第6章 数据及系统发生信号评估

对准位点在QTL分为4类：

1. 不变位点
2. 可变位点
3. 单态位点
4. 简约信号位点
   **空位位点：**插入或缺失引起的
   **模糊比对位点:**出现在非编码区和RNA基因的可变区，没有把握对准的所有位点。
   数据集特征分析：
   组成偏向性（compositional bias） 组成偏向性差异很大，会引起组成异质性。
   稳态（stationarity）: A 占0.34 C占0.15
   碱基组成偏向性（bse composition bias）DNA序列上的剪辑不是均一分部的。
   计算方法：GC skew =[C - G]/ [C+G]
   AT skew =[A - T ]/ [A+T]
   碱基组成异质性：同源序列差异过大。
   替换速率（substitution rate） 转换（transition）颠换（transversion）
   同义替换 非同义替换