在已经用C++重写，作为一种灵活、多用途的应用，它包括蛋白质和核酸的结构预测、设计和重塑工具。进一步的应用包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计。Rosetta的web服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟，还有数十亿甚至数万亿运行在超级计算机集群上。
2023-05-04 15:32:07
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原创 分析方法 | Rosetta使用教学 ——Protein-protein dock模块（刚性对接）
需要提供两个蛋白结构的输入文件COL_D.pdb和IMM_D.pdb文件，以及1v74.pdb（预对接文件）文件在input_files文件夹下（如果只进行刚性对接可以只准备预对接文件）蛋白-蛋白对接一直是分子模拟中非常重要同时非常难解决的问题，相较于小分子与蛋白之间的对接，蛋白-蛋白对接如今较不成熟，在蛋白-蛋白对接之前，最好能够搜集更多的文献进行支持，让模拟的结果不空洞，才能保证对接的准确性。在进行对接前应对对接的位置有预先的了解并将要对接的蛋白放在预计的对接位置，手动生成预对接的结构文件。
2023-04-28 13:47:26
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原创 Rosetta基础2: 运行Rosetta的程序的基本步骤
其次，Rosetta大多采用的是蒙卡退火和能量最小化的思路来寻找局部能量极小值，因此我们应该提供足够的计算资源来保证采样充分，不可以对小规模的采样结果就轻易下结论，甚至我们需要对结果进一步的进行聚类分析、结构微调，并从中提取有价值的信息。在Rosetta整个框架内，每个经过测试的Protocol都会被整合成独立的应用(app)，这些app跟我们手机上的应用是一样的，需要哪个就用哪个，每个app都具有独立的功能。Rosetta的结果分析是一个非常复杂的话题，这关乎到你所采用的计算方法、打分函数以及人类直觉。
2023-04-25 15:48:05
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原创 Rosetta基础3: Rosetta能量函数简介
在Rosetta中的一个重要假设是库仑势中的介电常数是与两个电荷原子之间的距离决定的，如果两个原子的距离比较近，那么假设他们之间可能只有真空或则一些极性相互作用的原子，因此介电常数比较小，如果距离非常地远，那么他们之间可能填充了水或非极性的物质（如蛋白质的内核），那么介电常数假设为比较大。如果是比较有经验的人士，会认为绿色的模型更接近于真实的蛋白结构，原因是蛋白质往往依靠疏水相互作用驱使折叠成能量最低的状态，而粉红色的右下角处的α螺旋与周围的结合紧密程度较差，蛋白质存在空腔。做出了更加准确的评估。
2023-04-20 11:55:25
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原创 回顾: 在Rosetta中计算氨基酸突变影响的方法
计算蛋白突变体的能量是Rosetta最常见的功能之一，本文将回顾在过去十年中Rosetta设计的概念以及近期常用方法流。
2023-04-18 10:48:39
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原创 什么是Rosetta？
它使计算生物学取得了显着的科学进步，包括从头进行蛋白质设计，酶设计，分子对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。基于 Rosetta 系列算法的蛋白设计在过去十年中在创新蛋白药物、抗体、疫苗、新型合成生物学元件及纳米药物等生物大分子研究领域中被广泛使用。Rosetta是一种生物物理建模工具，根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。- 对多种的区分性，有效的生成精确或近似的知识最小表示。- 将规则、知识最小表示(reduct)、
2023-04-12 10:42:09
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原创 Rosetta快速入门指引
Rosetta随着时间的发展，其功能越发强大，涉及的领域越来越多，关注的用户日益增长。但是Rosetta可能对于一些新人来说，入门的难度较大，因此本文希望以FAQ的形式来回答初次接触Rosetta的用户最关心的一些问题，帮助大家快速入门需要的咨询要点。
2023-04-10 15:50:13
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原创 专题课程三：集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用专题
学习目标：随着高通量组学平台的发展，生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法，不同组学来源（如转录组学、蛋白质组学和代谢组学）的数据可以通过基于深度学习的预测算法进行整合，以揭示系统生物学的复杂工作。学习目标：从常见的多组学联合分析策略出发，如转录组+代谢组，蛋白组+代谢组等，对常用的数理统计分析方法进行介绍，之后学习如何利用数据库如KEGG等进行生物功能富集分析，结合机器学习方法进行生物标志物的挖掘，疾病预测以及生物分子作用机制等。无监督学习介绍，高维组学数据降维，聚类分析，以单细胞转录组数据为例。
2023-03-29 16:48:04
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原创 计算机辅助药物设计
实例讲解与练习：激酶靶点Bcr/Abl抑制剂的构效关系模型构建与活性预测。（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图。实例讲解与练习：新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的对接。实例讲解与练习：基于片段的Bcr/Abl靶点抑制剂优化与改造。实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子。实例讲解与练习：激酶Bcr/Abl靶点抑制剂的半柔性对接。实例讲解与练习：新冠靶点3CL与多肽/类多肽抑制剂的对接。实例讲解与练习：激酶靶点EGFR抑制剂的共价对接。
2023-03-24 16:24:45
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原创 如何快速入门Comsol？
Comsol作为一款性能十分强大的多物理场耦合建模建模软件，如今被越来越多的老师和学生所青睐。今天我就结合我自己学习Comsol的经历，给大家简单介绍一下，Comsol软件如何快速入门。
2023-03-15 13:49:57
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原创 在没有他人帮助下，如何入门COMSOL？
没错，我说的就是某些拍脑门想idea的老板们，自己觉得COMSOL无所不能，就扔给学生去做仿真，从来也不调研一下到底能不能实现，这就导致很多学生像无头苍蝇，毫无头绪，愁眉苦脸。经常看别人的问题就会发现，有很多问题是涉及到该如何操作的，比如如何定义函数，如何调用函数，如何设置变量，如何画出几何阵列，如何添加材料等等。另外，就是多做案例，做的多了，很多操作自然就会了。不管你接到什么样的科研任务，如果你想独立做出来，或者做的像样，甚至最后哪怕做不出来，你也想知道问题出在哪里，那就必须踏踏实实从头学起。
2023-03-13 16:50:23
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原创 COMSOL多物理场耦合仿真技术与应用-燃料电池和锂子电池
3.2 锂离子电池集总参数模型及其与电池热模型耦合。3.3 两种电池电化学-热耦合模型的区别及应用场景。5.2.2 锂离子电池-空气流动耦合模型构建。5.3.2 锂离子电池-冷却液流动耦合模型构建。5.3.3 典型工况电池液冷模型构建及仿真演示。5.2.3 典型工况电池空冷模型构建及仿真。7.3 传质-导电-电化学-热多场耦合方法。2.2 COMSOL 中电池 P2D 模型构建。“COMSOL多物理场耦合仿真技术与应用-“COMSOL多物理场耦合仿真技术与应用-3.1 P2D 电化学模型与电池热模型耦合。
2023-03-13 10:28:00
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空空如也
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