<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?><rss version="2.0"><channel><title><![CDATA[xiaolan39的博客]]></title><description><![CDATA[]]></description><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39</link><language>zh-cn</language><generator>https://blog.youkuaiyun.com/</generator><copyright><![CDATA[Copyright &copy; xiaolan39]]></copyright><item><title><![CDATA[Pymol做B因子图]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/133753759</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/133753759</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Tue, 10 Oct 2023 19:00:01 +0800</pubDate><description><![CDATA[分子动力学模拟结束后，获得蛋白的平均结构，
比如获得的平均结构为WT-average.pdb
然后将平均结构导入到Pymol 中，可以得到B因子图。gmx rmsf -f md_0_100_noPBC.xtc -s md_0_100.tpr -o rmsf-per-residue.xvg -ox average.pdb -oq bfactors-residue.pdb -resaverage.pdb和 bfactors-residue.pdb 都可以做B因子图pymol里载入   average.pdb或b]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Chemdraw 使用小技巧]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/132983811</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/132983811</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Mon, 18 Sep 2023 16:32:26 +0800</pubDate><description><![CDATA[欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入MarkdownText-to-HTMLAuthorsJohnLuke。]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[origin 拟合计算酶的Kcat Km 值]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/130602005</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/130602005</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Wed, 10 May 2023 15:33:11 +0800</pubDate><description><![CDATA[origin拟合计算Kcat Km值
横坐标为底物浓度，纵坐标为反应速率
全选X 与Y坐标数据，然后选择菜单栏Analysis: Fitting: Nonlinear Curve Fit：Open Dialog
在Setting：Function Selection页面内的Category选择Pharmacology, Function选择米氏方程（MichaelisMenten）, 而后点击Fit便可得到拟合结果了。
拟合计算得到的是Vmax 和Km，然后利用
公式 Kcat=Vmax/ 酶浓度，得到Kc]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/129049774</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/129049774</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Wed, 15 Feb 2023 20:11:21 +0800</pubDate><description><![CDATA[Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gromacs中一些有用的分析命令]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/126304480</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/126304480</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Fri, 12 Aug 2022 15:04:32 +0800</pubDate><description><![CDATA[gromacs 分析命令]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[linux使用wget 批量下载PDB文件]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/123254610</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/123254610</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Thu, 03 Mar 2022 15:10:27 +0800</pubDate><description><![CDATA[linux 命令行批量下载pdb 文件
有100个PDB需要下载，可以用到linux wget
尝试用for 语句，不过PDB网站不让机器自动下载。
下载一个PDB文件，可以用
wget http://www.rcsb.org/pdb/files/XXXX.pdb

很多文件的下载把这个命令写到一个 sh 文件中，
#!/usr/bin
wget http://www.rcsb.org/pdb/files/AA.pdb
wget http://www.rcsb.org/pdb/files/BB.pdb
..]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[Amber或Swiss model蛋白残基重新编号]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/122328046</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/122328046</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Wed, 05 Jan 2022 17:23:09 +0800</pubDate><description><![CDATA[Amber 蛋白残基重新编号]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[动力学模拟中计算盐桥]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/121939901</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/121939901</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Tue, 14 Dec 2021 21:10:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[VMD 盐桥]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[endnote 使用小技巧-word文档中的所有参考文献整理为一个group]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/120378829</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/120378829</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Sun, 19 Sep 2021 11:42:54 +0800</pubDate><description><![CDATA[文献批量导入

相比于一篇一篇导入文献，更喜欢 file-import-folder

某个word文档中的所有参考文献整理为一个group

打开 Word，选择「Update Citations and Bibliography」

然后打开endnote, 可以看到左侧一栏中出现刚打开的 Word 文档所有引用的参考文献。然后全部选择→右键→「Copy References to」→已有Library或者新建Library。

如果要与他人共享这些参考文献，可以选择「File」→「Compresse.]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[分享几个有意思的药物设计网站]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/120328611</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/120328611</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Thu, 16 Sep 2021 14:51:46 +0800</pubDate><description><![CDATA[今天搜索Unoprot时发现了几个综合性的网站，可以用于药物设计。
https://www.expasy.org/resources/swissdrugdesign
这是一个Swiss bioinformatics开发并维护的一个网站，可以看看非常有意思
返回主页竟然还发现更加综合性的一个网站
expasy

涉及到系统生物学、结构生物学、蛋白质组、基因组等等，非常全面的一个网站。

...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gromacs 选区用法]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115269232</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115269232</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Tue, 29 Jun 2021 14:37:56 +0800</pubDate><description><![CDATA[gromacs 选择部分
gromacs make_index
name 25 XXX
重新给25group 命名
del 26
删除26group
选择蛋白中的102号残基的OE1原子
1 &amp; r 102 &amp; a OE1
这里要注意ri 与r 区别，ri 代表的是用l list residues 后的残基，编号从1开始
而r 代表的是你的pdb 文件中残基的编号

计算残基之间的最小距离

(1) 先用make_ndx命令生成index文件：
gmxmake_ndx -f md_0_1.t]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gromacs 中关于二级结构分析]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/117513989</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/117513989</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Thu, 03 Jun 2021 15:16:08 +0800</pubDate><description><![CDATA[我们可以利用DSSP实现二级结构分析。
首先下载DSSP，然后复制到/usr/local/bin中，在环境变量中添加DSSP，
gmx do_dssp -f md_center.xtc -s md.tpr -o dssp.xpm -tu ns

