12、蛋白质结构预测与基因调控网络推理的计算方法

蛋白质结构预测与基因调控网络推理的计算方法

1. 蛋白质结构预测方法

1.1 Rosetta 协议流程

Rosetta 协议是一种用于蛋白质结构预测的方法，其流程如下：

graph LR
    A[Target Sequence] --> B[Phase 1: Monte Carlo Fragment Assembly]
    B --> C[Fragment Library]
    B --> D[Knowledge-based Potentials]
    C --> E[Low Resolution Models]
    D --> E
    E --> F[Phase 2: Physics-based Atomic Refinement]
    F --> G[Final Atomic Model]

从目标序列开始，首先进入蒙特卡罗片段组装阶段，利用片段库和基于知识的势能生成低分辨率模型，然后通过基于物理的原子细化阶段得到最终的原子模型。

1.2 CASP 方法

CASP（Critical Assessment of protein Structure Prediction）是一种广泛使用的高级蛋白质结构预测方法，是基于从头建模的先进技术。它为蛋白质结构建模的最新进展提供独立分析，帮助研究人员深入了解蛋白质结构。

CASP 是一种双盲方法，先通过 X 射线衍射或 NMR 方法预测目标序列，并在建模社区注册，然后由自动化方法或独立评估者分析模型。过去