2021-09-09【linux】丨shell使用for循环遍历文件/数组

已于 2022-08-25 15:44:15 修改
阅读量8.9k 收藏 16
点赞数 3
分类专栏： 数据处理读书笔记 生物信息 文章标签： linux python 正则表达式
于 2021-09-09 14:18:00 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/yangl7/article/details/120198695
版权
本文介绍了在生物信息学分析中，如何使用shell的for循环遍历文件，包括通过ls命令遍历文件名、正则表达式匹配样品名，以及针对不同数量和格式的样品名进行操作的方法。总结了shell与R/Python在数组循环上的差异，并强调了这些技巧在批量样品管理和分组分析中的实用性。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

目录

摘要

在日常生信分析过程中，分析员或多或少会使用for循环批量处理样品或者分组。这里我简单整理一下自己常用的两种遍历方法。

for循环遍历文件使用方法

方法一

对于在同一个文件内的所有样品，使用 ls 可以遍历该文件夹内的所有文件名。

for i in `ls ./`;
do
echo ${i}
done
<
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
【linux】Shell 脚本中的 For 循环详细用法教程
景天科技苑
07-12 1万+
Shell 脚本是 Linux 和 Unix 系统中一种强大的自动化工具，通过编写脚本，用户可以自动执行复杂的任务，提高工作效率。在 Shell 脚本中，循环是一种常用的控制结构，用于重复执行一组命令直到满足特定条件。本文将详细介绍 Shell 脚本中的 For 循环的用法，并通过多个实例来展示其应用。
Linux Shell，遍历数组或文件的几种不同写法
常备不懈
04-02 2483
Linux Shell，遍历数组或文件的几种不同写法
linux shell 中数组的定义和for循环遍历的方法
09-15
今天小编就为大家分享一篇linux shell 中数组的定义和for循环遍历的方法，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
Linux的循环,bash的循环
最新发布
kfepiza的博客
02-02 1429
Bash 的for循环是一种非常灵活和强大的控制结构，适用于各种场景。通过理解不同的循环用法和选项，你可以编写出更强大、更高效的 Bash 脚本。# ...定义方式直接赋值：可以使用括号来定义数组，并在括号内指定数组的元素，元素之间用空格分隔。。逐个赋值：也可以逐个为数组元素赋值，通过指定索引来确定元素的位置。。动态定义：数组的大小可以根据需要动态调整，不需要事先指定固定的大小。你可以使用括号()来定义一个数组，并用空格分隔数组中的元素。# 定义一个包含字符串的数组。
shell for循环遍历数组
weiwjacsdn的博客
05-18 5万+
a=(“Fdf” “df” “fd”) for str in a[@];doechoa[@];doecho{a[@]};do echo str done
shell中for循环遍历文件
qq_39851703的博客
09-22 4394
shell编程中，for循环可以用来遍历与一个目录中的文件，且不需要知道文件总数。可以用for循环逐行显示一个目录中的所有文件，如果需要其他操作，把echo $替换就可以。
shell脚本之for循环遍历数组
reg183的专栏
11-15 4368
#!/bin/bash arr=(1 2 3 4 5 6 7 8 9 10) for a in ${arr[*]} do echo $a done 输出结果： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
shell 循环遍历的详细用法
m0_61066945的博客
12-26 6622
shell中的for循环、while循环方法，从基础到高级的应用
Linux shell数组循环的实例详解
09-15
接下来，我们来介绍如何使用`for`循环遍历数组中的每个元素。以下是一个简单的例子： ```bash for var in ${arr[@]} do echo "打印的内容："$var done ``` 在这个循环中，`for`语句的变量`var`会在每次迭代中获取...
LINUX SHELL中for用数组循环
柳鲲鹏
05-08 2301
实例是： TS_PRODUCTS=("Office" "OFD") for product in ${TS_PRODUCTS[*]} do echo ${product} done
Shell遍历文件
给永远比拿愉快
09-06 775
方法一：#! /bin/bashbasedir=/home/theone for file in $basedir/* do echo $file done注意：$basedir/*不要写成$basedir"/*"，虽然作为字符串两个是相等的。方法二：#! /bin/bashbasedir=/home/theone for file in `ls $basedir` do echo
shell 循环遍历
zx8167107的博客
03-21 2074
代码： #!/bin/bash hour_first=("0" "1" "2") hour_second=("0" "1" "2" "3" "4" "5" "6" "7" "8" "9") function bydate() { for h_f in ${hour_first[@]}; do for h_s in ${hour_second[@]}; do #code ...
for循环批量写文件 shell_shell脚本 for循环实现文件和目录遍历
weixin_39598954的博客
12-19 974
[ 有时候需要写脚本批量处理数据对某目录进行遍历通知执行相关操作 for file in 03/* do if test -f $file then echo $file fi if test -d一个for循环实现一个目录下的文件和目录遍历，很实用[root@localhost shell_order]# cat test27.sh#...
【LinuxShell】Shell编程之数组
一个萌新的博客
05-09 1885
主要介绍了数组的定义方式、数组包括的数据类型、获取数组长度、获取数组数据列表、获取数据下标列表、获取某下标赋值、如何判断数组是否缺少元素、数组遍历、数组切片、.数组替换、数组删除、数组追加元素、向函数传数组参数、从函数返回数组以及数组排序算法
SHELL编程-Linux自动化运维基础（循环，数组与函数）
m0_74220316的博客
01-30 803
普通数组定义的两种方式echo ${array_var[2]} # 将ls命令的结果保存在数组中注意：直接输出数组名将会输出数组的第一个值，即索引0位置的值，输出数组的所有值可以使用使用变量初始化数组/bin/bash声明索引位的数组/bin/bash逐个初始化数组（同样满足上面的索引规则）1 2 3使用declare输出当前环境中的所有数组....定义与初始化/bin/bash获取值与索引/bin/bashecho ${array_var[*]} # 获取值。
shell 数组遍历的3种方法
热门推荐
android大牛MrJing 活动中心
08-27 12万+
shell数组的基本知识请参阅我的上一篇博客shell 数组 首先创建一个数组 array=( A B C D 1 2 3 4) 1.标准的for循环 for(( i=0;i&lt;${#array[@]};i++)) do #${#array[@]}获取数组长度用于循环 echo ${array[i]}; done;   2.for … in 遍历（不带数组下标）： for ele...
【Linux基础及shell脚本】for循环语句
wuyu92877的专栏
04-24 2200
for循环是一种控制流语句，用于在编程中重复执行一段代码。这种循环结构常常用于遍历序列（如列表或数组）或执行固定次数的迭代。
Linux运维-shell的for循环
capricorn_don的专栏
06-20 148
for循环，shell
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

穆易青

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值