【生物信息学-单细胞】什么是scATAC-seq

1 什么是单细胞测序

科普讲堂|什么是单细胞测序？

2 scATAC-seq概念

  继单细胞转录组测序scRNA-seq技术之后，在单细胞测序领域独领风骚的10X Genomics公司又开始大力推广它的新产品，scATAC-seq。苦苦追赶测序前沿的小伙伴纷纷发出了害怕被时代抛弃的恐慌声音：ATAC-seq是什么？在这里，笔者就跟大家介绍一下表观遗传学的研究利器ATAC-seq及10X Genomics推出的单细胞ATAC-seq。
  ATAC-seq，全名 Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用转座酶研究染色质可接近性的高通量测序技术。我们都知道，真核生物的基因组DNA是被高度紧密折叠包装的，DNA与组蛋白缠绕形成核小体，串珠状的核小体经过螺旋折叠等方式盘绕成染色体。从染色体的一级结构到四级结构，DNA分子一共被压缩了8400倍，从而能包装进细胞核中。
  在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候，DNA的高级结构才会部分解开，裸露出需要与转录因子等反式作用元件进行作用的DNA双链，便于转录。染色质的这种特性就叫做染色质的可接近性（chromatin accessibility），而暴露的这段染色质称为“开放染色质”（open chromatin）。
  利用染色质的这种特性，2013年，美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发出一种技术，利用DNA转座酶结合高通量测序技术，代替传统的MNase-seq、FAIRE-seq 和 DNase-seq，来研究染色体的可进入性，即ATAC-seq。[1]

3 单细胞测序为什么贵

单细胞测序好贵？细数测序究竟“贵”在哪里

3 参考文献

[1]单细胞ATAC-seq到来了
[2]ATAC-seq：染色质开放性测序技术​
[3]2020 scATAC-seq Harward Liu