16s扩增子分析基于qiime1的标准流程-powered by zlab

最新推荐文章于 2021-03-03 13:16:42 发布

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#bash #开发语言

这是一个基于bash脚本的16s扩增子分析流程，详细步骤包括预过滤选择参考OTUs、筛选失败输入、de novo OTUs挑选等，最终完成OTU表制作、分类注释和构建系统发育树。

#!/bin/bash

zlab-qiime1-pipelines

Pick Reference OTUs (prefilter) command

parallel_pick_otus_uclust_ref.py -i split_library_output/seqs.fna -o picked_otus_uclust/prefilter_otus/ -r /home/zlab/qiime_software/gg_otus-12_10-release/rep_set/97_otus.fasta -T --jobs_to_start 4 --similarity 0.6 --enable_rev_strand_match

Filter prefilter failures from input command

filter_fasta.py -f split_library_output/seqs.fna -o picked_otus_uclust/prefilter_otus//prefiltered_seqs.fna -s picked_otus_uclust/prefilter_otus//seqs_failures.txt ¨Cn

Pick Reference OTUs command

parallel_pick_otus_uclust_ref.py -i picked_otus_uclust/prefilter_otus//prefiltered_seqs.fna -o picked_otus_uclust/step1_otus -r /home/zlab/qiime_software/gg_otus-12_10-release/rep_set/97_otus.fasta -T --jobs_to_start 4 --similarity 0.97 --enable_rev_strand_match