葎葎-优快云博客

原创 GaMD-高斯加速分子动力学模拟中文教程-轨迹分析篇

都在PPT里写着了，主要包括RMSD、RMSF、structure（结构分析与提取）、distance(距离)与PMF reweighting重加权分析。仅供参考。RMSD、distance这些脚本如果不会修改，试试查阅AMBER手册（在手册中输入关键词）。存在百度网盘里了。链接：https://pan.baidu.com/s/1XqpePGab7o4X5jqZKXgw7w提取码：v356–来自百度网盘超级会员V1的分享Reweighting PMF分析：http://miao.compbio

2022-04-26 16:40:07 2895 5

原创 GaMD-高斯加速分子动力学模拟中文教程

老师让我用GaMD的方法对体系进行分子动力学模拟，这里分享一些我整理的资料，仅供参考嘿嘿。这是运行的教程，之后还会出一个分析篇。我的体系比较简单是一个单蛋白，里面的参数要根据自己的体系修改噢。还有环境变量的设置也要根据自己的AMBER版本设置好。链接：https://pan.baidu.com/s/1z3FfnSl9ARakxBAN1rHyGQ提取码：z4np...

2021-12-16 10:18:42 4122 12

原创 Rosetta Comparative Modeling同源模建中文教程

根据https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/rosetta_cm/rosetta_cm_tutorial#a-define-disulfide-bond-1u19-disulfide翻译，以及结合自己的课题写的中文教程，仅供参考勿喷嘿嘿。资料在网盘里，欢迎下载。链接：https://pan.baidu.com/s/1v7fFxQCigSRHeFj_ds3nsQ提取码：ilhw...

2021-12-16 10:02:27 656

原创用amber计算dPCA（Dihedral angle principal component analysis）

之前老师叫我给师姐的文章补个dPCA分析，我也不会，网上好像也没有具体咋分析的教程…瞎分析了一通，也不知道对不对，希望大家能一起学习指出错误~一.运行脚本在Amber16手册中搜索Dihedral covariance matrix calculation and projection for backbone phi/psi 可以看到输入的命令。运行完得到一个文件名为：dih.project.dat 的文件二.处理数据复制帧数Frame、主成分1、主成分2到excel中。根据公式:计算出

2021-07-17 17:18:18 1282 3

原创 Design the Rac/Raf interface小菜鸟中文教程

关键词：设计界面本文是根据 /*（rosetta路径）/demos/public/design_raf_rac_interface 教程写的自己实际运行遇到的问题和解决办法。作为笔记~用途导师让我用这个小程序设计蛋白蛋白相互作用界面，以增强它们的亲和力。步骤1.准备好docking完以后待改进亲和力的复合物pdb文件，如prepacked_0998.pdb 。有A链和B链，其中B链是我想突变的链。2.准备好design_script.xml文件，在/*（rosetta路径）/demos/publ

2021-07-07 17:22:50 450 2

转载 2021-04-15

2021年4月15日学习笔记在思考怎么样分析loop区域构象（应该看相互作用对的距离，还是二面角）时搜索到的一些基础生物知识。摘自知乎@壮青对问题 “蛋白质为什么会有构象，怎么用专业知识回答？” 的回复作者：壮青链接：https://www.zhihu.com/question/294071128/answer/489290858来源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成，是一类重

2021-04-15 14:48:19 3154