R来完成表达芯片分析全流程EO下载数据，如何分组，两组直接如何找差异，差异基因如何去注释，包括GO/KEGG注释，还有特殊数据库，自定义数据库的注释，比如oncogene或者tumor suppres

R来完成表达芯片分析全流程
Posted on 2016年11月29日
转载自
http://www.bio-info-trainee.com/2087.html

包括如何从GEO下载数据，如何分组，两组直接如何找差异，差异基因如何去注释，包括GO/KEGG注释，还有特殊数据库，自定义数据库的注释，比如oncogene或者tumor suppress genes，TF的gene注释，还有GSEA软件的分析。
然后是对选择好的差异基因去string等PPI数据库拿到网络数据，在R或者cytoscape里面画网络图，然后是用MCODE插件和bioNet包来对网络找sub-network或者module，和hub genes。
就拿GSE42872 这个数据来做例子吧，希望听众具有基础R知识，了解什么是bioconductor，然后具有基础生物学知识，知道什么是基因，什么是表达，什么是通路，什么是富集，什么是注释。
总共10讲，每次半小时，每周3,4,6的晚上十一点开讲！
讲义的草稿如下，如果你能看懂草稿，能自己学会，就不用参加本次课程啦。
如果需要问我问题，就赶快找我申请加入交流群，提供本次培训的全套视频和代码！！！

第一讲：GEO，表达芯片与R http://note.youdao.com/share/?token=FD55F5D26342428EA829319F35C46B27&gid=23785548
第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵 http://note.youdao.com/groupshare/?token=69C0DA517A50446B81691C557C49F48F&gid=23785548
第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析 http://note.youdao.com/groupshare/?token=DBDB0277A315444BBBAB2024190208AE&gid=23785548
第四讲：根据分组信息做差异分析 http://note.youdao.com/share/?token=8D29A5320C934AB29BFAF4052B890DBD&gid=23785548
第五讲：对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析 http://note.youdao.com/groupshare/?token=5C72F0011F2E4CE3B11FA4981602E94D&gid=23785548
第六讲：指定基因分组boxplot指定基因list画热图 http://note.youdao.com/groupshare/?token=1711FA96897F4E60925AAAC5003DE68F&gid=23785548
第七讲：根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据 http://note.youdao.com/groupshare/?token=4D80DDC122474B83A02070AF1A7B61EB&gid=23785548
第八讲：PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图 http://note.youdao.com/groupshare/?token=2C2E7AF2D4AF4B14A9BFCC4CAB03D965&gid=23785548
第九讲：网络图的子网络获取 http://note.youdao.com/groupshare/?token=9FCFF3A7427444228483358F9A99C6E2&gid=23785548
第十讲：hug genes如何找 http://note.youdao.com/groupshare/?token=EA181BE681F342D5943A857F707721D8&gid=23785548
你会学到一些我的R使用技巧，已经GEO数据库使用心得，还有一些生物学知识。然后就是几个R包的熟悉，代码全部分享。还可以简单了解几个统计学概念，差异分析，富集分析，GSEA，注释，网络分析。最后，会略微了解cytoscape的使用！