您提供的这个很长的列表，是人类转录因子和其他转录调控蛋白的符号。简单来说，它们是控制基因“开启”或“关闭”的蛋白质集合。
为了帮助您快速理解这个列表的性质和规模，下图按家族对这些调控蛋白进行了分类和统计：
xychart-beta
title “转录因子及调控蛋白家族分布（部分）”
x-axis [“ZNF”, “TF”, “HMG”, “NR”, “bHLH”, “其他”]
y-axis “数量（约）” 0 --> 600
bar [450, 120, 25, 25, 20, 960]
下面为您进行详细解读：
这个列表是什么？
这是一个非常全面的人类转录调控因子列表，其中不仅包含经典的转录因子，还包含了辅助它们功能的蛋白质。它们共同构成了复杂的基因表达调控网络。
主要可以分为以下几大类：
-
经典转录因子：
◦ 特点：能够直接结合在DNA的特定序列上，启动或抑制基因的转录。◦ 举例：
▪ SP1, SP2, SP3, SP4：广泛参与的转录因子。 ▪ E2F1-E2F8：控制细胞周期进程的关键因子。 ▪ JUN, FOS, ATF 家族：参与细胞应激、增殖等反应。 ▪ GATA1-GATA6：在血细胞分化、心脏发育等过程中重要。 ▪ FOXA1, FOXO1等 Forkhead box 家族成员。 ▪ SOX2, SOX9 等 SRY-related HMG-box 家族成员，在发育和干细胞中至关重要。 -
表观遗传调控因子和染色质重塑复合物成员：
◦ 特点：不直接结合特异DNA序列，而是通过修饰组蛋白或改变染色质结构来间接影响基因转录，为转录因子结合创造环境。◦ 举例：
▪ EZH2, EZH1：组蛋白甲基转移酶，催化抑制性标记。 ▪ ARID1A, ARID1B：属于SWI/SNF染色质重塑复合物。 ▪ EP300, CREBBP：组蛋白乙酰转移酶，通常激活转录。 ▪ SUZ12, EED：是多梳抑制复合物2的成员。 -
核受体：
◦ 特点：是一类能被激素等小分子配体激活的转录因子。◦ 举例：ESR1, AR, GR, VDR 等。
-
锌指蛋白家族：
◦ 特点：列表中有海量的以 ZNF 开头的基因，这是最大的转录因子家族。它们通过“锌指”结构域识别DNA。◦ 举例：ZNF 系列数量极多，功能多样。
在您的研究中如何利用这个列表？
您之前已经找到了Hub基因（如 PTTG1, UBE2C 等），现在的目标是找出哪些转录因子可能调控这些Hub基因。
这个庞大的列表是您寻找潜在调控因子的“搜索池”。您不需要关注所有蛋白，而是应该通过生物信息学方法进行筛选。
具体操作思路：
-
交集分析：
◦ 将您从这个大列表中筛选出的、与您的Hub基因相关的转录因子，与您之前得到的23个或12个转录因子列表取交集。◦ 出现在交集里的转录因子，就是高置信度的候选调控因子。
-
功能富集分析：
◦ 将筛选出的这23个或12个转录因子作为一个整体，进行GO或KEGG通路富集分析。◦ 看看它们是否显著富集在特定的生物学过程或通路上，这可以解释为什么您的Hub基因会被协同调控。
-
文献验证：
◦ 针对最终筛选出的几个核心转录因子和您的Hub基因，在PubMed等数据库中进行文献检索，验证它们之间已知的调控关系，为您的研究提供理论支持。
总结一下： 您得到的这个列表是一个“工具箱”，里面包含了几乎所有已知的基因调控“开关”。您的研究任务就是从这些“开关”中，找出控制您那5个或11个Hub基因（即您研究体系中的关键机器）的那些最关键的总开关。
AATF
ADNP
ADNP2
AEBP2
AFF1
AFF4
AGO1
AGO2
AHCTF1
AHDC1
AHR
AHRR
AKNA
ALKBH3
ALX4
APC
APOBEC3B
AR
ARHGAP35
ARID1A
ARID1B
ARID2
ARID3A
ARID3B
ARID4A
ARID4B
ARID5B
ARNT
