2020.10.13丨Blast本地比对及可视化

• 这次接到一个客户的需求，他自己组装了一个大肠杆菌的序列（之前客户用它比对，所以简称A基因组），并且想用这个基因组对几个样品进行比对和注释，但注释结果不太好，所以问我们能不能比对用这个客户组装的基因组，注释用NCBI上的标准的参考基因组（B基因组）的注释文件。
• 我的第一反应就是不行，即使物种类似，不同基因组肯定在长度、位置上有差异，导致注释信息不匹配。本来都打算直接用B基因组给客户从比对开始做。但领导提醒我，开始之前还是需要先回复客户，得到客户的意见反馈后再开始。如何给客户回答这个问题，就是我本次的工作。
• 首先，在NCBI上检索，在核苷酸一栏检索得到客户组装的A基因组\B基因组的序列信息
• 查看Genbank基本信息，发现组装序列为4546849 bp，而标准基因组有4641652 bp 。10万bp的差异，基本不能用了。接下来就是要对两个序列进行比对，看看有没有可能缺失片段是连续的，如果正好连续且都在尾部，那前面注释信息似乎也可以用，不过这个概率太小了。
• 本来打算线上比对，结果软件提示序列过长，不支持，因此，我们需要下载序列到本地进行比对。
• 首先，下载A、B基因组序列，选择的是fasta格式