BioManager 各国镜像资源总结 Bioconductor version cannot be validated； no internet connection? See #troubles

原创已于 2025-09-23 00:32:29 修改 · 1.2k 阅读

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#开发语言 #r语言

于 2025-09-06 06:41:04 首次发布

no internet connection

原因是 Bioconductor.org 最新的ssl证书 win7 curl 都不支持需要打补丁和下载证书

config.yaml 先到 Bioconductor.org/config.yaml 下载


options(download.file.method = "libcurl")
options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "K:/download/geo/config.yaml") # 请将路径替换为你实际保存的config.yaml文件路径

# 设置正确的 Bioconductor 镜像
options(BioC_mirror = "https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de")



# 设置 CRAN 镜像
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

# 安装 BiocManager
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

# 安装依赖包
BiocManager::install(c("DOSE", "org.Hs.eg.db", "AnnotationDbi", "enrichplot"))

# 安装 clusterProfiler
BiocManager::install("clusterProfiler")

设置不检查SSL证书（适用于某些SSL证书错误的情况）

options(download.file.method = “wget”, download.file.extra = “–no-check-certificate”)

或者尝试

options(download.file.method = "libcurl")

options(download.file.method = "libcurl",
        download.file.extra = c("--tlsv1.2", "-4"))

options(download.file.method = "libcurl",
        download.file.extra = c("--tlsv1.2", "-4"))

或者尝试

options(download.file.method = "curl", download.file.extra = "-k")

或者尝试

options(download.file.method = “wininet”, ssl.verifypeer = FALSE)

url: (35) schannel: next InitializeSecurityContext failed: SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE (0x80090326) - This error usually occurs when a fatal SSL/TLS alert is received (e.g. handshake failed). More detail may be available in the Windows System event log.

编辑
复制
faviconfaviconfaviconfaviconfavicon
curl: (35) schannel: next InitializeSecurityContext failed: SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE
这个错误是 Windows 的 Schannel（安全通道）在 TLS 握手阶段收到“非法消息” 时抛出的通用码，0x80090326 / SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE 并不是 R 或 curl 本身的 bug，而是底层 TLS 连接被服务器（或中间设备）以 fatal alert 形式拒绝。
结合 2024-2025 年社区与官方文档的汇总，常见触发场景与对应对策如下：

协议/加密套件不匹配（最高发）
表现：服务器只接受 TLS 1.2+，而客户端默认发 TLS 1.0/1.1；
或服务器仅支持 ECDHE 套件，而老系统没有启用相应算法。
快速验证
在 PowerShell 依次尝试：
复制
curl -v --tlsv1.2 https://bioconductor.org
curl -v --tlsv1.3 https://bioconductor.org
若只有旧协议失败即可确认。
修复
升级 R ≥ 4.3（内置 libcurl 已默认 TLS 1.3）。
在 .Rprofile 里强制 libcurl + 高协议：
r
复制
options(download.file.method = “libcurl”,
download.file.extra = c(“–tlsv1.2”, “–tlsv1.3”))
系统 Schannel 配置被策略/更新锁死
表现：同一台机器浏览器可访问，curl 报 0x80090326；
事件查看器 → Windows 日志 → 系统里出现 Schannel 36871/36884。
原因：某些企业加固脚本或 2023-03 之后的 Windows 更新把 TLS 1.0/1.1、RC4、3DES 等全部关闭，注册表缺相应键值。
修复（管理员 PowerShell）：
powershell
复制

重新启用 TLS 1.2（客户端）

New-Item ‘HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SecurityProviders\SCHANNEL\Protocols\TLS 1.2\Client’ -Force
New-ItemProperty -Path ‘HKLM:…TLS 1.2\Client’ -Name ‘Enabled’ -Value 1 -PropertyType DWORD
New-ItemProperty -Path ‘HKLM:…TLS 1.2\Client’ -Name ‘DisabledByDefault’ -Value 0 -PropertyType DWORD

