freesurfer如何将组模板投影到个体空间——如投影 Schaefer2018 到个体空间

freesurfer将Schaefer2018模板投影到个体空间
最新推荐文章于 2024-06-08 12:51:13 发布
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分类专栏： FreeSurfer学习 文章标签： bash 开发语言
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这篇博客详细介绍了如何使用freesurfer将组模板Schaefer2018投射到个体空间，包括使用mri_surf2surf和mris_ca_label两种方法，并提供了相关资源链接。此外，还提到了在体积空间中生成Schaefer2018 parcellation的步骤和可视化方法。

freesurfer如何将组模板投影到个体空间——如投影 Schaefer2018 到个体空间

freesurfer如何将组模板投影到个体空间？

freesurfer的整理流程

在这里插入图片描述

freesurfer的安装

freesurfer的安装详见：freesurfer安装

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码

freesurfer对结构像分割流程及批处理代码见：批处理代码

freesurfer运行完recon-all怎么快速查看有没有报错?

freesurfer运行完recon-all怎么快速查看有没有报错?具体见： 批处理查看有没有报错

freesurfer对结构核磁共振成像分割输出结果介绍

freesurfer对结构核磁

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freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
AliceMeng20的博客
08-23 872
recon命令-i 选项表示输入文件，输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像（可以有多个-i 选项，对应多个输入的情况），如果是 dicom 格式（有多个文件），只需要给出其中一个文件即可；-s 选项表示输出文件的目录名，-sd 选项表示输出文件的路径，也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputp​ath{output_dir}下。
几种常见的功能性脑网络划分方式
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
08-25 1万+
近十几年来，越来越多的认知神经科学家把关注点从孤立的“脑区”(regions)转移到更大范围的“脑网络”(networks)上。在以往解读的文献中，也常常能够遇见“默认网络”、“额顶网络”等等术语。在研究中，不同研究者可能会采用不同的脑网络划分方式，从而可能导致对脑网络的命名出现不一致。这里简单总结了认知神经科学领域较为常见的三种脑网络分割方法，希望对读者在阅读脑网络相关文献时有一些帮助。 ...
fMRI质量预检查与服务器批量处理：时间点、体素尺寸批量审查与Dpabi(DPARSFA)服务器上无GUI无弹窗处理脑功能影像（附matlab脚本）
意疏的学习笔记
01-30 5107
| 图源-slice | 工具：dpabi5.0, spm12, NIfTI_20140122(密码：iizk)      我们知道在进行fMRI预处理的时候，要求所有被试时间点相同，它将直接影响到slice timing的顺利执行，另外要求每个体素的尺寸也相同。fMRI数据一般是4D的，不能直接看个数，但是可以通过MRIcro查看每个被试的时间点数和体素尺寸，不过很麻烦。笔者没有找到可以一次性审查全部被试时间点和体素尺寸的程序，所以自己写了一个，放在这里供大家参考。   另外，dpabi是一个比较强大的.
FreeSurfer预处理命令
Dream19961996的博客
04-19 1391
比如将/source/kernel.tgz解压到 /source/linux-2.6.29 目录 tar zxvf /source/kernel.tgz -C /source/ linux-2.6.29 tar zxvf /home/tj/application/freesurfer/subjects/mindboggle/OASIS-TRT-20-1.tar.gz -C /home/tj/application/freesurfer/subjects (1)lh.thickness mri_surf2su
MRI ANTs之将标准空间图谱配准到个体空间
ashu216的博客
03-15 1237
MRI， ANTs, 配准
freesurfer制作组平均模板
xxx
09-16 300
make_average_subject #制作组平均模板
使用freesurfer将基于Schaefer400脑区的组模板投影到个体空间之后，如何提取基于个体的各个脑区统计指标，例如体积，皮层厚度，表面积
最新发布
12-11
在使用Freesurfer处理Schaefer 400脑区模板并将其映射到个人解剖空间后，提取个体脑区的统计指标通常涉及以下几个步骤： 1. **脑区定位**：首先，通过`recon-all`命令对个体的T1 MRI数据进行表面重建（包括灰质、白...
FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录
KaSuo幻影的博客
06-08 1052
