R中常用函数使用说明——持续更新

参考文章：（参见各标题链接）

老菜鸟最近进入了R的学习中，看的书籍用不上，使用时候还得满网到处去搜集各种说明，唉，累啊，写个R中各种命令的说明，方便自己查找学习吧。

1. 提取不同列的内容组成新变量——常用于分组信息的设置

#提取指定列的内容
#对数据中的Gene.ID和FPKM两列数据进行提取
m3108.FPKM <- m3108.gene.tab[,c(1,8)]

2. 重命名指定列名

#重命名全部的列
names(data) <- c("NO","name")

#重命名单个列
colnames(data)[2] <- "newname"

3. 将第一列作为文件的行名

rownames(gene) <- gene[,1]
gene <-gene[,-1]

4. 合并两个有相同行名的文件

#merge函数每次合并2个文件，by来定义指定的参考行
group_control <- merge(m3108.FPKM, m3111.FPKM, by = "Gene.ID")

5. 提取大于小于某一数据的数据

#对数据进行过滤、提取
significant_padj_different_genes <- subset(all_different_genes, padj < 0.05 & abs(log2FoldChange) > 1)

#提取显著上升的相关数据
significant_up_genes <- subset(significant_padj_different_genes, log2FoldChange > 1 )

6. 在数据中某一列添加固定字符

# 对第一列加入chr几个字符
# 利用for循环，对BED_up_genes数据框中的第1列中的进行编辑
for (i in 1:nrow(BED_up_genes)){
   
    BED_up_genes$chr[i] <- paste("chr", BED_up_genes$gene_chr[i], sep="" )
}

7. write.table()函数用法

Usage
write.table(x, file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = "\t",
            eol = "\n", na = "NA", dec = ".", row.names = TRUE,
            col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"),
            fileEncoding = "")
write.csv(...)
write.csv2(...)

参数说明：

• x: 要写入的对象，最好是矩阵或数据框。如果不是，它是试图强迫x到一个数据框。
• file: 一个字符串命名文件或编写而打开的一个连接。 " "表示输出到控制台。
• append: 逻辑。只有当file是一个字符串才相关。
  如果TRUE，输出追加到文件
  如果FALSE，任何现有文件的名称被摧毁
• quote: 一个逻辑值（TRUE或FALSE）或数字向量。如果TRUE，任何字符或因素列将用双引号包围。如果一个数值向量，其元素为引用的列的索引。在这两种情况下，行和列名报价，如果他们被写入。如果FALSE，并没有被引用。
• sep: 字段分隔符字符串。每一行x中的值都被这个字符串分隔开。
• row.names: 表示x的行名是否与x一起写的逻辑值，或者是写行名的字符向量
• col.names: 类似上面。

8. read.table()函数用法

read.table(file, header = FALSE, sep = "\t", quote = ""'"",
           dec = ".", row.names, col.names,
           as.is = !stringsAsFactors,
           na.strings = "NA", colClasses = NA, nrows = -1,
           skip = 0, check.names = TRUE, fill = !blank.lines.skip,
           strip.white = FALSE, blank.lines.skip = TRUE,
           comment.char = "#",
           allowEscapes = FALSE, flush = FALSE,
           stringsAsFactors = default.stringsAsFactors(),
           fileEncoding = "", encoding