ARNT2
ARNTL
ARNTL2
ARRB1
ASCL1
ASCL2
ASH1L
ASH2L
ASXL1
ASXL2
ASXL3
ATAD3A
ATF1
ATF2
ATF3
ATF4
ATF5
ATF6
ATF7
ATF7IP
ATOH1
ATOH8
ATRX
ATXN7L3
AUTS2
BACH1
BACH2
BAF155
BAHD1
BANF1
BANP
BAP1
BARHL1
BARX1
BARX2
BATF
BATF3
BATF_GFP
BBX
BCAT1
BCL11A
BCL11B
BCL3
BCL6
BCL6B
BCLAF1
BCOR
BDP1
BHLHA15
BHLHE40
BHLHE41
BICRA
BIRA
BMI1
BNC2
BPTF
BRAF
BRCA1
BRD1
BRD2
BRD3
BRD4
BRD7
BRD9
BRDU
BRF1
BRF2
BRPF3
BTAF1
BTF3
C10orf12
C17orf49
C17orf96
CAMTA1
CAMTA2
CARM1
CASP8AP2
CASZ1
CBFA2T2
CBFA2T3
CBFB
CBX1
CBX2
CBX3
CBX4
CBX5
CBX6
CBX7
CBX8
CC2D1A
CCAR2
CCDC101
CCND2
CCNT1
CCNT2
CD59
CD74
CDC5L
CDCA2
CDK12
CDK2
CDK6
CDK7
CDK8
CDK9
CDKN1B
CDX1
CDX2
CDX4
CEBPA
CEBPB
CEBPD
CEBPE
CEBPG
CEBPZ
CENPA
CENPBD1
CENPC
CENPT
CERS6
CGGBP1
CHAF1B
CHAMP1
CHAT
CHCHD3
CHD1
CHD2
CHD3
CHD4
CHD5
CHD7
CHD8
CHRM2
CIC
CIITA
CLOCK
CNOT3
COBLL1
COIL
CPSF3L
CREB1
CREB3
CREB3L1
CREB3L2
CREB3L4
CREB5
CREBBP
CREBL2
CREM
CRX
CRY1
CRY2
CSNK2A1
CSRNP3
CTBP1
CTBP2
CTCF
CTCFL
CTCF_s
CTNNB1
CUX1
CXXC5
DACH1
DACOR1
DAXX
DBP
DCP1A
DDIT3
DDX11
DDX21
DDX5
DEAF1
DEK
DICER1
DKK1
DLX1
DLX2
DLX4
DLX6
DMBX1
DMC1
DMRT1
DMRT2
DMTF1
DNMT1
DNMT3A
DNMT3B
DOT1L
DPF1
DPF2
DPPA2
DR1
DRAP1
DROSHA
DUX4
DYRK1A
DZIP1
E2F1
E2F2
E2F3
E2F4
E2F5
E2F6
E2F7
E2F8
E4F1
EBF1
EBF3
EBNA1BP2
EBNA2
EBNA3
EBNA3A
EBNA3C
EEA1
EED
EGFA-T1
EGFR
EGLN2
EGR1
EGR2
EGR3
EHF
EHMT2
ELF1
ELF2
ELF3
ELF4
ELF5
ELK1
ELK3
ELK4
ELL
ELL2
EMSY
EMX1
EOMES
EP300
EP400
EPAS1
EPC1
EPO
ERCC2
ERCC3
ERCC6
ERF
ERG
ESCO2
ESR1
ESR1_PCDH11X
ESR1_pS118
ESR2
ESRRA
ESRRB
ESRRG
ETS1
ETS2
ETV1
ETV2
ETV4
ETV5
ETV6
ETV7
EVX1
EWSR1
EZH1
EZH2
F2RL1
FAIRE
FAM208A
FANCD2
FASN
FERD3L
FEV
FEZF1
FGFR1
FIP1L1
FLI1
FOS
FOSL1
FOSL2
FOXA1
FOXA2
FOXA3