如确认不再需要 TLS 1.0/1.1，可反向关闭避免握手混淆

改完重启系统生效。
3. 通过 IP 或 hosts 文件访问，缺少 SNI
表现：curl -k https://127.0.0.1:443 或 https://192.168.x.x 立即 0x80090326；
浏览器同样 IP 访问也失败。
原因：现代 Web 服务器（nginx、Cloudflare）强制要求 SNI；
Schannel 用 IP 地址握手时不会发送 Server Name，服务器回 fatal alert。
修复
给 curl 显式加 SNI：
curl --resolve bioconductor.org:443:104.21.15.139 https://bioconductor.org
在 R 内使用镜像域名而非裸 IP。
4. 代理/MITM 设备篡改证书链
表现：只有公司网络/校园网上出现；
抓包能看到服务器返回 Alert (Level: Fatal, Description: Illegal Parameter)。
修复
把代理根证书导入“受信任的根证书颁发机构”；
或者改用带 --insecure 的 libcurl（仅测试，不推荐长期）。
5. IPv6 优先但网络侧 IPv6 黑洞
表现：curl 先尝试 IPv6 地址 → 连接建立 → TLS 握手阶段被静默丢弃 → 0x80090326。
修复
临时强制 IPv4：
curl -4 https://bioconductor.org
或在 Windows 网络适配器里取消勾选“Internet 协议版本 6”。
6. 系统根证书或补丁缺失
表现：全新安装的 Windows 7/8.1、LTSC 2016 访问任何现代站点都 0x80090326。
修复
安装 KB3140245 + 对应根证书更新包；
或者直接升级到 Windows 10/11 最新累积补丁。
一键排查顺序（建议按序号执行）
升级 R 与 curl
r
复制
install.packages(“curl”) # 确保用 5.0.0+ 二进制
换协议 + 强制 IPv4
r
复制
options(download.file.method = “libcurl”,
download.file.extra = c(“–tlsv1.2”, “-4”))
hosts 里用域名，不用 IP；若必须 IP，就加 --resolve。
PowerShell 看事件日志
Get-WinEvent -FilterHashtable @{LogName=‘System’; ID=36871,36884} -MaxEvents 10
有记录 → 按场景 2 修注册表。
仍失败就抓包（Wireshark/filter: tls.alert）确认服务器发的具体 alert 类型，再对症调整。
只要服务器端没有封 IP，走完上面 5 步，0x80090326 基本都能消除；如还有疑问，把 curl -v 完整输出贴出来即可继续定位。祝安装 Bioconductor 顺利！

连接问题解决办法

options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = “K:/download/geo/config.yaml”) # 请将路径替换为你实际保存的config.yaml文件路径
BiocManager::install(“GEOquery”)
library(GEOquery)

下载的时候不用https 就行了啊，镜像用
http 而不是 https 就行了
options(BioC_mirror = “http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)

但是很多镜像是不能用的

总结，德国站最全面，美国站日本站可以用，台湾站能下载包，韩国站的包不全，中国大陆站据说清华和西湖大学能用，但是我用了不行啊

网络问题，直接下载这个文件 “K:/download/geo/config.yaml” 即可
options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = “K:/download/geo/config.yaml”) # 请将路径替换为你实际保存的config.yaml文件路径
BiocManager::install(“GEOquery”)
library(GEOquery)

List item

经过检查台湾新竹的镜像是能直接下载包，但是不没有其他信息的不能用命令行下载

http://free.nchc.org.tw/bioconductor/packages/3.20/bioc/bin/macosx/big-sur-x86_64/contrib/4.5/

韩国 https://cran.asia/bin/windows/contrib/4.6/ 是其他的包好像不是 bioconductor的

BioManager 全球镜像关键网址汇总

以下是配置文件中所有镜像节点的 核心访问网址（含 HTTP/HTTPS 协议），按国家/地区分类整理，方便直接使用以加速 Bioconductor 包的下载与安装：

1. 全球（默认自动重定向）

HTTP 地址：http://bioconductor.org/
HTTPS 地址：https://bioconductor.org/

2. 美国

机构：Posit Software, PBC
HTTP 地址：http://bioconductor.posit.co/
HTTPS 地址：https://bioconductor.posit.co/

3. 德国

（1）多特蒙德工业大学统计系

德国的非常详细 R语言和bioc的对应关系都有还给你分好类，软件，数据，缺点就是网速慢
推荐 install 的时候，用他作为镜像源

HTTP 地址：http://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/
HTTPS 地址：https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/

（2）GWDG（德国科学数据中心）

ftp形式程序文件全，但是其他描述数据什么的没有，
支持http协议
例如 http://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/packages/3.2/bioc/bin/windows/contrib/3.2/

HTTP 地址：http://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/
HTTPS 地址：https://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/

4. 日本

镜像网页站，不是镜像ftp站，网页打开有点慢吗，包的下载速度还行

机构：理化学研究所先进计算与通信中心
HTTP 地址：http://bioconductor.riken.jp/
HTTPS 地址：https://bioconductor.riken.jp/

