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文章平均质量分 71
zd200572
这个作者很懒,什么都没留下…
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【QIIME 2 2024.10 版本发布啦!】
QIIME 2 的最新版本 2024.10 已经正式发布!📅 下一个版本 QIIME 2 2025.4 计划在明年 4 月发布,敬请期待!🔧 安装指南更新:最新版本的 QIIME 2 安装指南和教程资源已经上线,快去查看如何安装吧!🐳 Docker 镜像同步上线q2-dada2stats_vizq2-statsq2-dada2q2-demuxq2-boots,让我们一起探索微生物组的奥秘!🌌🧬【QIIME 2 2024.10 版本详细更新内容】📝。原创 2024-11-12 12:00:05 · 585 阅读 · 0 评论 -
Kraken2 Vs qiime2 16S物种注释
最早接触Kraken2这个软件是在宏基因组,但官网上说其实这个软件也是可以用于16S物种注释的。当时没怎么在意,后面发现有个美国肠道微生物检测公司Thryve是使用这个软件进行物种注释的。最近发现2020年9月的一篇文章是比较了kraken2和qiime2的物种注释结果,详细见宏基因组公众号的文章。今天我要说的是亲自拿一个肠道微生物的样本测试下这个软件的分类效果,再和自己用的qiime2流程获得的结果比较下,绝知此事要躬行呀。首先说一个令我震惊的发现,作者发现使用qiime2进行物种分类的时候,使用1原创 2021-02-16 17:52:22 · 2419 阅读 · 2 评论 -
SMURF流程之q2-sidle(二)
前面已经完成了qiime2-slide插件的安装,测试方法就是输入qiime: sidle Plugin for kmer-based marker gene reconstruction.出现了上面的选项,应该就说明已经安装成功了。数据库准备数据库准备是一劳永逸的,前面我们已经完成了数据库过滤的步骤准备一个区域数据库这一步是提取一个区域的数据库,基于K-mer,为了提升内存效率,把简并碱基和重复kmer作为一条序列。# 首先,使用feature-classi原创 2021-01-30 17:52:20 · 524 阅读 · 2 评论