DPABISurf使用教材

最新推荐文章于 2025-04-26 09:33:28 发布

sta@ma@brain

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分类专栏： DPABI使用教材文章标签：大数据人工智能

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/xj4math/article/details/111084916

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本文是严老师的R-fMRI官方教程，详细介绍了如何使用DPABISurf进行fMRI数据处理。从数据准备（包括4D到3D的格式转换）到启动软件，并通过DPARSF进行预处理和指标计算，如去除头动、噪声去除、功能连接计算等。此外，还提到了在处理过程中可能遇到的问题及解决方案。

严老师的官方教程：The R-fMRI Course | The R-fMRI Network

DPABISurf版本：dpabi50docker.tar.gz

MATLAB版本：2018b

（1）如果是数据的DICOM格式，整理成以下格式（注意文件夹的命名方式）：

如果觉得不是很清楚，可以在官网下载Demo数据（Demonstrational Data for Resting-State fMRI | The R-fMRI Network），参照里面的文件格式进行整理即可。

（2）如果数据是nii格式，整理成以下格式：

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m0_68021709 2023.04.14
你好，我想请问一下，dpabisurf做功能连接的时候，为什么还要输出volume空间的结果啊，这个volume指的是海马、边缘皮层那些嘛？我不清楚如果我用的shaefer400分区，既有lh、rh各200ROI还有MNI的400ROI，现在的MNI400个点是不是原始的立体空间的分区，还是已经做完表层分析坐标转换之后的，我后续的分析是用lh、rh各200ROI做的时间序列，还是用MNI的400ROI的时间序列呢，如果皮层重建到MNI空间的话，直接算MNI空间的相关就行，为什么还算了lh、rh的相关呢，这种情况应该去哪里找答案啊，我看dpabisurf的预处理流程也没有找到很明确的答案。期待博主的解答，拜托拜托，卡在这里好久了[face]emoji:054.png[/face]
- m0_68021709回复sta@ma@brain 2023.04.17
  谢谢博主，那请问volume指的是皮层体积还是皮层下部分的功能连接呀？我以为是皮层体积，但看严的文献好像是皮层下核团部分[face]emoji:010.png[/face]
- sta@ma@brain回复m0_68021709 2023.04.16
  看你是要皮层的时间序列，还是volume的，如果要皮层的话，用lh,rh的就行

m0_68021709 2023.04.07
该预处理没有配准这步嘛，我看文献里用freesurfer进行预处理的时候需要配准到MNI空间，dpabisurf基于freesurfer 的话应该也有这步啊，但我看up的步骤里面没有这步呢“the bbregister function in FreeSurfer (version 6.0.1) was used to convert the R-fMRI data when registering to the standard MNI space, the intermediate process aligned to the T1w image with 6-DOF boundary registration.”
- sta@ma@brain回复m0_68021709 2023.04.07
  你说得对啊，需要freesurfer的输出

m0_69619252 2022.04.30
你好请问slice timing 填30报错说应该填32，填32又报错说该填30，这个怎么解决啊
- m0_69619252回复sta@ma@brain 2022.05.05
  好的谢谢，后面发现有部分扫的30层有一部分扫的32
- sta@ma@brain回复m0_69619252 2022.04.30
  Slice Timing: 因为扫描大脑不是一下子扫到，而是一层一层扫，如果第一层刚扫，就扫第二次会对信号进行干扰。为了避免相邻层的干扰所以采用隔层扫描的方式。先扫第一层、第三次、…再扫第二层、第四层…。slice timing的目的就是用一种矫正的办法使得相邻层仿佛都是在同一点扫描。你应该填你自己数据扫了多少层，我的一般填33