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RSS订阅原创 基于DPABI的功能连接计算与脑区模板使用
本文介绍了使用DPABI工具包计算功能连接(FC)矩阵的操作步骤。首先需确保fMRI数据已完成预处理并转换为NIfTI格式，且经过空间标准化（通常为MNI空间）。计算过程主要包括：选择预处理数据路径、设定时间点数和TR值、定义感兴趣区(ROI)，可选择自带模板或自定义nii格式模板，支持多脑区选择和种子点定义。最终结果将保存在工作路径的Results文件夹中。操作流程涵盖从数据准备到FC矩阵生成的全过程。
2025-11-03 17:37:47
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原创 基于DPABI的fMRI数据预处理操作步骤——预处理流程
本文详细介绍了基于DPABI工具包进行fMRI数据预处理的完整流程。主要包括：1）数据准备，要求被试数据具有一致的时间点数和TR值；2）预处理步骤，包含格式转换、头动校正、T1像分割、去噪、空间标准化等关键操作；3）注意事项，如ReHo图和ALFF图的特殊处理要求、Matlab进程检查方法等。文章还提供了参数设置建议和常见问题解决方案，为研究者使用DPABI进行fMRI数据分析提供了实用指导。
2025-10-13 15:16:32
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原创 基于DPABI的fMRI数据预处理操作步骤——数据筛选与整理
本文介绍了在fMRI数据处理中如何筛选和整理原始DICOM数据的方法。作者指出医院获取的原始数据通常包含多个run、不同参数扫描和预扫描数据，需要筛选出科研所需数据。文章推荐使用MRIcron软件查看nii文件，通过时间点数、文件大小和TR值判断功能像和结构像。其中功能像为4D数据会显示时间点数，结构像则更清晰且无时间维度。文中还提供了工具准备建议，包括Linux环境下的Matlab(需配置DPABI)、WinSCP和MRIcron。最后强调转换后的数据需保留备用，不要轻易删除。
2025-09-29 09:58:14
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原创 基于DPABI的fMRI数据预处理操作步骤——数据准备与整理
本文介绍了fMRI数据预处理的三个关键步骤：1）数据准备（推荐使用DPABI的DemoData或OpenNeuro开源数据集）；2）数据格式转换（使用dcm2niix工具将dicom转为nifti格式）；3）数据整理（按被试ID组织文件，区分fMRI/T1/DTI等数据类型）。重点说明了在Linux系统下批量解压.nii.gz文件的命令，并强调DPABI预处理要求三维.nii格式。全文提供了从原始数据获取到最终整理的具体操作指南。
2025-09-15 15:58:01
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原创 【核磁共振影像数据处理-16】脑连接组connectome计算
wmcsf_10MsiftlMtrack.tck：之前纤维追踪得到的tck文件。mrview：File->open->选择影像。ind_atlas_uint.mif：脑图。connectome_out文件如下。
2025-08-20 15:26:21
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原创 MRtrix3教程——预处理（二）
-pe_dirAP`表示主相位编码方向是从前到后，而`-rpe_pair`与`-se_epi`选项相结合，表示下面的输入文件(即“b0_pair.mif”)是一对自旋回波图像，是用反向相位编码方向获取的。大多数扩散数据是由两个独立的成像文件组成的：一个是以主相位编码方向(primary phase-encoding direction)获取的，一个是以反向相位编码方向获取的。在大多数情况下，这个命令是一个包装器，它使用FSL的命令，如topup和eddy，来解除数据的扭曲并去除涡流。
2025-08-18 17:51:18
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原创 MRtrix3教程——预处理（一）
摘要：扩散数据预处理是神经影像分析的重要步骤。首先使用MRtrix的dwidenoise命令进行去噪处理，可选择输出噪声图。通过mrcalc计算残差图检查去噪效果，若发现解剖结构残留则需调整过滤器范围。可选步骤mri_degibbs可去除吉布斯环伪影，该伪影在b0图像中表现为高对比度界面的平行线。预处理能有效消除运动伪影、噪声和失真，提高后续分析的准确性。
2025-08-17 17:03:24
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转载 MRtrix3教程——快速入门（二）
MRtrixViewer是一款用于查看扩散像和结构像数据的可视化工具，可通过终端命令mrview启动。它支持文件拖拽打开、三视图模式切换及多体积数据浏览。MRtrix使用.mif格式存储数据，但也能读取NIFTI格式。数据处理前需用mrconvert命令转换格式，并检查bvals和bvecs文件与数据卷数是否匹配。BTCpreop数据集包含36名受试者的术前数据，可用于脑肿瘤连接组学研究。
2025-08-16 18:07:04
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转载 MRtrix3教程——快速入门
MRtrix是一款用于扩散磁共振数据分析的软件包，其核心优势在于采用约束球面反卷积(CSD)方法，能有效解决传统张量拟合中的纤维交叉问题。文章系统介绍了扩散MRI的基础知识，包括T1/T2图像对比、白质结构特点、扩散梯度与b值原理、b向量作用等核心概念。重点阐述了张量建模方法及其局限性，特别是交叉纤维问题，并详细解释了球面反卷积技术如何通过纤维取向密度函数(FOD)来更准确地表征多向扩散信号。文章为理解MRtrix软件的技术原理及其在脑白质研究中的应用提供了系统的基础知识框架。
2025-08-15 10:41:02
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原创 【核磁共振影像数据处理-11】Linux批处理