输入为 mri/brain.mgz，输出为 mri/wm.mgz。Freesurfer图像配准：将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐；Freesurfer图像校正：强度标准化（Intensity Normalization）颅骨剥离后生成文件：/mri/brainmask.mgz。图像校正后生成文件：/mri/brain.mgz。图像配准后生成文件：/mri/norm.mgz。图像分割后生成文件：/mri/wm.mgz。
freesurfer 模板
12-09
通过将个体的MRI数据映射到模板空间，可以减少数据之间的结构差异，从而提高准确性和可靠性。 此外，FreeSurfer模板还可以用于将个体数据与一个已建立的大脑结构数据库进行比较。通过与模板和数据库进行比较，可以...
Science Advance||个体动态脑中鲁棒的大脑状态
xiaojianzhao的博客
06-13 898
大量证据表明，脑功能连接不是静态的，而是动态的。捕捉个体脑的瞬时网络相互作用需要一种鲁棒的个体内可靠的技术。在这里，作者介绍了一种个体化的基于网络的动态分析技术，并证明它在检测个体脑状态方面具有可靠性。
已知差异脑区MNI坐标，如何将MNI坐标转化为AAL分区和布罗得曼分区Brodmann area名称
04-04
已知差异脑区MNI坐标，如何将MNI坐标转化为AAL分区和布罗得曼分区Brodmann area名称
AAL3模板名称以及MNI坐标
04-02
AAL3模板名称以及MNI坐标, AAL3模板提供了170个脑区，本表格提供了相应的全称，简称，以及MNI坐标。
ANTS 配准 roi配准之个体空间
li9717的博客
10-28 1026
【代码】ANTS 配准 roi配准之个体空间。
使用 ggsegExtra 对大脑分区统计结果进行可视化，如在Glasser360分区模板，Yeo2011模板，Schaefer分区模板上统计结果可视化
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
10-23 2473
人们越来越重视以更直观的方式可视化神经影像结果。用于传播这些结果的常用统计工具（例如条形图）缺乏神经影像数据固有的空间维度。在这里，我们为统计软件 R 提供了两个包，它们集成了这个空间组件。ggseg 和 ggseg3d 包分别将预定义的大脑分割可视化为 2D 多边形和 3D 网格。这两个包都与其他成熟的 R 包集成在一起，具有很大的灵活性。在本教程中，我们描述了用于脑图谱可视化的 ggseg 和 ggseg3d 包中的主要数据和函数。突出显示的函数能够在 R 中显示大脑分割图。
freeSurfer颅骨剥离
fanre的专栏
05-23 7206
命令参考 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/recon-all recon-all -i 输入文件路径.nii -s 创建用于保存文件夹名称 -sd 保存文件夹所在的目录 -命令 -autorecon2-cp 输入输出参考 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ReconAllDevTab...
Freesurfer recon-all命令详解及使用示例
handsofgod的博客
06-28 1万+
本文详细说明了freesurfer软件工具中recon-all命令的具体步骤，并解释了每一步的作用，方便在对MRI图像进行预处理时对每一步有详细的理解。同时也可以根据各个步骤自定义处理流程。
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.2 Surface-based Group fMRI Analysis ) 8/13
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本节目的：使用小组分析中多个对象的数据来执行fMRI集成 数据：功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network（fBIRN）。 1. fMRI Basics 受试者受到刺激后，在功能磁共振成像fMRI中，大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能（HRF）。 首先通过使用运动校正执行分析，然后将每个体素的时程与刺激时间表（与假设的HRF形状进行卷积）相关联。 结果是对每个体素上每个条件的HRF振幅的估计，各种条件的HRF
关于脑区的划分方法及一些模板说明
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xiaobaizaza_Ry的博客
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原创文章，未经同意请勿转载这里主要记录之前自己调研的有关脑区的划分方法及一些标准的脑区划分模板，其中，这里的模板主要是针对MRI的。其中脑影像/信号数据的划分方法没有在笔者的考虑范围内。下面主要分为【脑区划分方法的种类】和常见的【一些标准脑区划分模板】的说明。
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1. Preparations 本教程简要介绍解剖ROI分析，包括了解FreeSurfer标签文件，从标签文件中提取ROI度量以及创建个人和组统计文件以进行进一步分析。 <source_freesurfer> export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data> export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial
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