5. 中国台湾

机构：国家高速网络与计算中心
只有macox的程序包的下载，连windows的包没有，其他没有,
而且只有3.9 3.19 3.20
HTTP 地址：http://free.nchc.org.tw/bioconductor/
HTTPS 地址：https://free.nchc.org.tw/bioconductor/

6. 中国内地

好像通通不行,
但是这个注释能下载
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/release/data/annotation/src/contrib/

（1）清华大学 TUNA 镜像站

HTTP 地址：http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
HTTPS 地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

（2）南京大学 eScience 中心

HTTP 地址：http://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/
HTTPS 地址：https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/

（3）中国科学技术大学

HTTP 地址：http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
HTTPS 地址：https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

（4）西湖大学高性能计算中心

HTTPS 地址：https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor

（5）浙江大学

HTTPS 地址：https://mirrors.zju.edu.cn/bioconductor

7. 挪威

机构：卑尔根大学
HTTP 地址：http://bioconductor.uib.no/
HTTPS 地址：https://bioconductor.uib.no/

8. 意大利

机构：比萨大学
HTTP 地址：http://bioconductor.unipi.it
HTTPS 地址：https://bioconductor.unipi.it

9. 韩国

机构：CRAN Asia
https://cran.asia/bin/windows/contrib/4.6/ 是其他的包好像不是 bioconductor的
HTTP 地址：http://cran.asia
HTTPS 地址：https://cran.asia

10. 澳大利亚

不行，文件都缺失

机构：AARNet Pty Ltd（澳大利亚学术研究网络）
HTTP 地址：http://mirror.aarnet.edu.au/pub/bioconductor
HTTPS 地址：https://mirror.aarnet.edu.au/pub/bioconductor

11. 丹麦

不全

机构：dotsrc（开源镜像项目）
HTTP 地址：http://mirrors.dotsrc.org/bioconductor/
HTTPS 地址：https://mirrors.dotsrc.org/bioconductor/

12. 瑞典

有一些索引，但是缺关键的包和数据的下载

机构：于默奥大学学术计算机俱乐部
HTTP 地址：http://mirror.accum.se/mirror/bioconductor.org/
HTTPS 地址：https://mirror.accum.se/mirror/bioconductor.org/

BioManager 各国镜像资源总结

该配置文件中包含 BioManager（Bioconductor 包管理工具）的全球镜像节点信息，按国家/地区分类整理如下，涵盖镜像所属机构、关键联系信息及访问地址等核心内容，方便用户根据地理位置选择就近镜像以提升包下载安装速度。

