2025.06.09【RNA-seq】|逆转录元件（retrotransposon）表达分析全流程详解

一、背景介绍

**逆转录元件（Retrotransposon）**是一类能够通过“复制-粘贴”机制在基因组中移动的转座元件。它们首先将自身DNA转录为RNA，再通过逆转录酶反转录为DNA并插入到基因组新位置。
逆转录元件广泛存在于真核生物基因组中（如人类基因组约40%为转座元件），对基因组进化、基因调控、疾病发生等具有重要意义。

常见类型包括：

• LTR逆转录元件（如HERV、Ty1-copia、Ty3-gypsy）
• 非LTR逆转录元件（如LINE-1、Alu等）

二、链特异性建库的意义

**链特异性建库（Strand-specific/Directional RNA-seq)**能保留原始RNA分子的链信息。
对于逆转录元件这类常与基因、其它转座元件重叠且正负链均可能表达的区域，链特异性数据能显著提升表达定量的准确性，避免正负链混淆。

常见链特异性文库类型有dUTP法、Illumina TruSeq、NEBNext Ultra II Directional等。

三、分析流程总览

原始数据
   │
   ├── 1. 质控（FastQC/fastp）
   │
   ├── 2. 比对（STAR/HISAT2，保留链信息）
   │
   ├── 3. 定量（featureCounts，结合Repe