BrainNet Viewer教程——大脑可视化

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1. 用BrainNet Viewer自带的data画图

在MATLAB中输入BrainNet Viewer

点击左上角的Load Files

不管是画点图还是边图，都需要选择Surface File文件。画点图要加载第二个文件Data file（node），画边图加载第三个文件Data file（edge）。

Surface File文件夹，这个一般是BrainNet中给定的模版，点击Browse...选择模版BrainMesh_ICBM152.nv（本次选择此模版）。接着根据自己的需求，如果画节点图就选择Data file（node），画边图就选择Data file（edge）。

1.1 画节点图

Data file（node）节点数据文件，选择BrainNet Viewer安装包中的ExampleFile文件中的ALL90文件中的节点文件。

可以用记事本打开该节点文件Node_AAL90.node。

可以看到其中有很多列，前三列为位置坐标，第四列为node列为节点颜色，第五列是节点大小，第六列为节点名称。我们可以将此文件放入Data file（node）中。

1.2 画边图

Data file（edge）边的数据文件，选择BrainNet Viewer安装包中的ExampleFile文件中的ALL90文件中的连边文件。

ExampleFiles中提供了两种边文件，一个是加权连边Edge_AAL90_Weighted.edge，一种是二值化后的连边文件Edge_AAL90_Binary.edge。我们可以自己的需求将任一文件放入Data file（edge）中。

然后点OK会出现接下来的BrainNet_Option的选项卡，在此选项卡中，可以自己调节Layout、Global、Surface、node、edge、Volume、image等，一般画功能连接图时不需要调节Volume（画皮层图）。

2. 根据自己的数据画功能连接图

2.1 画节点图

Surface file和上面的一样也是使用模版BrainMesh_ICBM152.nv；

Data file（node）根据自己的结果生成自己的node文件。

在MATLAB中命令行输入：

% 生成一个90x90的随机矩阵

data = rand(90, 90); %AAL模板总共有116个脑区，前90个是大脑

% 计算相关系数矩阵

R = corr(data);


for i=1:90

R(i,i)=0;%对称矩阵设置为0

end

A=find(R>0.25);%矩阵稀疏化，取大于0.25的为1，否则为0

R1=zeros(90,90);

R1(A)=1;%这个变量R1用在后续的边图


node=sum(R1) %算节点的度，即在画边的图中选那些点是有边的

node=node'; %将得到的node矩阵进行转置，进行转置后就是我们所需要的节点。

得到的node文件：

将Node_ALL90.node文件复制到一个新的Excel文件打开，此文件第五列为为我们要修改的列。

将代码里得到的node复制到Excel中对应的第五列，进行替换，将修改好的内容复制到txt文件中。

将Node_AAL90_test.txt文件后缀.txt改为.node文件保存，这个就是我们所需要的Node_AAL90_test.node文件，我们可以将此文件放入Data file（node）中。

然后点OK会出现接下来的BrainNet_Option的选项卡，先不管里面的内容，点击右下角的OK。
输出如下图片：

如果想根据文件第四列来决定节点什么颜色，可以更改这里。

输出如下图片：

2.2 画边图

Data file（edge）类似画点图，复制Edge_ALL90_Binary.edge文件到一个新的Excel表。

用上述代码得到的R1替换此Excel文件内容，保存到txt文件，再将后缀改为 .edge文件，就是我们所需要的 .edge文件。

载入surface文件ICBM-152.nv，载入上一步得到的node，edge文件就可以了，注意node，edge的边要修改相对应。