国家/地区	镜像机构	城市	联系人/联系邮箱	镜像地址（HTTP/HTTPS）
全球（默认）	Bioconductor（自动重定向）	全球范围	Bioconductor Maintainer / maintainer@bioconductor.org	HTTP: http://bioconductor.org/ HTTPS: https://bioconductor.org/
美国	Posit Software, PBC	波士顿	Joshua Spiewak / bioconductor@posit.co	HTTP: http://bioconductor.posit.co/ HTTPS: https://bioconductor.posit.co/
德国	1. 多特蒙德工业大学统计系 2. GWDG（德国科学数据中心）德国的非常详细 R语言和bioc的对应关系都有还给你分好类，软件，数据，缺点就是网速慢	1. 多特蒙德 2. 哥廷根	1. Uwe Ligges / ligges@statistik.tu-dortmund.de 2. Tim Ehlers、Steffen Klemer / ftpmaster@gwdg.de	1. 德国的非常详细 R语言和bioc的对应关系都有还给你分好类，软件，数据，HTTP: http://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/ HTTPS: https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de/ 2. HTTP: http://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/ HTTPS: https://ftp.gwdg.de/pub/misc/bioconductor/
日本	理化学研究所先进计算与通信中心	和光市	Itoshi NIKAIDO（博士）日本是直接做的镜像的网站不是ftp形式的那种http://bioconductor.riken.jp/packages/3.19/bioc/html/GEOquery.html，网页打开慢，但是下载软件包的速度还不错/ dritoshi@gmail.com	HTTP: http://bioconductor.riken.jp/ HTTPS: https://bioconductor.riken.jp/
中国台湾	国家高速网络与计算中心	新竹	Chenkai Sun / ceasar@narlabs.org.tw	HTTP: http://free.nchc.org.tw/bioconductor/ HTTPS: https://free.nchc.org.tw/bioconductor/
中国内地，好像没有一个可以用的	1. 清华大学 TUNA 镜像站 2. 南京大学 eScience 中心 3. 中国科学技术大学 4. 西湖大学高性能计算中心 5. 浙江大学	1. 北京 2. 南京 3. 合肥（安徽） 4. 杭州（西湖区） 5. 杭州（浙江大学）	1. Miao Wang / mirroradmin@tuna.tsinghua.edu.cn 2. Ge Yao / yaoge@nju.edu.cn 3. Linux 用户组（LUG@USTC） / lug@ustc.edu.cn 4. Ling Yang / yangling@westlake.edu.cn 5. ZJUSCT Team Falcon / mirrors@zju.edu.cn	1. HTTP: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/ HTTPS: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/ 2. HTTP: http://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/ HTTPS: https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/ 3. HTTP: http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/ HTTPS: https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/ 4. HTTPS: https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor 5. HTTPS: https://mirrors.zju.edu.cn/bioconductor
挪威	卑尔根大学	卑尔根	Trond Davidsen / Trond.Davidsen@it.uib.no	HTTP: http://bioconductor.uib.no/ HTTPS: https://bioconductor.uib.no/
意大利	比萨大学	比萨	Fabio Pratelli / fabio.pratelli@unipi.it	HTTP: http://bioconductor.unipi.it HTTPS: https://bioconductor.unipi.it
韩国	CRAN Asia	首尔	Seongho Bae / admin@cran.asia	HTTP: http://cran.asia HTTPS: https://cran.asia
澳大利亚	AARNet Pty Ltd（澳大利亚学术研究网络）	悉尼	AARNet 运营中心 / mirror@aarnet.edu.au	没有什么用 HTTP: http://mirror.aarnet.edu.au/pub/bioconductor HTTPS: https://mirror.aarnet.edu.au/pub/bioconductor
丹麦	dotsrc（开源镜像项目）	奥尔堡	Anders Trier Olesen / staff@dotsrc.org	HTTP: http://mirrors.dotsrc.org/bioconductor/ HTTPS: https://mirrors.dotsrc.org/bioconductor/
瑞典	于默奥大学学术计算机俱乐部	于默奥	FTP 管理员 / ftp-adm@accum.se	速度快但是好像缺文件 HTTP: http://mirror.accum.se/mirror/bioconductor.org/ HTTPS: https://mirror.accum.se/mirror/bioconductor.org/

✅ 其他方法2. 设置代理

Sys.setenv(http_proxy = “http://127.0.0.1:7890”)
Sys.setenv(https_proxy = “http://127.0.0.1:7890”)

第三个方法手动下载库

##这个错误是 Windows 的 Schannel（安全通道）在 TLS 握手阶段收到“非法消息” 时抛出的通用码，0x80090326 / SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE 并不是 R 或 curl 本身的 bug，而是底层 TLS 连接被服务器（或中间设备）以 fatal alert 形式拒绝。
结合 2024-2025 年社区与官方文档的汇总，常见触发场景与对应对策如下：

1. 协议/加密套件不匹配（最高发）

表现：服务器只接受 TLS 1.2+，而客户端默认发 TLS 1.0/1.1；
或服务器仅支持 ECDHE 套件，而老系统没有启用相应算法。

快速验证
在 PowerShell 依次尝试：

curl -v --tlsv1.2 https://bioconductor.org
curl -v --tlsv1.3 https://bioconductor.org

若只有旧协议失败即可确认。

修复

升级 R ≥ 4.3（内置 libcurl 已默认 TLS 1.3）。

在 .Rprofile 里强制 libcurl + 高协议：

options(download.file.method = "libcurl",
        download.file.extra = c("--tlsv1.2", "--tlsv1.3"))

2. 系统 Schannel 配置被策略/更新锁死

表现：同一台机器浏览器可访问，curl 报 0x80090326；
事件查看器 → Windows 日志 → 系统里出现 Schannel 36871/36884。
原因：某些企业加固脚本或 2023-03 之后的 Windows 更新把 TLS 1.0/1.1、RC4、3DES 等全部关闭，注册表缺相应键值。

修复（管理员 PowerShell）：

# 重新启用 TLS 1.2（客户端）
New-Item 'HKLM:\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\SecurityProviders\SCHANNEL\Protocols\TLS 1.2\Client' -Force
New-ItemProperty -Path 'HKLM:\...TLS 1.2\Client' -Name 'Enabled' -Value 1 -PropertyType DWORD
New-ItemProperty -Path 'HKLM:\...TLS 1.2\Client' -Name 'DisabledByDefault' -Value 0 -PropertyType DWORD
# 如确认不再需要 TLS 1.0/1.1，可反向关闭避免握手混淆

