生物信息百Jia软件（十）：seqtk

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seqtk同样来自于生物信息大神李恒之手，被称为序列处理的瑞士军刀，可以方便处理日常序列分析中的小问题，例如将fq转换为fa，格式化序列，截取序列等这些问题并不难，但是可能需要编程完成，而seqtk已经集合了这些功能，一条命令就可以轻松完成，建议好好学习seqtk工具的使用，可以大大提高序列分析的效率。

一、功能分类：
数据处理工具

二、软件官网：
https://github.com/lh3/seqtk

三、软件介绍:
seqtk是seq tookits的的意思，也就是序列处理的一个工具箱。它的作者是大名鼎鼎的李恒。这款软件类似于序列处理的瑞士军刀，里面有非常多实用的小工具。可以方便处理fasta格式和fatsq格式的数据，这也是生物信息分析中，最常用的两种格式。seqtk可以非常方便的处理，比如统计碱基组成，统计GC含量，截取序列，fastq转换fatsa等等功能。这些一般都需要编程来完成，而seqtk可以一条命令就处理好，非常方便，如果不会编程，掌握这个工具还是非常有帮助的。

四、下载安装：
git clone https://github.com/lh3/seqtk.git;
cd seqtk; make
五、软件使用：
seq 主要功能都在这个选项中，也是最常用的一项
sample 用于抽样
subseq 提取序列
fqchk fastq质量评估
mergepe 合并pairend reads
trimfq 很明显是截取fastq
hety 计算某个区域杂合性，筛选杂合位点
gc 识别高低gc区域
mutfa 标记出高变区
mergefa 合并fastq或者fasta文件
famask 屏蔽fasta文件，比如将重复区用字母替换为X，这些区域不参与变异检测