本地Blast-图文教程

最新推荐文章于 2025-01-11 17:07:29 发布

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本文档详述了本地Blast的用途、安装步骤、数据库构建和使用方法。介绍了如何下载安装Blast，设置环境变量，构建fasta数据库，以及执行Blast查询并解释比对结果。提供了一步步的操作指南，适合生物信息学初学者参考。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

本地Blast-图文教程

好像blast2.10.0.+采用了新的建库方式，在建库的时候可能会遇到**mdb_env_open：磁盘上没有足够的空间**的报错，目前的解决方法是：创建了一个新的“用户变量”。变量名称为“ BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE”，其值为“ **1000000**”。

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本地Blast-图文教程

杂谈

这是我第一次使用Markdown进行文本编辑，使用的App是马克飞象，一款转为印象笔记打造的Markdown编辑器，通过精心的设计与技术实现，配合印象笔记强大的存储和同步功能，带来前所未有的书写体验。

Markdown是一种可以使用普通文本编辑器编写的标记语言，通过简单的标记语法，它可以使普通文本内容具有一定的格式。以后我会学习多用这种语言来编写一些我在学习过程中觉得值得分享给大家的东西。

一、本地Blast用途介绍：

在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况。虽然现在在线做序列比对的数据库网站非常的丰富，但有时候受到网速的制约和需要根据自己的实验目的进行个性化的数据比对时，我们还是会用到本地的Blast(Basic Local Alignment Search Tool，基于本地的比对搜索工具)。下面就详细介绍一下本地的Blast的安装及使用。

二、本地Blast的安装：

1、程序安装

访问NCBI提供的本地Blast下载链接ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/点此进入，
这里写图片描述
网站上提供了Windows、Linux、macOS等版本的本地Blast，请下载与自己电脑系统相适应的版本。不知道自己电脑版本的朋友，可以右击“计算机”，选择“属性”查看系统类型。这里我们用ncbi-blast-2.7.1为例。

2、安装流程

下载完成后，双击.exe安装程序的进行安装，默认安装到C盘，但大部分人都不喜欢把软件安装到系统盘，所以我们在安装的过程中设置安装到G:\blast-2.7.1盘，并且生成bin和doc两个子目录，其中其中bin是程序目录， doc是文档目录，这样就安装完成。然后在目录下新建文件夹，重命令为db。