# 第一章 系统发生学概论

第一章 系统发生学概论

1

系统发生（phylogeny）

分子系统发生（molecular ；phylogeny） 分子性状构建生物体之间的演化关系。

系统发生学（phylogentics）

谱系基因组学（phylogenomics）

表征关系

分支关系 ：物种或类群之间与共同祖先相对进度的关系。

遗传关系： 1 垂直遗传（双亲遗传，母系遗传，父系遗传） 可以转化为物种树

​ 2 水平遗传 （基因水平转移【horizontal gene transfer】） : 不同物种之间进行的遗传物质交流。 不可转化为物种树‘

年代关系：进化时间标度上表示有机体之间的关系。

地理分布关系：生物进化过程中形成的空间分布上的关系。

2

进化的两种形式：

​ 线系进化 ：时间上世代延续的种

​ 趋异进化（分支进化）：一个祖先分支处两个和多个线系。

gene flow：生物个体从起发生地分散出去而导致不同种群之间。

单系群（祖先+所有后代）

多系群（部分后代）

并系群（祖先+部分后代）

分子进化原理：遗传物质的复制是最基本，最核心的原理， 突变是源泉，后遗传漂变和自然选择驱动进化。

异质性：个体内部同源基因拷贝之间存在的遗传变异。

多态性：种内个体之间存在的遗传变异。

基因树→物种树造成错误的原因

1. 并源基因引起的基因树的不相合性（直系同源基因与并源基因混淆）
2. 基因水平转移
3. 重组
4. 杂交
5. 支系分选/深度溯祖（辐射进化，支系分选的后果十分严重）

---

分子数据的优点：

1.便宜 2方便，容易处理 3 不依赖化石 4范围宽广 5提供有用特性

6 提供大量性状

两种建树方法：

• 基于算法建树的方法 特点：速度快，假设少，缺点不能提供比较不同树之间优劣的方法和标准。

• 基于标准建树的方法 缺点：速度慢 MP ML BI ME LS

  标准建树的过程：

  1 进化模型的选择

  2优化标准的选择

  3搜索策略的选择

  4最优树的检验和评价

[外链图片转存失败(img-arRJt576-1563506078267)(C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Typora\typora-user-images\1563499825548.png)]