Rtidyverse包安装报错/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9'

最新推荐文章于 2025-02-08 15:50:11 发布

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分类专栏： R语言

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本文详细记录了解决R语言中tidyverse包加载失败的问题，由于/lib64/libstdc++.so.6缺少CXXABI_1.3.9版本，通过查找并更新动态库实现修复。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

报错信息

/lib64/libstdc++.so.6 目录文件, 没有CXXABI_1.3.9这个版本
而这个版本是需要的, 因为tidyr.so需要调用它

Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/dengfei/anaconda3/lib/R/library/tidyr/libs/tidyr.so':
  /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /home/dengfei/anaconda3/lib/R/library/tidyr/libs/tidyr.so)

解决思路

查看/lib64/libstdc++.so.6的拥有的版本号, 一般来说是版本太老
在服务器上找到这个动态库(肯定有新的)
将新的动态库copy到路径下
将软链接libstdc++.so.6关联新的文件

1. 查看/lib64/libstdc++.so.6版本号

(base) [root@localhost bin]# strings /lib64/libstdc++.so.6 |grep CXXABI
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.3
CXXABI_1.3.4
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.6
CXXABI_1.3.7
CXXABI_TM_1

可以看到, 里面没有CXXABI_1.3.9这个版本

2. 查看服务器上, 还有没有其它的libstdc++.so.6库, 并查看他的版本是否有CXXABI_1.3.9

find / -name 'libstdc++.so'
/root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so
/root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/sysroot/lib/libstdc++.so
/root/anaconda3/pkgs/gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/lib/libstdc++.so

可以看到, 我的anaconda中已经有这个库了, 查看一下是否有版本CXXABI_1.3.9

(base) [root@localhost bin]# strings /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so | grep 'CXXABI'
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.3
CXXABI_1.3.4
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.6
CXXABI_1.3.7
CXXABI_1.3.8
CXXABI_1.3.9
CXXABI_1.3.10
CXXABI_1.3.11
CXXABI_TM_1
CXXABI_FLOAT128
CXXABI_1.3
CXXABI_1.3.11
CXXABI_1.3.2
CXXABI_1.3.6
CXXABI_FLOAT128
CXXABI_1.3.9
CXXABI_1.3.1
CXXABI_1.3.5
CXXABI_1.3.8
CXXABI_1.3.4
CXXABI_TM_1
CXXABI_1.3.7
CXXABI_1.3.10
CXXABI_1.3.3

可以看到, 是有CXXABI_1.3.9版本的.

查看一下它真正的文件, 使用ls -l命令

(base) [root@localhost bin]# ls -l /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so  
lrwxrwxrwx. 1 root root 19 Jan 15 16:22 /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.25

libstdc++.so.6.0.25这个文件才是我们需要的.

将动态库复制到目标路径下:

 cp /root/anaconda3/pkgs/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1/lib/libstdc++.so.6.0.25 /lib64/

查看文件

(base) [root@localhost lib64]# ls -l libstdc++.so.6*
lrwxrwxrwx. 1 root root      19 Mar  2 13:06 libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x. 1 root root  991616 Oct 30  2018 libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x. 1 root root 9536208 May 15 13:48 libstdc++.so.6.0.25

这里, 将动态库libstdc++.so.6的链接由libstdc++.so.6.0.19, 变为libstdc++.so.6.0.25即可.

这里的ln -sf 是强制覆盖创建软链接.

(base) [root@localhost lib64]# ln -sf libstdc++.so.6.0.25 libstdc++.so.6
(base) [root@localhost lib64]# ls -l libstdc++.so.6*
lrwxrwxrwx. 1 root root      19 May 15 13:51 libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.25
-rwxr-xr-x. 1 root root  991616 Oct 30  2018 libstdc++.so.6.0.19
-rwxr-xr-x. 1 root root 9536208 May 15 13:48 libstdc++.so.6.0.25
(base) [root@localhost lib64]#

搞定.