y2715163545的博客

19.1 如何基于 GEO 数据库转录组芯片数据挖掘潜在靶标19.2 网络药理学与分子对接的整合应用策略19.3 基于分子动力学模拟 MM_PBSA 的靶标-药效分子结合能的计算简介19.4 人工智能 AlphaFold 蛋白建模在线工具的使用攻略。

专题学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接（半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接）、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs 分子动力学模拟与结果分析。1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP 等）计算实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA 等分子。实例讲解与练习：激酶靶点 Bcr/Abl 抑制剂的构效关系模型构建与活性预测。实例讲解与练习：新冠靶点 3CL 与多肽/类多肽抑制剂的对接。

Rosetta 是一种生物物理建模工具，根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。依次讲授 Rosetta 软件基础、蛋白质结构 viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD 和 MSD 设计、CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript 开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。