使用brainconn工具绘制的大脑连接数据,比BrainNet更方便和灵活

本文介绍了使用R语言中的brainconn工具来绘制大脑连接数据,相比于BrainNet,brainconn提供了更方便和灵活的可视化选项。该工具支持二进制/加权、有向/无向连接矩阵,内置多种大脑图谱,并允许自定义图谱。通过调整参数,用户可以定制节点大小、颜色、边缘样式等,实现高度定制化的脑网络可视化。

总体来说使用brainconn工具绘制的大脑连接数据,比BrainNet更方便和灵活。
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基本介绍

brainconn 软件包的目的是允许在 Rstudio 内灵活、编程和交互式地绘制大脑连接数据 - 无需切换到其他可视化工具,并允许将可视化与用 R 编写的分析脚本进行可重现的集成。

主要的绘图函数:brainconn()brainconn3D()。这些函数的主要用户输入是连接矩阵。预装了几个大脑图谱,用户还可以提供自定义图谱。

brainconn() 函数允许用户输入可以根据 MNI 坐标绘制的二进制/加权和有向/无向(即对称)连接矩阵。

brainconn3D() 允许用户输入二进制和无向连接矩阵,该矩阵使用 plottly 以 3D 和交互式方式绘

### BrainNet Viewer 的使用教程 BrainNet Viewer 是一款用于可视化大脑网络的软件工具,广泛应用于神经科学领域。它能够帮助研究人员分析展示功能性磁共振成像(fMRI)数据中的大脑连接模式。以下是关于如何使用 BrainNet Viewer 进行基本操作以及绘图实践的一些指导。 #### 环境配置 在开始之前,请确保已经安装了以下组件: - **BrainNet Viewer**:可以从其[官方网站](http://www.nitrc.org/projects/bnv/)下载最新版本。 - **MATLAB R2010b 或高版本**:因为 BrainNet Viewer 是基于 MATLAB 的工具箱,所以需要有兼容的 MATLAB 版本支持。 #### 安装与设置路径 1. 下载并解压 BrainNet Viewer 到本地计算机上的一个目录。 2. 打开 MATLAB 并将 BrainNet Viewer 的主文件夹及其子文件夹添加到 MATLAB 的搜索路径中。这可以通过 `Set Path` 对话框或者使用 `addpath` 函数来完成。 #### 启动 GUI 一旦环境配置完毕,可以启动 BrainNet Viewer 的图形用户界面(GUI): ```matlab brainnet ``` 运行上述命令后,会打开 BrainNet Viewer 的主窗口,这里提供了多种功能选项供选择。 #### 载入文件 要加载数据,通常需要准备以下几种类型的文件: - **节点坐标文件**:定义了大脑区域的位置。 - **边权重矩阵**:表示不同大脑区域之间的连接强度。 - **结构或功能图像文件**:如 NIfTI 格式的图像文件。 通过 GUI 中的相关按钮加载这些文件,并根据提示调整参数以适应特定的研究需求。 #### 绘图操作指南 绘制大脑网络图的过程包括但不限于以下几个步骤: 1. 在 GUI 中选择适当的视图模式,例如 3D 视图、平面视图等。 2. 配置节点属性,比如颜色、大小等,以便好地反映不同的大脑区域特征。 3. 设置边的显示方式,例如线宽、透明度等,用以表达连接强度的变化。 4. 使用内置的功能对图表进行交互式探索,如旋转、缩放平移等。 5. 如果需要保存结果,可以选择导出当前视图为图片格式或其他支持的数据格式。 此外,对于高级的应用场景,还可以利用 BrainNet Viewer 提供的脚本接口编写自定义代码实现自动化处理流程。 请注意,在实际应用过程中可能还需要参考详细的官方文档来获取最新的功能说明技术细节。同时,熟悉基础的 MATLAB 编程知识也会有助于灵活地运用该软件进行研究工作 [^1]。
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