ZGY9542的博客

增强子-启动子相互作用的鉴定对人类发展具有重要意义。大多数现有的计算方法需要各种基因组数据，这些数据并不总是可用的，尤其是对于新的细胞系。因此，它限制了方法的大规模实际应用。作为替代方案，使用序列的计算方法只有巨大的基因组规模应用前景。作者提出了一种新的深度学习方法，即 EPIVAN，它可以仅使用基因组序列来预测远程 EPI。首先使用预训练的 DNA 载体来编码增强子和启动子；之后，使用一维卷积（CNN）和门控循环单元（GRU）来提取局部和全局特征；最后，注意力机制用于提高关键特征的贡献。