zjguilai的博客

第一天：如何在Ubuntu 18.04中安装Linux Kernel 4.17https://www.linuxidc.com/Linux/2018-06/152714.htmlhttps://kernel.ubuntu.com/~kernel-ppa/mainline/v4.17/安装c/c++的函数依赖http://blog.sina.com.cn/s/blog_6dd71c3c01...

首先指定 load结果为一个对象 然后此对象的值 即为 str的 数据表名 然后使用 eval(parse(text = l)) 两个函数 将字符串 转可执行对象 即可完成重新赋值l <- load(“D:\work\task\task_data\02_12306\get_inflection_point\data_ip_pv.Rdata”)head(l)[1] “data_ip_...

摘要：动机基因组选择（GS）是一种新的育种策略，通过该策略，通常使用常规统计模型基于基因组范围的基因组标记预测数量性状的表型。然而，GS预测模型通常做出强有力的假设并进行线性回归分析，限制了它们的准确性，因为它们不能捕获基因型内以及基因型和表型之间的复杂，非线性关系。结果我们提出了一种深度学习方法，名为DeepGS，用于预测基因型的表型。使用深度卷积神经网络，DeepGS使用隐藏变量，在进行预...

1, 序言看到一篇论文, 介绍的特别好, 包罗万象, 读文章时好像看到作者指点江山, 摘抄学习如下, 引用部分是我的吐槽.2, 摘要基因组选择(genomic selection, GS)是畜禽经济性状遗传改良的重要方法。随着高密度SNP芯片和二代测序价格的下降,GS技术越来越多被应用于奶牛、猪、鸡等农业动物育种中。然而,降低全基因组SNP分型成本、提高基因组育种值(genomic esti...

育种值: 动植物中可以稳定遗传给后代的值, 由加性效应控制表型值: 观测表型值回归系数: 两个变量的关系, 构建回归模型, y = a + b*x, b为回归系数相关系数: 两个变量的相关系数遗传力: 可以遗传的比例这些概念有什么联系呢?假定表型值由均值+育种值+残差表型值 VS 育种值::::::结论: 表型值与育种值的相关系数是遗传力的平方根.回归...

运行说明bug1我们在DeepGS 1.0版中测试了示例（**train_GSModel**），发现它可以成功获得。信息如下：加载所需的命名空间：**mxnet**加载所需的包：mxnet[1]“图像大小等于原始的snp编号”用1个设备开始训练[1] Train-mae = 0.810270227050409[2] Train-mae = 0.808830445028143PC...

动物育种：1）育种框架动物育种的基础是父母的特征或多或少地反映在他们的后代身上。这是由于性状或多或少是可遗传的，其中50%的性状是遗传的DNA，包含了动物特征的遗传能力，从父母传给后代。在动物育种中，潜在的亲本是为某些性状而选择的，而最好的亲本确实是作为亲本使用的。通过这种方式，下一代将在基因上得到改进，获得所需的性状。从长期来看，后续的育种活动是在育种计划中进行的。动物育种旨在通过改变其重要...

动物育种（Animal Breeding）是指从遗传上逐代改良动物群体的重要性状从而提高畜牧生产的经济效益。由于动物育种强调从遗传结构上的改进和提升，故动物育种又称为动物遗传改良。现代育种的科学理论可以追溯到1900年孟德尔遗传定律的被重新发现，因为从那时起，育种工作（主要是针对家养动物）才得以按找科学的遗传规律来开展进行。家养动物的系统性育种工作在二次大战后得到了巨大的飞跃，美国统计学家C.R...

基因组选择的流程：GS一般包括以下步骤(图1)：首先建立参考群体(reference population),参考群体中每个个体都有已知的表型和基因型,通过合适的统计模型可以估计出每个SNP或不同染色体片段的效应值;然后对候选群体(candidate population)每个个体进行基因分型,利用参考群体中估计得到的SNP效应值来计算候选群体中每个个体的GEBV;最后,根据GEBV排名对个体进...

分子设计育种通过多种技术的集成与整合, 对育种程序中的诸多因素进行模拟、筛选和优化, 提出最佳的符合育种目标的基因型以及实现目标基因型的亲本选配和后代选择策略, 以提高作物育种中的预见性和育种效率, 实现从传统的“经验育种”到定向、高效的“精确育种”的转化。分子育种分子育种，就是将基因工程应用于育种工作中，通过基因导入，从而培育出一定要求的新品种的育种方法。https://wenku.ba...

1)EBV预测方法动物育种的目的是从根本上改善种群。阿尔伯塔大学和Genesus公司的Dinesh Thekkoot博士写道，换句话说，下一代应该优于当代。挑战在于确定最佳动物是下一代的父母。为了确定未来的父母，我们需要知道他们真正的育种（遗传）价值（TBV）。在现实生活中，不可能观察到动物的TBV。因此，我们使用TBV的估计称为估计育种值（EBV）。根据他们的EBV选择下一代的父母。一个重...

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