在工作目录batchProc下会生成两个文件夹，aaa和bbb，并且生成子目录proc，终端会输出下面内容。change directory的缩写，切换到某路径下。此脚本由bash进行解释。bash是一种命令解释器。list files的缩写，列出所有文件和子目录。make directory的缩写，创建目录。
2025-08-10 18:15:39
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原创 【核磁共振影像数据处理-10】mrtrix3实现概率纤维追踪及可视化
在右上角tool里选Trackgraphy，选择wmcsf_10Mtrack.tck。也可以在view菜单里选择查看不同视图。查看structural.nii。
2025-08-10 18:01:53
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原创 【核磁共振影像数据处理-3】DTI（扩散张量成像）基础
DTI（弥散张量成像）通过测量至少6个方向的水分子扩散系数，构建扩散椭球来获取组织微观结构信息。主要参数包括轴向扩散系数（AD）、径向扩散系数（RD）、平均扩散系数（MD）和各向异性分数（FA），用于表征水分子扩散的方向性和组织完整性。
2025-08-10 17:02:58
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原创 【核磁共振影像数据处理-8】纤维追踪成像
通过当前追踪方向分布的概率密度函数，多次尝试不同的追踪方向，对不同的追踪结果再做统计分析，得到最可能的纤维走向。根据当前体素的扩散张量主方向来确定下一个追踪方向，直到满足终止条件。终止条件一般有大脑边缘、弯曲角度过大以及各向异性分数过低。分类：确定性纤维束追踪、概率性纤维束追踪。技术成熟但准确定不高。当前最佳未必整体最佳。
2025-08-10 16:42:08
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原创 【核磁共振影像数据处理-6】fsl线性配准理论介绍
Normalised Correlation（标准化相关），用于相同模态，改变亮度、对比度。刚体变换，3缩放，3偏斜（Skews）/剪切（Shears）。Mutual Information（互信息），常用于不同影像模态之间。Correlation Ratio（相关比），常用于核磁共振模态之间。Nearest Neighbour（最近邻），常用于离散化标签影像。Trilinear（三线性插值），常用，快速，不太准确。Spline（样条法），较慢，会产生范围外的值。
2025-08-10 16:18:12
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原创 【核磁共振影像数据处理-2】DWI实践操作
本文介绍了使用AFNI和FSL工具进行DICOM到NII格式转换及后续处理的完整流程。首先使用dcm2niix_afni命令将DICOM格式转换为NIfTI格式，然后通过fslsplit分割影像文件并重命名。接着使用bet命令进行去脑壳处理，生成脑组织掩膜和去脑后的影像文件。最后通过fslmaths计算ADC参数图，涉及对数运算和除法操作。整个流程包括格式转换、文件分割、重命名、去脑壳和参数计算等步骤，适用于弥散加权成像(DWI)数据的预处理。
2025-08-10 15:22:37
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原创 【核磁共振影像数据处理-1】DWI基础
扩散核磁共振（Diffusion Magnetic Resonance Imaging，DMRI）扩散加权成像（Diffusion Weighted Imaging，DWI）扩散张量成像（Diffusion Tensor Imaging，DTI）扩散核磁共振，扩的什么散？核磁共振，共的什么振？3.扩散核磁共振基础。
2025-08-10 14:51:07
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原创 【核磁共振影像数据处理-5】mrtrix3代码实现DTI参数图FA、ADC等计算
本文介绍了DTI数据处理的基本流程：1）创建DTI文件夹存放原始数据；2）使用mrconvert命令将原始数据转换为.mif格式；3）通过dwi2mask生成脑组织掩膜；4）利用dwi2tensor计算扩散张量；5）最后用tensor2metric生成FA和ADC参数图。整个流程涉及数据格式转换、掩膜生成、张量计算和参数图提取等关键步骤，为后续DTI分析提供了基础数据准备。
2025-08-10 14:44:00
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原创 ERROR mrconvert:command not found/找不到命令“mrconvert”的解决方法
MRtrix3安装后mrview能运行但mrconvert报错"command not found"，原因是移动了安装目录导致路径错误。尝试重新配置路径未果后，选择直接重新安装解决该问题。由于该错误较基础，未找到相关解决方案文档，最终通过重装顺利修复。
2025-08-08 11:07:22
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原创 git clone失败的解决方法（超级简单）
在Ubuntu 20.04安装MRtrix3时遇到git clone失败问题，常规方法无效。通过修改命令，在"https://"后添加"gitclone.com/"前缀（原命令：git clone https://github.com/MRtrix3/mrtrix3.git改为git clone https://gitclone.com/github.com/MRtrix3/mrtrix3.git）成功解决克隆问题。该方法为GitHub镜像加速方案，可有效改善国内用户访问GitHub仓库的稳定性。
2025-08-08 10:50:50
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【神经影像分析】基于DPABI的fMRI数据处理与分析：DPARSF详细教程及预处理流程
2025-08-10
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