本文介绍了系统发生学的基本概念，包括系统发生的定义及其在分子生物学中的应用，探讨了分子系统发生、谱系基因组学等内容，并分析了进化中的关键问题如基因树与物种树的区别及相互转化的可能性。
第一章 系统发生学概论
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系统发生（phylogeny）
分子系统发生（molecular ；phylogeny） 分子性状构建生物体之间的演化关系。
系统发生学（phylogentics）
谱系基因组学（phylogenomics）
表征关系
分支关系 ：物种或类群之间与共同祖先相对进度的关系。
遗传关系： 1 垂直遗传（双亲遗传，母系遗传，父系遗传） 可以转化为物种树
2 水平遗传 （基因水平转移【horizontal gene transfer】） : 不同物种之间进行的遗传物质交流。 不可转化为物种树‘
年代关系：进化时间标度上表示有机体之间的关系。
地理分布关系：生物进化过程中形成的空间分布上的关系。
2
进化的两种形式：
线系进化 ：时间上世代延续的种
趋异进化（分支进化）：一个祖先分支处两个和多个线系。
gene flow：生物个体从起发生地分散出去而导致不同种群之间。
单系群（祖先+所有后代）
多系群（部分后代）
并系群（祖先+部分后代）
分子进化原理：遗传物质的复制是最基本，最核心的原理， 突变是源泉，后遗传漂变和自然选择驱动进化。
异质性：个体内部同源基因拷贝之间存在的遗传变异。
多态性：种内个体之间存在的遗传变异。
基因树→物种树造成错误的原因
- 并源基因引起的基因树的不相合性（直系同源基因与并源基因混淆）
- 基因水平转移
- 重组
- 杂交
- 支系分选/深度溯祖（辐射进化，支系分选的后果十分严重）
分子数据的优点：
1.便宜 2方便，容易处理 3 不依赖化石 4范围宽广 5提供有用特性
6 提供大量性状
两种建树方法：
-
基于算法建树的方法 特点：速度快，假设少，缺点不能提供比较不同树之间优劣的方法和标准。
-
基于标准建树的方法 缺点：速度慢 MP ML BI ME LS
标准建树的过程：
1 进化模型的选择
2优化标准的选择
3搜索策略的选择
4最优树的检验和评价
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