为您梳理了几个可用于SNP数据分析的在线工具和资源。虽然名为“combine-to-snp”的特定工具不常见，但SNP分析通常涉及编辑设计、信息查询注释、文件合并等环节

根据您的需求，我为您梳理了几个可用于SNP数据分析的在线工具和资源。虽然名为“combine-to-snp”的特定工具不常见，但SNP分析通常涉及编辑设计、信息查询注释、文件合并等环节。下面的表格汇总了相关工具，方便您快速了解。

工具名称 类型 主要功能 适用场景

TrueDesign Genome Editor 在线软件 设计CRISPR/Cas9等基因编辑实验所需的SNP编辑方案，并可订购试剂。 在实验层面设计和验证特定的SNP编辑。

VEP (Variant Effect Predictor) 在线工具/命令行 对基因变异（如SNP）进行功能注释，包括将rsID与染色体位置信息相互转换。 注释少量SNP的功能后果或进行标识符转换。

SNPnexus 在线注释工具 对SNP集进行多维度注释，包括位置、功能效应等。 对少量SNP（例如10万个以内）进行批量注释。

CottonMD 专业多组学数据库 提供棉花基因索引、遗传变异、群体结构等多种数据的查询和整合分析。 针对棉花物种，进行基因搜索、变异查询和单倍型分析。

💡 关于SNP数据文件合并的说明

您提到的“combine”可能也指将多个样本的VCF（变异呼叫格式）文件合并为一个群体文件，这是群体遗传学分析的常见步骤。不过，这项工作目前主要由命令行工具高效处理，特别是在处理大量数据时。

• 常用工具：bcftools merge 是广泛使用的命令行工具，可以合并多个经过bgzip压缩和索引的VCF文件。

• 合并注意事项：合并前需确保每个VCF文件样本名唯一、格式正确（bgzip压缩并有.tbi索引文件），并避免文件重复。

如何选择适合您的工具？

您可以根据具体目标来选择：
• 实验设计：如果您的研究目的是在实验室中引入或验证某个SNP，TrueDesign Genome Editor 是一个很好的起点。

• 信息查询与注释：如果您有一些SNP的rsID或染色体位置，想了解它们的功能、频率等信息，可以使用 VEP网页版 或 SNPnexus。如果您的研究对象是棉花，CottonMD数据库 能提供非常专一和深入的信息。

• 专业数据分析：如果您需要合并来自多个样本的VCF文件进行下游群体分析，那么学习使用 bcftools 等命令行工具是更专业和高效的选择。

希望这些信息能帮助您找到合适的工具。如果您能更具体地描述您想完成的“combine”是指哪类操作（例如，是合并文件，还是整合不同数据库的信息），我也许能提供更进一步的建议。