2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

最新推荐文章于 2024-12-20 19:52:25 发布
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分类专栏： 生物信息学与功能基因组学 读书笔记
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  • BLAST算法使用局部比对搜索的策略
    • BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸
      • BLASTP算法可以描述为以下3个阶段
        • 蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对
          • BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时间和灵敏度。
        • 算法在整个数据库中扫描打到某个阈值分数T的字段对。若扫描出结果，则使用有空位和无空位比对方法延伸匹配区段。BLAST延伸字段对来寻找分数超过阈值S的结果，并输出给用户。分数则通过打分矩阵并考虑空位罚分计算出来
          • 达到阈值T的片段对构成的列表编译完后，BLAST算法将对整个数据库进行扫描来找到匹配。目前BLAST版本（以书第三版为准），算法寻找两个间隔在一定距离为A之内的字段，然后生这两个匹配的一个无空位的延伸。
        • 回溯的结果会展示出插入或者缺失位点，以及不匹配的区段
          • 在BLASTP搜索中，可以修改f参数，调整默认值（11）来比较不同阈值水平下的影响
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2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）
01-05 2928
学习目标 学会在NCBI网站上进行BLAST搜索 理解BLAST各个参数的用途 理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）; 理解BLAST E值和分数的数学关系； 阐明BLAST搜索的策略 引言 基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。 应用： 通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列 通过特定物种，确定其存在的蛋白质和基因 确定一个DNA或蛋白质序列的身份 发
2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）
11-25 1263
5.5 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA 需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高 能在基因组DNA中找到外显子 比对时考虑基因组DNA包含的测序错误 有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题 有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点 用标准集去评估基因组比对效果 时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可以得到全局比对工具LAGAN灵敏度最高，局部比对工具（如BLAST
第二章 序列比对——Blast局部比对
wangprince2017
01-14 4299
第二章 序列比对——Blast局部比对 阅读量：330 主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。最后修改时间：2020-04-16 16:18:55 星期四 Blast局部比对流程 一、Filtering 【目的】 防止由于低复杂度和重复片段存在，而产生大量有统计学意义，但无生物学实际意义的比对结果 低复杂度和重复片段： {\left( {CA} \right)_n}(CA)n​ KLKLKLKLKLKL 【方法..
利用Blast比对基因
hs6605015的博客
06-07 1万+
#建库 #全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具" #Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。 #Blast是一个集成的程序包，通过调用不同的比对模块，blast实现了五种可能的序列比对方式： #blastp：蛋白
blast mysql 基因序列_在生物信息学中，BLAST和BEAST的简单介绍
weixin_39859052的博客
02-15 610
原标题：在生物信息学中，BLAST和BEAST的简单介绍在生物信息学，BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法，用于比较主生物的序列信息，诸如氨基酸序列的蛋白质的或核苷酸的DNA和/或RNA序列。BLAST搜索使研究人员能够将查询序列与序列的库或数据库进行比较，并识别类似于高于特定阈值的查询序列的库序列。根据查询序列可以获得不同类型的BLAST。例如，在发现小鼠中先前未知的基因后，科学家通常...
blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx的区别与用法
热门推荐
weixin_41796972的博客
09-12 9万+
blastn：是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较； Blastp：是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系； Blastx：将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用； Tblastn：将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有...
blastall参数详解
hs6605015的博客
07-27 8295
用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根..