改完重启系统生效。

3. 通过 IP 或 hosts 文件访问，缺少 SNI

表现：curl -k https://127.0.0.1:443 或 https://192.168.x.x 立即 0x80090326；
浏览器同样 IP 访问也失败。
原因：现代 Web 服务器（nginx、Cloudflare）强制要求 SNI；
Schannel 用 IP 地址握手时不会发送 Server Name，服务器回 fatal alert。

修复

给 curl 显式加 SNI：

curl --resolve bioconductor.org:443:104.21.15.139 https://bioconductor.org

在 R 内使用镜像域名而非裸 IP。

4. 代理/MITM 设备篡改证书链

表现：只有公司网络/校园网上出现；
抓包能看到服务器返回 Alert (Level: Fatal, Description: Illegal Parameter)。
修复
- 把代理根证书导入“受信任的根证书颁发机构”；
- 或者改用带 --insecure 的 libcurl（仅测试，不推荐长期）。

5. IPv6 优先但网络侧 IPv6 黑洞

表现：curl 先尝试 IPv6 地址 → 连接建立 → TLS 握手阶段被静默丢弃 → 0x80090326。
修复
临时强制 IPv4：
```
curl -4 https://bioconductor.org
```
或在 Windows 网络适配器里取消勾选“Internet 协议版本 6”。

6. 系统根证书或补丁缺失

表现：全新安装的 Windows 7/8.1、LTSC 2016 访问任何现代站点都 0x80090326。
修复
- 安装 KB3140245 + 对应根证书更新包；
- 或者直接升级到 Windows 10/11 最新累积补丁。

一键排查顺序（建议按序号执行）

升级 R 与 curl

install.packages("curl")   # 确保用 5.0.0+ 二进制

换协议 + 强制 IPv4

options(download.file.method = "libcurl",
        download.file.extra = c("--tlsv1.2", "-4"))

hosts 里用域名，不用 IP；若必须 IP，就加 --resolve。

PowerShell 看事件日志

Get-WinEvent -FilterHashtable @{LogName='System'; ID=36871,36884} -MaxEvents 10

有记录 → 按场景 2 修注册表。

仍失败就抓包（Wireshark/filter: tls.alert）确认服务器发的具体 alert 类型，再对症调整。

只要服务器端没有封 IP，走完上面 5 步，0x80090326 基本都能消除；如还有疑问，把 curl -v 完整输出贴出来即可继续定位。祝安装 Bioconductor 顺利！

BioManager 各国镜像资源总结 Bioconductor version cannot be validated； no internet connection? See #troubles

no internet connection

设置不检查SSL证书（适用于某些SSL证书错误的情况）

或者尝试

或者尝试

或者尝试

url: (35) schannel: next InitializeSecurityContext failed: SEC_E_ILLEGAL_MESSAGE (0x80090326) - This error usually occurs when a fatal SSL/TLS alert is received (e.g. handshake failed). More detail may be available in the Windows System event log.

重新启用 TLS 1.2（客户端）

如确认不再需要 TLS 1.0/1.1，可反向关闭避免握手混淆

连接问题解决办法

总结，德国站最全面 ，美国站 日本站 可以用，台湾站能下载包，韩国站的包不全，中国大陆站据说清华和西湖大学能用，但是我用了 不行啊

BioManager 全球镜像关键网址汇总

1. 全球（默认自动重定向）

2. 美国

3. 德国

（1）多特蒙德工业大学统计系

（2）GWDG（德国科学数据中心）

4. 日本

5. 中国台湾

6. 中国内地

（1）清华大学 TUNA 镜像站

（2）南京大学 eScience 中心

（3）中国科学技术大学

（4）西湖大学高性能计算中心

（5）浙江大学

7. 挪威

8. 意大利

9. 韩国

10. 澳大利亚

11. 丹麦

12. 瑞典

BioManager 各国镜像资源总结

✅ 其他方法2. 设置代理

第三个方法 手动下载库

1. 协议/加密套件不匹配（最高发）

2. 系统 Schannel 配置被策略/更新锁死

3. 通过 IP 或 hosts 文件访问，缺少 SNI

4. 代理/MITM 设备篡改证书链

5. IPv6 优先但网络侧 IPv6 黑洞

6. 系统根证书或补丁缺失

一键排查顺序（建议按序号执行）

总结，德国站最全面，美国站日本站可以用，台湾站能下载包，韩国站的包不全，中国大陆站据说清华和西湖大学能用，但是我用了不行啊

第三个方法手动下载库