FOXC1
FOXD2
FOXD3
FOXF1
FOXF2
FOXG1
FOXH1
FOXJ2
FOXJ3
FOXK1
FOXK2
FOXL2
FOXM1
FOXN3
FOXO1
FOXO1-PAX3
FOXO3
FOXO4
FOXP1
FOXP2
FOXP3
FOXP4
FOXQ1
FOXR2
FOXS1
FUBP1
FUBP3
FUS
FXR1
FXR2
GABPA
GABPB1
GABPB2
GAPDH
GATA1
GATA2
GATA3
GATA4
GATA6
GATAD1
GATAD2B
GCG
GFI1
GFI1B
GLI1
GLI2
GLI3
GLI4
GLIS1
GLIS2
GLIS3
GLMP
GLYR1
GMEB1
GMEB2
GPBP1L1
GPN1
GPS2
GREB1
GRHL1
GRHL2
GRHL3
GRIP1
GRP20
GTF2B
GTF2F1
GTF2I
GTF3A
GTF3C1
GTF3C2
GTF3C5
GUCY1B3
GZF1
HAND1
HAND2
HBG1
HBP1
HCFC1
HCFC1R1
HDAC1
HDAC2
HDAC3
HDAC4
HDAC6
HDAC8
HECTD1
HES1
HES2
HES4
HES5
HES7
HESX1
HEXIM1
HEY1
HEY2
HEYL
HHEX
HIC1
HIC2
HIF1A
HIF3A
HINFP
HIRA
HIST1H1B
Histone Lysine Acetylation
Histone Lysine Crotonylation
HIVEP1
HIVEP3
HJURP
HKR1
HLF
HMBOX1
HMG20A
HMG20B
HMGA1
HMGA2
HMGB1
HMGB2
HMGN1
HMGN3
HMGXB3
HMGXB4
HN1L
HNF1A
HNF1B
HNF4A
HNF4G
HNRNPC
HNRNPH1
HNRNPK
HNRNPL
HNRNPLL
HNRNPUL1
HOMEZ
HOTAIR
HOXA1
HOXA10
HOXA11
HOXA13
HOXA2
HOXA3
HOXA4
HOXA5
HOXA6
HOXA7
HOXA9
HOXB1
HOXB13
HOXB2
HOXB4
HOXB5
HOXB6
HOXB7
HOXB8
HOXC11
HOXC13
HOXC5
HOXC6
HOXC8
HOXC9
HOXD1
HOXD11
HOXD13
HOXD4
HOXD9
HP1BP3
HSF1
HSF2
HSF4
ICE1
ICE2
ID1
ID2
ID3
ID4
IFI16
IFNA1
IGF1R
IKZF1
IKZF2
IKZF3
IKZF4
IKZF5
IL1RN
ILF3
ILK
ING2
ING5
INO80
INSM2
INTS11
INTS12
INTS13
INTS3
IRAK1
IRAK4
IRF1
IRF2
IRF2BP2
IRF3
IRF4
IRF5
IRF8
IRF9
IRX2
IRX3
IRX5
ISL1
ISL2
ISX
JARID2
JAZF1
JDP2
JMJD1C
JMJD6
JUN
JUNB
JUND
KAT2A
KAT2B
KAT5
KAT7
KAT8
KCMF1
KDM1A
KDM1B
KDM2B
KDM3A
KDM3B
KDM4A
KDM4C
KDM5A
KDM5B
KDM5C
KDM6A
KDM6B
KIAA2018
KLF1
KLF10
KLF11
KLF12
KLF13
KLF15
KLF16
KLF17
KLF3
KLF4
KLF5
KLF6
KLF7
KLF8
KLF9
KMT2A
KMT2B
KMT2B-D
KMT2C
KMT2D
KRAB
L3MBTL2
L3MBTL3
L3MBTL4
LANA
LARP7
LBX2
LCOR
LCORL
LDB1
LEF1
LEO1
LHX2
LHX3
LHX4