2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）
12-19 808
5.5 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA 需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高 能在基因组DNA中找到外显子 比对时考虑基因组DNA包含的测序错误 有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题 有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点 用标准集去评估基因组比对效果 时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可以得到全局比对工具LAGAN灵敏度最高，局部比对工具（如BLAST
2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）
03-25 928
学习目标 定义位置特异性打分矩阵（PSSM）； 解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度； 描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势； 解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度； 描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。 引言 第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，本章将介绍几种高级的数据库搜索技术。 NCBI五种BLAST不足以解决的三个问
Blast 几种方法的具体用法以及含义
m0_50889751的博客
08-28 4006
Blast 方法
blast.pl 陈连福的生物信息分析Perl程序
09-27
Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下，程序生成command.blast.list，blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份，每10条相邻的序列分配到一个FASTA文件中；在blast.tmp/临时文件夹下生成次级文件夹，每个文件夹做多放置10个FASTA文件；每个fasta文件写出一条BLAST命令到command.blast.list文件中；然后程序调用ParaFly进行并行化计算。 请注意：若数据块的数量超过100万个，默认设置下blast.tmp/文件夹中的目录数量太多（超过1万个），导致文件系统运行缓慢，ParaFly程序运行效率低下，无法充分利用服务器计算资源。此时推荐设置--chunk参数值为100。 --blast-program default: blastp 设置运行的BLAST命令，支持的命令有：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx。 --CPU default: 1 设置并行运行的BLAST程序个数。 --blast-threads default: 1 设置BLAST命令的-num_threads参数值。该参数让每个BLAST命令可以多线程运行。 请注意：--blast-threads参数值和--CPU参数值的乘积不要超过服务器的CPU总计算线程数。 --evalue default: 1e-3 设置BLAST命令的-evalue参数值。 --outfmt default: 5 设置BLAST命令的-outfmt参数值。输出方式。若为5，则输出xml格式结果，若为6或7，则输出表格结果。 --max-target-seqs default: 20 设置BLAST命令的-max_target_seqs参数值。该参数设置BLAST最多能匹配数据库中的序列数量。 -clean 若添加该参数，则在运行程序成功后，会删除临时文件或文件夹。
2020-12-09 blastp参数学习
WLDLSW的博客
05-13 3006
blastp -query insertions.fasta -out insertions.rep.blast -db repbase -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num-threads 10 -max-target_seqs 5 分析 blastp 蛋白序列与蛋白序列的对比，自建了数据库，本人用于查找重复序列 USAGE blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_st...
2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）
11-21 1673
5.3 寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST PAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性： BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。 PSI-BLAST 更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。 比对的5个步骤： 使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中进行搜索（同常规BLASTP） 基于成分的统计数据从起始搜索..
生信入门：使用blast进行物种鉴定
最新发布
2401_89507431的博客
12-20 2629
BLAST是一种强大的生物序列比对工具，用于在蛋白质或DNA数据库中寻找相似性。它包括多种搜索策略，如blastn、blastp等，适用于不同序列类型的比对。BLAST可用于物种鉴定、基因家族成员鉴定以及功能和进化关系的推断。安装BLAST后，可以通过makeblastdb创建数据库，然后使用不同的BLAST工具进行序列比对。BLAST结果的解读主要依据E值、一致性和缺失/插入等指标。对于全基因组数据中难以直接提取的基因，可以利用BLAST建立本地库进行比对，以辅助基因鉴定。
PSI-BLAST参数解释
AimAtFuture的专栏
04-18 2万+
blastpgp 2.2.26   arguments:   -d  Database [String]     default = nr   -i  Query File (not needed if restarting from scoremat) [File In]  Optional     default = stdin   -A  Multiple Hits windo
Blast中文手册(5)
yin1331102028yin的博客
08-11 1171
简单地翻译一下Blast帮助手册
本地化BLAST+进行目标序列比对
Charlotte的博客
07-01 5753
一、在NCBI 中搜索BLAST 点击这个，然后 来到这个页面，再点 来到了这个下载页面，选择合适的，开始下载 二、开始安装 建议不要安装在C盘。 安装结束后，然后设置环境变量，在path后，添加一句：D:\blast-2.12.0+\bin 然后打开cmd，输入blastn,出现下图所示，就证明按照成功。 ...
使用 Blastp 和 Hmmer 筛选出包含特定结构域的蛋白
浓香鸭腿面的博客
11-19 1万+
关键词 blastp，Hmmer，hmmsearch，hmmscan，Pfam，NCBI CDD 本文对 4 种兰花（Apostasia shenzhenica、Phalaenopsis equestris、Dendrobium catenatum、Gastrodia elata）的基因组使用 Blastp 和 Hmmer 两个基于不同算法的软件，筛选出包含 NBS-LRR 结构域的蛋白。 简要步骤 Apostasia shenzhenica、Phalaenopsis equestris、Dendrobi
blastp 短肽比对求助
qq_44048812的博客
11-21 708
blastp用bit-score匹配小肽时，bit-score阈值错误问题和蛋白序列丢失问题
生物信息学算法入门： Neil C. Jones 教程
书中可能会深入探讨局部搜索算法（如Smith-Waterman算法）、全局搜索算法（如BLAST）以及进化树构建等经典算法，帮助读者理解它们如何处理海量生物数据，以揭示基因组的结构和功能。 与之相关的其他书籍，如Pavel ...
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