然后再利用xpm2ps将xpm转换为eps
gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps
在这里可以用一个m2p 的文件把一些参数写进去，自己觉得有用
参考
参数描述
; Command line options]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gromacs PCA 做自由能景观图]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116742573</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116742573</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Thu, 13 May 2021 14:51:43 +0800</pubDate><description><![CDATA[在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程
参考http://www.kangsgo.com/49.html
http://sobereva.com/73
https://www.zhihu.com/question/19895566
跑完动力学后蛋白比对
gmx trjconv -f md.xtc -s  md.tpr -fit rot+trans -o mdfit.xtc

选择backbone 以及 system用于输出
然后生成协方差
gmx covar -s md.gro -f mdfi]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[rosetta_ddg 使用-rosetta 2020版]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116596749</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116596749</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Mon, 10 May 2021 17:33:28 +0800</pubDate><description><![CDATA[参考https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/analysis/ddg-monomer
https://zhuanlan.zhihu.com/p/26071679
参考作者的进行了下操作，有些部分需要修改
先处理PDB
python ~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py ]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[极性表面积与非极性表面积]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116567019</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116567019</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Sun, 09 May 2021 17:06:46 +0800</pubDate><description><![CDATA[溶剂可及表面积 （）
蛋白或者药物小分子的极性表面积 （polar surface area，PSA）
非极性表面积  （ apolar surface area，ASA）
极性表面积定义为由极性原子（氮和氧原子以及它们所连接的氢原子)来计算。
非极性表面积可以通过考虑碳，卤素和非极性氢原子来计算非极性表面积。
ASA值与实验观察到的蛋白质折叠过程的热容量和焓的热力学变化，62种蛋白质-溶剂相互作用以及配体-受体结合密切相关

...]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[gromacs-too many lincs warning解决办法]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115208170</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115208170</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Wed, 28 Apr 2021 21:14:39 +0800</pubDate><description><![CDATA[这两天跑一个蛋白体系，主要蛋白同源模建的，然后gromacs 跑动力学，对野生型在跑到70ns时报错，对突变体却可以正常运行。主要还是体系崩溃，
查看报错信息，说明体系不够稳定，说蛋白一个GLN残基的N H 原子间可能有问题，如何解决。
https://manual.gromacs.org/current/user-guide/terminology.html#blowing-up
参考官网给的解决办法

方法1

看到有说步长修改为1fs,目前正在尝试。

方法2
确保在mdp文件中为所选的力场和系统类型]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[高性能计算中常用的一些术语及概念]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116228520</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/116228520</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Wed, 28 Apr 2021 10:52:23 +0800</pubDate><description><![CDATA[近期试用超算，经常碰到一些HPC中的一些术语，这里试着总结下
核（core）
实际执行指令的硬件计算单元。通常，一个处理器中有多个内核
插槽（socket）
一组共享本地的核心，例如共享的缓存。这使得将计算工作分布在插槽内的内核上比分布在不同插槽内的内核上更为有效。现代处理器通常具有多个插槽。
节点（node）
一组共享本地的socket，例如，无需任何网络硬件即可共享对同一内存的访问。普通笔记本电脑或台式计算机是一个节点。节点通常是用户可以请求使用的大型计算集群中的最小数量。
线程（thread）
内核执]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[利用Acpype、Parmed互转 gromacs与Amber拓扑坐标文件]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115580083</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115580083</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Sun, 11 Apr 2021 10:08:35 +0800</pubDate><description><![CDATA[近来这两个之间捣鼓
拓扑文件：prmtop  top
坐标文件：inpcrd    gro
轨迹文件: mdcrd     xtc
拓扑和坐标文件我们用parmed可以实现相互转换
轨迹文件用vmd 可以转换
parmed利用
parmed 网址 https://github.com/ParmEd/ParmEd
里面介绍到格式转换
import parmed as pmd
#convert GROMACS topology to AMBER format
gmx_top = pmd.load_file(‘p]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[origin的几个高效使用技巧]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115469759</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115469759</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Tue, 06 Apr 2021 20:34:06 +0800</pubDate><description><![CDATA[origin copy page 到word 后 显示不全，修改方法

Tools &gt; Options &gt; Page &gt;margin,将选项改为page
一般自己在Book中对不同的数据在 Comments 一项就会填好，这样图例自动跟新，Units 也会填好，这样可节省时间，自己也清楚数据。
自己要做的图很多，所以要学会高效运用。
1.利用模板
origin 中自己设置字体为28，线宽为0.5-1.5，rmsd用的1.5，rmsf用的1.5，氢键数也用的0.5
图例注释线宽用的0.5
.]]></description><category></category></item><item><title><![CDATA[xmgrace 使用-添加图例]]></title><link>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115368671</link><guid>https://blog.youkuaiyun.com/xiaolan39/article/details/115368671</guid><author>xiaolan39</author><pubDate>Thu, 01 Apr 2021 10:42:19 +0800</pubDate><description><![CDATA[xmgrace  在linux下是自己常用的一款软件，
这里写下跑完动力学RMSD后的作图。
一张图上多条曲线，
但没有命令行来指定数据集图例标题。那如何解决呢？
可以使用一个参数文件template.par
这个参数文件的内容为
with g0
s0 legend “title0”
s1 legend “title1”
s2 legend “title2”
然后运行命令
xmgrace -param template.par 1.xvg rmsd_amber_2.xvg rmsd_3.xvg 

就可以在]]></description><category></category></item></channel></rss>