LHX5
LHX6
LIN54
LIN9
LMNA
LMNB1
LMO1
LMO2
LMTK3
LMX1B
LOXL1
LRRFIP1
LRWD1
LYL1
MAF
MAF1
MAFB
MAFF
MAFG
MAFK
MAML1
MAML3
MAP1LC3A
MAP2K1
MAPK1
MAX
MAZ
MBD1
MBD2
MBD3
MBD3L2
MBD4
MBOAT4
MBTD1
MCM2
MCM3
MCRS1
MDM2
MECOM
MECP2
MED1
MED12
MED25
MED26
MEF2A
MEF2B
MEF2C
MEF2D
MEIS1
MEIS2
MEIS3
MEN1
MEOX2
MEPCE
METTL14
METTL3
MGA
MGEA5
MITF
MIXL1
MKL1
MKL2
MLLT1
MLLT10
MLLT3
MLX
MLXIP
MNT
MNX1
MORC2
MPHOSPH8
MRE11A
MSC
MSX1
MSX2
MTA2
MTA3
MTF1
MTF2
MTOR
MXD1
MXD3
MXI1
MYB
MYBL1
MYBL2
MYC
MYC-DAXX
MYCN
MYF5
MYF6
MYH11
MYNN
MYOCD
MYOD1
MYOG
MYRF
MYT1
MZF1
NAB2
NANOG
NBN
NCAPG
NCAPG2
NCAPH2
NCBP1
NCOA1
NCOA2
NCOA3
NCOA4
NCOR1
NCOR2
NELFA
NELFCD
NELFE
NEUROD1
NEUROD2
NEUROG2
NEUROG3
NFAT5
NFATC1
NFATC2
NFATC3
NFATC4
NFE2
NFE2L1
NFE2L2
NFE2L3
NFIA
NFIB
NFIC
NFIL3
NFIX
NFKB1
NFKB2
NFKBIA
NFXL1
NFYA
NFYB
NFYC
NHLH1
NIPBL
NKRF
NKX2-1
NKX2-2
NKX2-3
NKX2-5
NKX2-8
NKX3
NKX3-1
NKX6-1
NME2
NONO
NOTCH1
NOTCH1_NICD
NOTCH3
NPAT
NR0B1
NR0B2
NR1D1
NR1H2
NR1H3
NR1I2
NR2C1
NR2C2
NR2E3
NR2F1
NR2F2
NR2F6
NR3C1
NR3C2
NR4A1
NR4A2
NR5A1
NR5A2
NRF1
NRIP1
NRL
NUP153
NUP98
NUP98-HOXA9
NUTM1
OGG1
OGT
OLIG2
ONECUT1
ONECUT2
ORC1
ORC2
OSR1
OSR2
OTX1
OTX2
OVOL1
OVOL2
OVOL3
PAF1
PAK1IP1
PALB2
PARP1
PATZ1
PAX2
PAX3
PAX3-FOXO1
PAX5
PAX6
PAX8
PAXIP1
PBX1
PBX1-2-3
PBX2
PBX3
PCBP1
PCBP2
PCF11
PCGF1
PCGF2
PCGF5
PCGF6
PDX1
PGBD3
PGBD5
PGR
PHB2
PHC1
PHF19
PHF2
PHF20
PHF6
PHF8
PHIP
PHOX2B
PHTF2
PIAS1
PIAS4
PITX1
PITX3
PKNOX1
PLAG1
PLSCR1
PMEL
PML
POLB
POLR2A
POLR2B
POLR2M
POLR3A
POLR3D
POLR3G
POLR3GL
POU2AF1
POU2F1
POU2F2
POU2F3
POU3F1
POU3F2
POU5F1
POU6F1
PPARA
PPARD
PPARG
PPARGC1A
PR
PRAME
PRDM1
PRDM10
PRDM11
PRDM14
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