孟德尔随机化 肠道菌群 数据集 mibiogen filter 得到的数据集 没有列名,他的真实列名

肠道菌群
https://mibiogen.gcc.rug.nl/

孟德尔随机化 肠道菌群 数据集 mibiogen filter 得到的数据集 没有列名,他的真实列名

“bac” “chr” “bp” “rsID” “ref.allele” “eff.allele” “beta” “SE” “Z.weightedSumZ” “P.weightedSumZ” “N” “Ncohorts”

在MiBioGen平台的肠道菌群GWAS/QTL数据中,这些字段是描述“遗传变异(SNP)与肠道菌群特征关联结果”的核心指标,具体含义如下:

字段名全称/含义解读背景关联(肠道菌群研究语境)
bacBacterium(细菌分类单元)指该条记录对应的肠道菌群分类单元(如某一属、种等),例如“Eubacterium”“Bacteroides”等,代表此SNP与该菌群特征存在关联。
chrChromosome(染色体)该SNP所在的染色体编号(如1、2…22,X,Y),用于定位遗传变异的基因组位置。
bpBase Pair(碱基对)该SNP在染色体上的物理位置坐标(以碱基对为单位),精确到具体的基因组位点,用于精确定位变异。
rsIDReference SNP ID(参考SNP编号)由NCBI的dbSNP数据库分配的唯一标识符(如rs123456),用于标准化标识某一特定的单核苷酸多态性(SNP),方便跨研究引用。
ref.alleleReference Allele(参考等位基因)参考基因组(如GRCh38)中该位置的原始等位基因(通常为常见等位基因),作为对照基准。
eff.alleleEffect Allele(效应等位基因)与菌群特征(如相对丰度)关联的等位基因,即分析中被定义为“效应方向”的等位基因(beta值的方向基于该等位基因)。
betaRegression Coefficient(回归系数)效应等位基因每增加一个拷贝时,对应的菌群特征(如相对丰度)的变化量
- beta>0:效应等位基因与菌群丰度正相关;
- beta<0:负相关。
SEStandard Error(标准误)对beta值的变异程度估计,SE越小,beta的估计越精确,结果可靠性越高。
Z.weightedSumZWeighted Sum Z-score(加权Z统计量)多队列整合分析中,通过加权各队列的Z值(Z = beta/SE)得到的综合统计量,用于衡量整体关联强度(绝对值越大,关联越显著)。
P.weightedSumZP-value from Weighted Sum Z-score(加权Z统计量对应的P值)基于Z.weightedSumZ计算的显著性P值,用于判断关联是否具有统计学意义(通常P<5e-8为全基因组显著)。
NTotal Sample Size(总样本量)参与该SNP与菌群关联分析的总个体数量(整合了多个队列的样本)。
NcohortsNumber of Cohorts(队列数量)该关联分析中合并的独立研究队列数量(MiBioGen数据来自多个国际队列的整合,如24个队列),反映结果的可重复性基础。

这些字段共同构成了“遗传变异如何影响肠道菌群”的核心信息,例如:一条记录可能表示“rs123456(位于chr5:12345678)的效应等位基因A与Bacteroides属丰度呈正相关(beta=0.02,SE=0.005,P=1e-9),基于18340个样本(24个队列)的分析”。

需要进一步解释某类字段的计算逻辑(如加权Z统计量)或实际应用场景(如如何用这些数据做下游分析)吗?

MiBioGen(https://mibiogen.gcc.rug.nl/)是一个聚焦肠道菌群遗传关联研究的数据共享平台,核心功能是提供肠道菌群相关的全基因组关联研究(GWAS)及数量性状位点(QTL)分析数据下载服务。

一、核心定位与数据类型

该平台主要面向肠道菌群研究领域的科研人员,提供经过整理的高质量数据集,助力探索肠道菌群组成与遗传因素的关联。目前公开的数据主要分为两类:

  1. 全关联结果数据:以“MBG.allHits.p1e4.txt”为代表,包含肠道菌群相关的全基因组显著关联位点信息。
  2. QTL分析汇总数据:按微生物分类学层级(从高到低)划分,提供不同分类水平下的QTL分析结果压缩包,覆盖门、纲、目、科、属五个层级。

二、关键数据资源详情

不同分类层级的QTL汇总数据在文件大小和覆盖范围上存在差异,具体信息如下表所示:

数据文件名称对应分类层级文件大小
MiBioGen_QmbQTL_summary_phylum.zip门(Phylum)2.4 GB
MiBioGen_QmbQTL_summary_class.zip纲(Class)4.4 GB
MiBioGen_QmbQTL_summary_order.zip目(Order)5.4 GB
MiBioGen_QmbQTL_summary_family.zip科(Family)9.5 GB
MiBioGen_QmbQTL_summary_genus.zip属(Genus)35.0 GB

注:所有数据的更新时间标注为2023年1月30日,可直接通过平台链接下载使用。

三、核心用途

  1. 支持科研人员开展肠道菌群遗传机制研究,例如分析特定菌群分类单元与基因位点的关联。
  2. 为后续的肠道菌群相关疾病(如代谢疾病、肠道疾病)遗传关联分析提供基础数据支撑。
  3. 助力验证已有研究结论或挖掘新的菌群-遗传关联位点,推动肠道菌群领域的研究进展。

要不要我帮你整理一份包含数据下载链接、分类层级及用途说明的MiBioGen数据资源清单,方便你快速查阅和使用?

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